AU 委員会(機構改革により、AU 機構に変更予定) 委員長、副委員長(1人)を含む7人の委員で構成する。それぞれの任期は4年。委員長を除く各委員がそれぞれ一つの「大臣職」を勤める。「大臣職」としては、一例として、経済開発、協力・統合、社会問題・ジェンダー、科学・技術、総務・財務、情報・通信・資源活用、政務が挙げられている。 委員長は対外的には AU の代表者であり、政策執行機関(行政機関)である委員会のトップである。政策・法案を提案し、決定事項を執行するなどOAU事務局の機能を大幅に補強・増大する。通常の国家における内閣に相当。 2009年7月に開催される首脳会議以降に新機構が発足する見通しだ。新機構には、今の AU 委員会委員長の職に代わり、常任議長(大統領)と副議長を置く予定。現在の委員は、各政策分野ごとの長官としての役職に振り分けられる。
アフリカ人権裁判所 2006年7月3日、アフリカ人権裁判所を発足させた。 同裁判所はアフリカ統一機構 (OAU) 時代の1988年に設置が決まっていたもので、タンザニアのアルーシャに本部を置き、政府が行った人権侵害などの不法行為について国際条約、国際法に基づいて判断を下す。 同裁判所には国家、AU 機関だけでなく、個人、NGO も提訴が出来る。2日までにガンビアの首都バンジュールで開催されていたAU首脳会議で判事に就任するアフリカ法律専門家11人が、「アフリカ人権憲章」 (African Charter on Human and Peoples' Rights) への宣誓を行った。