緊急地震速報の誤報は、鉄道利用者の足を直撃した。列車の運転見合わせが相次ぎ、計約４３万２３００人に影響。ＪＲ東海と西日本によると、東海道・山陽新幹線は小田原－新岩国間で午後５時１５分まで運転を見合わせ最大２９分の遅れが生じ、７万３３００人に影響があった。
近畿地方では在来線にも影響が出た。ＪＲ西日本によると、東海道線や福知山線など２０路線で一時運転を見合わせ、約１２万人に影響。京阪電鉄でも約２６０本に最大１０分の遅れが出て、約１７万９千人が一時足止めされた。近鉄も全線で約６万人に影響し、他の私鉄でも遅れが出た。
一方、甲子園球場は日川高（山梨）－箕島高（和歌山）の試合中だった。スタンドのあちこちで速報を伝える携帯電話のアラーム音が鳴り響いたが、試合は続行し、混乱はなかった。