ホスファターゼはリン酸分子から電子伝達体にリン酸基を動かす反応を触媒するホスホリラーゼと混同してはならない。ホスファターゼは細胞の機能調節などに深く関っているため、製薬研究においても関心を集めている[4][5]。
なお広義に、リン酸ジエステル加水分解酵素（ホスホジエステラーゼ）を含めることもある。
ホスファターゼは基質特異性の低いタイプと高いタイプに分けられる。前者にはアルカリホスファターゼや酸性ホスファターゼがあり、p-ニトロフェニルリン酸などの発色基質により活性を測定することができる。後者にはグルコース-1-ホスファターゼやタンパク質ホスファターゼなどがある