三内丸山遺跡の六本柱建物に屋根があったかどうかについては、研究者の間でもさまざまな説があり、確定的な答えはまだありません。 私自身も屋根の有無について長く考察してきましたが、近年とくに強く感じるのは、古代人は屋根や家そのものを「舟」と捉えていたのではないかという点です。
日本は島国であり、縄文人は丸木舟によって海や川を自在に往来していたと考えられます。 三内丸山の六本柱は、直径約1メートル・高さ約15メートルの巨大な栗材で構成されており、これを物見櫓・神殿・モニュメントなどと解釈する説が一般的ですが、私は 神殿 とみるべきだと考えています。
古代は生命維持が困難で、人間の力では及ばない領域が多く、神にすがる信仰が強かった時代です。 神が降臨するためには 「舟」 が必要であるという観念は、古代世界に広く見られます。 エジプトの太陽の船、天鳥船・天磐船、さらには七福神の宝船など、神の乗り物としての舟は普遍的な象徴です。
この観点からすると、六本柱建物に屋根がなければ、神が降りてくる「舟」としての機能を果たせなかったのではないかと考えられます。 柱そのものに神が降りるという解釈もありますが、六本も必要とせず、また4.2メートルという規則的な間隔を取る理由も弱くなります。
さらに、縄文文化では 五角形 が重要視されます。 五角形は足首・膝・股の関係性から「再生・復活・変容」を象徴すると考えられ、これは「屋」「家」の原初的意識とも結びついていた可能性があります。
伊勢神宮の式年遷宮における 御船代奉納式 は、御神体がお鎮まりになる器を象徴する儀礼であり、神と舟の深い関係を示しています。 古代の太陽信仰・月信仰の文脈でも、三内丸山の十字形板状土偶は「日がさの太陽十字」を表し、雨の予兆を読み取る重要な象徴だったと考えられます。
屋根の切妻（三角）と太陽の円形の融合は、古代世界で広く重視された象徴体系です。 弥生時代の家形埴輪には六本柱の上に舟形の屋根を載せたものが多く、東南アジアにも同様の構造の家屋が見られます。
以上の理由から、私は 三内丸山遺跡の六本柱建物には屋根が存在し、古代人はこれを「舟」と捉え、神の依り代として願いを託していた と考えています。