日常的に怪獣が人々をおびやかす世界。
怪獣を討伐する「日本防衛隊」への入隊を志していた日比野カフカは、いつしかその夢を諦め、怪獣専門清掃業者で働いていた。
「二人で怪獣を全滅させよう」
かつてそう誓い合った幼なじみの第3部隊隊長・亜白ミナの活躍と、防衛隊を目指す後輩・市川レノとの出会いをきっかけに再び夢を追い始めるカフカ。
しかしその矢先、謎の小型怪獣によって巨大な力をもつ“怪獣に変身”してしまう！
『怪獣8号』
と名付けられた日本中から追われる存在になったカフカは、それでも防衛隊員への夢を諦めず、怪獣災害に立ち向かうのだった――。