普通預金の利息の計算方法は次の式です。

例:普通預金に100万円預け入れ(年利0.001%、入出金がない場合)※税金は考慮しないものとします。

利息=期間中の毎日の最終残高の合計額×金利÷365

一日の利息は、100万円×0.001%÷365=0.027397260273973円となります。一般的に普通預金の利息は年2回支払われるので0.0273...円を半年の182日で掛けると4.986...円になります。その金額が半年ごとに支払われる利息金額です。1円未満は切り捨てなので、1年後は、100万円+(4+4)=1,000,008円になります。
金利0.1%だと、一日の利息は、0.273...円。半年で0.273...円×182日=498円、年間で996円。
利息は金利0.001%の100倍では無く124.5倍。

利息の計算方法は「単利」と「複利」があります。
「単利」と「複利」の違いについて説明します。
※税金は考慮しないものとします。

単利
単利は、当初預けた元本(金額)に対してのみ利息が付くものです。

単利=元本×金利
1年間の利息は100万円×0.1%=1,000円になります。そして2年目以降も同じ元本100万円で計算をするので、2年目、3年目の利息も1,000円になり、3年間で3,000円の利息が付くことになります。

複利
複利は、一定期間ごとに発生する利息を当初預けた元本に組み入れて、利息を計算するものです。

複利=(元本 + 利息)×金利
1年複利の場合、1年目の1年間の利息は、単利の計算と同様で1,000円になり、2年目の元本は「元本100万円+利息1,000円で1,001,000円になります。このため2年目の利息は1,001円になり、1年目の利息よりも増えます。同様に3年目の元本は1,002,001円になり利息は1,002円になります。そうすると3年間で3,003円の利息が付くことになります。