弁護士の萩田です。いつもありがとうございます。
ダブルワーク（兼業・副業）の場合でも労働時間の上限は通算してトータルで適用されます。
労働基準法第38条第１項は、「労働時間は、事業場を異にする場合においても、労働時間に関する規定の適用については通算する。」と規定しています。「事業場を異にする場合」とは事業主を異にする場合をも含みます（労働基準局長通達（昭和23年５月14日基発第769号））。
したがって、ダブルワーク（兼業・副業）の場合でも労働時間を通算して考える必要があります。
労働者にとって切実なのは、時間外労働（残業）の場合の割増手当です。
ダブルワーク（兼業・副業）を合計して、１週４０時間・１日８時間を超えた場合には残業代が発生します。
その場合、どちらの会社が残業代を払うかが問題となりますが、厚生労働省は、まず労働契約の締結の先後の順に所定労働時間を通算し、次に所定外労働の発生順に所定外労働時間を通算することによって、労働時間の通算を行い、労働基準法を適用して残業代を支払う方を特定します。
たとえば、週40時間、１日8時間労働(休憩1時間)のA社とB社で働いている（最初に雇用されたのがA社）の場合、
A：労働時間8:00～17:00(途中1時間休憩)
B：労働時間18:00～20:00
とすると、A社だけで１日の法定労働時間８時間になるので、Bでの2時間労働はすべて法定労働時間を超えた残業になります。つまり、B社は割増賃金を支払います。
ダブルワークの方は、残業手当に注意を払う必要があります。