イエーガーの活躍で，怪獣たちが出現する次元の裂け目が封鎖されて10年たったが，世界は未だ復興の途中だった。
怪獣たちに破壊された都市には，怪獣の死骸がそのまま残され，無法地帯のようになっていた。
次元の裂け目を塞いだ英雄ペントコストの息子ジェイクは，そんな街で気ままに暮らし，廃棄イエーガー置場から部品を盗み出しては売りさばいていた。
違法な自作イエーガーを作る物好きがいるのだった。
ある日，ジェイクが盗み出そうしていた部品を横取りする者がいた。
追いかけてみると，それはアマーラという少女であり，やはり自作のイエーガーを作っていた。
そこに管理局のイエーガーが来て，投降を命じる。
アマーラのイエーガーは小型でひとりで操縦が出来る上，球体に変形して自由自在に動き回ることができた。
ジェイクとアマーラはそのイエーガーで管理局のイエーガーを翻弄するが，結局捕まる。
司令官の森マコ（菊地凛子）が下した対応は，ジェイクを教官として，アマーラを訓練生として採用することだった。
リョーイチ（新田真剣佑）たち訓練生は，怪獣の再来に備えて訓練を続けていたが，中国企業の無人イエーガーによってその存在価値は微妙になりつつあった。
中国企業の無人イエーガーのプレゼンテーションの日，会場は謎のイエーガーに襲われる。
ジェイクたちは，辛うじてそのイエーガーを破壊し，操縦席を引きはがしたが，そこには誰も乗っておらず，機械部分に不気味な怪獣の細胞が巻き付いていた。
謎のイエーガーの襲撃で，無人イエーガー採用の動きは一気に加速し，全世界に配備が決定された。
ところが，配備途中の無人イエーガーが一斉に暴走を始めた。
やがて無人イエーガーたちの目的が，次元の裂け目を再び開くことだと分かる。
ジェイクたちの奮闘で無人イエーガーたちの暴走は収まるが，３体の怪獣が出現してしまう。
そして，これらの出来事が異星人に洗脳されたニュートン・ガイズラー博士の仕業であることが分かるが，彼は姿を消す。
３体の怪獣が目指す先は富士山だった。
富士山を噴火させ，その衝撃で環太平洋火山地帯の火山を一斉に噴火させようというもくろみだった。
ジェイクと訓練生たちは３体のイエーガーにハーマン・ゴットリーブ博士が開発した強力な推進装置を取付け，東京に飛ぶ。
３体の怪獣とイエーガーの死闘のさなか，ニュートン・ガイズラー博士の策略により，怪獣は１体に合体して強力になり，イエーガーを倒して富士山頂を目指す。
ジェイクとアマーラの乗ったイエーガーは最後に残った推進装置で空高く上昇して落下し，怪獣に体当たりをする。
怪獣を倒したジェイクは，今度は異星人のところにこちらから乗り込んでやると吠える。
前回，とても面白かったパシフィックリムの続編だが，さすがにちょっと期待しすぎた。
前回は，「こういうのが観たかったんだよ」と思ったけど，今回は「そういうのはもう観たし」になっちゃうところが辛い。
しかもストーリー的には，異星人の直接攻撃じゃなくて洗脳された地球人の仕業で，なんかしっくり来ない。
映像的にも前回の方が怪獣やイエーガーの巨大さや迫力，恐怖といったものが良く表現されていた気がする。
新田真剣佑の起用はすごいとおもうけど，映っている割にはあまり見せ場がない。
東京の描写がいい加減というところは，未来の話だから今と同じじゃないということかもしれないけど，さすがに富士山が麓まで見えるってことはないんじゃないかな。
怪獣の細胞に乗っ取られたイエーガーがエヴァンゲリオンの雰囲気を漂わせていたのは面白かった。