北海道は低気圧や上空の寒気の影響が１２日も続き、局地的に雷を伴って１時間５０ミリ前後の非常に激しい雨が降った。気象庁は大雨が続いて地盤の緩んでいる場所があるとして、土砂災害などへの警戒を呼び掛けた。
気象庁によると、１１日に北海道で大雨特別警報を発表する要因となった日本海側の低気圧は１２日もほぼ停滞し、湿った空気の流れが継続。上空約５５００メートルには氷点下１５度以下の強い寒気も入って、大気の状態が非常に不安定なまま推移しており、１３日も続く恐れがある。東北地方でも同様に大雨の恐れがあるとしている。
北海道各地の１２日の１時間雨量は苫小牧市５９・５ミリ、白老町４９・５ミリなど。９日から１２日午前４時までに観測した総雨量は千歳市の支笏湖周辺３７５・０ミリなどに上っており、これらの地域では土砂災害警戒情報が出された。