九頭龍神社の龍神様は龍神神社の最高峰です。
古くから中国では皇帝の象徴とされ、日本では繁栄を支え守護をもたらす水の神様として崇められています。
九つの頭を持ち、その強大なパワーで知られる九頭龍は、龍神様の頂点に君臨しています。
奈良時代のある時、万字ヶ池（現在の芦ノ湖）には九頭の毒龍が住み、度々大波を起こしては里人たちを苦しめました。困った里人たちは、若い娘をいけにえとして差し出すことで毒龍を鎮めようとしました。
しかし天平宝字元年（757年）、駒ヶ岳で修行を積み箱根大神の加護を受けた萬巻上人が、ついに毒龍退治に挑みます。上人は池の中に石壇を設けてそこに座り、連日祈祷をして法力で毒龍を調伏しました。
最終的に、九頭龍は宝珠と錫杖と水瓶を手に水面に現れ、「もう悪さはしない。この池と土地を守っていこう」と誓いました。こうして萬巻上人は箱根神社 里宮に続き、万字ヶ池のほとりに九頭龍大神を祀ることとなりました。