今回、IKEAのキッチンを導入するために色々調べたので、参考のために書き残します。
(過去記事と一部ダブります)

デメリット
(1)自由度が高過ぎる故のトラブル
IKEAのキッチンは、TOTOとかLIXILなどのいわゆる大手国産メーカーと違い、組み合わせの自由度が高いです。自由度が高いということは、ルーティーンで設置できる国産メーカーのキッチンと比べて(位置があわないなどの)現地トラブルが起きやすいことに繋がります。

(2)組立業者はIKEA公認でないと実質無理
IKEAのキッチンは、組立は原則として自分自身で行うことになります。組立サービスもありますが、当然ながら業者を自由に選べるわけではありません。住宅本体の業者からすれば馴染みの下請け業者に頼んだ方が当然ラクです。これはオプション費用という形で発注者にフィードバックされる可能性があります。

(3)標準サイズで国産メーカーと比較してしまうと高い
日本の国産メーカーのキッチンは、大量生産、規格の統一による効率化、現地施工の最小化を目指した工業製品です。
セミオーダーであるIKEAのキッチンで同じような仕様にすれば、当然高くつきます。(I型だと自分の場合、40万円増くらいになりました。)

IKEAが高いのではなく、国産メーカーが安いのです。その証拠に、海外キッチンで複数社見積を取ったのですが、引き出しなしで開き戸なのにIKEAの1.5倍~2倍くらいの価格になりました。

(4)排水トラップは日本仕様を推奨
IKEAの排水トラップは日本仕様と、IKEAスタンダード仕様の二種類があり、IKEAスタンダード仕様は生ゴミ受けカゴがないため詰まり易いという噂です。(見た目も明らかに貧弱)
日本仕様も選べますので、そちらを強く推奨します。

(5)ワークトップには制約あり
IKEAキッチンのワークトップは、ステンレス、人工大理石、木製、メラミンカバーから選べます。
このうち、日本仕様の排水トラップと組み合わせられるのはステンレスと人工大理石の2つのみです。
木製ワークトップはいかにも海外キッチンという感じでとても素敵なのですが、海外仕様の排水トラップという弱点がセットでついてきます。また、日本の湿潤な気候では木製やメラミンカバーのワークトップは劣化が早いという経験談もブログで見かけました。
ステンレスもしくは、人工大理石を強く推奨します。

(6)手間がかかる
ハウスメーカーお任せの国産メーカーキッチンと比べると、手間がかなりかかります。
配置の案は自分で考えないといけませんし、IKEAとのやりとりなどの手続きも煩雑です。これはハウスメーカーにとってもデメリットでしかないので当然嫌がられます。

(7)細かいものはついてない
キッチンパネルとか、包丁入れとかそういう細かいものはついてませんので段取り、費用面の両面で気をつけてください。

メリット
(1)見た目が良い
やっぱりかわいいです。掘りの深い框扉は自分が探した限り国産メーカーでは選べませんでした。

(2)部屋の形に合わせて自由に組み立てられる
今回、I型の幅305センチという長いキッチンを採用しました。IKEAではオプションという概念がなく、L型とかコの字型も標準扱いです。いわゆる国産メーカーの得意とする標準サイズでは収まりの悪いお家にもジャストフィットするキッチンを組めるというわけです。

(3)大型の食洗機が組み込める
IKEAは、幅60センチの食洗機が20万以下という格安といっていい価格でつけられます。
食洗機は一回に洗える容量が大きくないと手洗いが発生します。そうすると面倒くさいので使わなくなります。(経験談)

長々書きましたが、「ハウスメーカーがIKEAキッチンを嫌がるのは色々な理由があってのこと」ということを理解しましょう。その上で、高くつくかも、面倒くさいかもなどのデメリットを乗り越えてでもIKEAキッチン採用したいという強い気持ちがあるのであれば、ハウスメーカーさんと是非ご相談してみてください。