メジャーなアプリを3種類ほど試してみました。
GoodReader for iPad
- GoodReader for iPad /Good.iWare Ltd.
- ¥115
- iTunes
※モバイル非対応

PDFのみならずExcelやPower PointなどのOffice文書も読める定番ドキュメントリーダーです。

Office文書については色や罫線や図形が飛んだり、ずれたりするのでイマイチですが、PDFについては先日のバージョンアップ(2.8.1)でだいぶ読みやすくなりました。
ページ遷移も軽快ですし、見開き表示にしても字がつぶれたりせずきれいに見えます。
テキスト検索と検索結果のハイライト表示も可能です。

また、ファイル管理機能が充実しているところもいいですね。
"Open In..."という機能を使えば、GoodReaderで管理しているファイルを他のアプリケーションで開くこともできますので、ハブアプリとしても利用できます。
i文庫HD
- iBunkoHD /nagisa
- ¥700
- iTunes
※モバイル非対応

青空文庫の文学作品を読むための電子書籍リーダーですが、PDFも読めます。
こうして本棚にディスプレイすると美しいですね。
これだけでも楽しくなってしまいます。

紙の本のページをめくっているかのようなページ遷移の動きもいい感じです。
設定項目も多く、好みに応じて細やかな設定ができます。
ただ、見開き表示にすると字がつぶれたり粗くなったりするため、等倍では読みづらいのが難点です。
(スキャン時のカラーモードや解像度によるのでしょうか?)
そして、さらにつらいのがテキスト検索機能がないこと。
文学作品を読むにはいいのでしょうが、専門書を読むためのリーダーとしては失格に近いです。
iBooks
- iBooks /Apple Inc.
- ¥0
- iTunes
※モバイル非対応

Apple謹製の電子書籍リーダーです。
i文庫HDと同じように本棚にディスプレイできます。

PDFが読めるようになったのはつい最近リリースされたバージョン1.1からです。
GoodReaderと同様、きれいに表示されます。
ただ、サムネイル表示(縦向き3×3枚、横向き4×2枚)はできるのですが、見開き表示ができません。
横向きの場合、左右を大きく余すことになり非常にもったいないです。

しかし、テキスト検索機能はなかなかいいですね。
検索を実行すると、検索結果の候補が一覧表示されるので、より自分が探している内容に近いものに手早くアクセスすることができます。
総評(今のところ)
以上、3種類のリーダーを試してみましたが、それぞれに一長一短があり、決定打がありません。各アプリの今後のバージョンアップに期待したいところです。
ということで、今のところは、読む本、読み方によってリーダーを使い分けようかと思っています。
GoodReaderの"Open In..."という機能を使えばそれも可能です。
ただ、この"Open In..."という機能、ファイルの実態はGoodReaderが一元管理していて、開くアプリを切り替えているだけかと思いきや、GoodReaderから各アプリの管理するフォルダにファイルを複製しているんですね。
つまり、1冊の電子書籍をGoodReader、i文庫HD、iBooksで読むと、それぞれのフォルダに同じPDFファイルが複製保存され、3倍のデータ領域を要するというわけです。
PDFファイルを1箇所に置いて、それを各アプリが参照するというPCなら当たり前のことがiPadでは簡単にはできないみたいです。
こんなバカげた状況を回避するための裏技がきっとあるとは思うんですが...
暇な時にでもじっくり調べてみようかと思います。