監督：谷口悟朗。シリーズ構成：大河内一楼。キャラクター原案：CLAMP。キャラクターデザイン：木村貴宏。制作：サンライズ。
STAGE 11・ナリタ攻防戦
成田連山でコーネリアの軍を追い詰めたゼロは彼女の命を狙ってさらに前進した。そこに日本解放戦線の藤堂の部隊が到着して挟撃の形となり、コーネリアの身柄を押さえる寸前までいった。そこにスザクのランスロットが投入され、形勢は逆転した。ランスロットに追い詰められるゼロ。彼を助けたのはC.C.だった。彼女はスザクに悪夢の記憶を蘇らせた。その間に逃げたゼロは洞窟内で彼女の手当てをし、C.C.の本当の名前を知った。
STAGE 12・キョウトからの使者
成田山での活躍が認められ、ゼロはキョウト六家の桐原泰三と再会した。以前彼の世話になっていたルルーシュは彼に素顔を見せて信用させると、全面的な協力を取り付けることに成功した。そのころアッシュフォード学園のシャーリー・フェネットは成田山で行方不明になった父の遺体確認を行ていた。彼女の父親はゼロに殺され、その傷を癒すためにルルーシュにすがった。
STAGE 13・シャーリーと銃口
ルルーシュはいまさらながら自分が歩む道の険しさを思い知らされた。成田山から逃走していた日本解放戦線を救う作戦が決行された際、シャーリーはヴィレッタから得た情報の真偽を確かめるべくルルーシュの後を追いかけていた。そこはブリタニア軍が日本解放戦線の船を襲撃している現場であった。ゼロは役立たずの日本解放戦線の船を爆破しそれを自決と偽って黒の騎士団をコーネリアの本陣に突入させた。しかし現場にはシャーリーが立っていた。わずかな迷いをランスロットに突かれ、ゼロはコクピットを脱出させた。シャーリーはゼロの小隊がルルーシュであることを知ってしまった。
<雑感>
第13話からOPとEDが変わったのだが、ALI PROJECTの曲以外は全部飛ばしているのでいまだにメロディすら知らない。2クール目は正直どっちもダメだな。とくに2クール目のED。オカマみたいな声で気持ち悪い。目の前に立っている奴が突然あの声で歌いはじめたら迷わず殴る自信がある。
クソ鬱陶しくてなおかつ使えなかった日本解放戦線が死に絶え、ようやくここから嫌な思いをせずに見ていける。なんかああいうのを見るとモヤモヤするんだな。本放送で観ていた人はよく1クール耐えたものだ。