調べてみた。
結論
大丈夫。 のようだ、今のところ。
日本で認可されたのがつい最近（約１０年前）なのが心配。長期的に摂取するとどうなるんだろうか。
参考資料：スクラロースについて
スクラロースは砂糖（スクロース）を原料として作られた、ゼロカロリー、高品質の甘味料。
砂糖の約600倍という高い甘味度と、砂糖に近い自然な甘さが特長。
なぜ、ゼロカロリーなの？
スクラロースは、砂糖を原料として作られた甘味料ですが、砂糖のように炭水化物として体内で消化、吸収されることはありません。スクラロースを摂取しても、体内で分解されずにそのまま排出されます。
スクラロースはどのように作る？
スクラロースは、特許技術を用いる複数の工程を経て、砂糖の３つの水酸基を選択的に塩素原子に置換して合成されています。スクラロースは、別名 4,1',6'-トリクロロガラクトスクロース。
スクラロースは安全？
医学・科学分野の専門家によって、スクラロースに関する広範な研究が行われており、その高い安全性が立証されています。1999年7月30日に厚生省より食品添加物に指定されています。また2006年3月31日に、医薬品添加物規格に収載されています(薬食審査発第0331023号)。
スクラロースは難分解物質といわれていますが、環境への影響があるのではないか？
環境中に排出されたスクラロースは、生分解性のため、微生物によって分解され、環境中に蓄積することはありません。安全性評価の結果、環境への有害な影響がないことが確認されています。
体内では分解されないが、体外では微生物（菌類など）の働きで分解される。
つまり、体内には、スクラロースを分解することのできる微生物がいない、酵素もないってことか。