：この記事はPSO2ストーリーの時系列をまとめたものです。一部ネタバレがあります。
新光歴241年3月22日
主人公、コールドスリープから目覚める。
シエラから主人公の役職が「守護輝士」になったことが告げられる。
アークス総司令ウルクから「出自不明のアークス」の調査依頼を受け、ナベリウス壊世区域調査の名目で謎の男性アークス「ヒツギ」を呼び出し、同行という形でヒツギの監視を始める。
主人公、ナベリウス壊世区域調査中に「ＤＦに似た何か」の襲撃を受ける。
ヒツギ、主人公と敵の戦いに介入したところを敵にとり憑かれ、主人公の能力による浄化作業の途中で強制ログアウトする。
西暦2028年3月22日
八坂火継、自室で自身のアバターに似た謎の少年※1と出会い、直後に幻創種の襲撃を受ける。
主人公、浄化の際にヒツギに残した自身のフォトンを追って地球に転移し、ヒツギを襲撃していた幻創種を撃退。安全を確保した後、アークスシップへ帰還する。
新光歴241年／西暦2028年3月23日
主人公、シエラの調査からヒツギのいる惑星の名前が地球だと知る。
ヒツギ、謎の少年にアルと名付ける。
新光歴241年／西暦2028年3月25日
ヒツギ、PSO2を介してアークスシップにダイブしたところ、自身の姿がアバターではなく部屋着のままの自身の姿になっていることに気付く。
新光歴241年／西暦2028年3月29日
ヒツギ、実兄八坂炎雅から警告を受ける。
新光歴241年／西暦2028年3月30日
ヒツギ、アルと共にPSO2を介してアークスシップに向かう。
アルの調査をシエラが行おうとしたところでマザークラスタが「コード・オリンピア」※2を発動し、ヒツギとアルが強制的にログアウトされてしまう。
ヒツギ、天星学園グラウンドでマザークラスタ金の使徒亜贄萩斗の強襲を受けた際に具現武装「天羽々斬」を発現させる。
アークスシップ、次元移動で地球圏に転移。以後は迷彩を施し姿を隠す。
主人公、ヒツギとアルを助け出し、ハギトを撤退させる。
ヒツギ、アル、アークスシップに乗艦。
ハギト、エスカタワーに集められたエーテルを全て自身の具現武装「エメラルドタブレット」に注ぎ、自律思考する具現武装「ハギト・フェムト」へと進化させ、具現武装能力を失う。
新光歴241年／西暦2028年3月31日
シエラ、情報部と地球についての情報を共有。情報部から提供された膨大な資料の整理に３日費やす。
新光歴241年／西暦2028年4月2日
太平洋上に幻創戦艦・大和が出現。アークスが改良されたA.I.Sで出撃、冷凍弾で海ごと凍らせて動きを止めるも失敗。再度A.I.Sで出撃し、大和を撃破する。
同日、マザークラスタ木の使徒ベトール・ゼラズニイが天星学園男子寮のエンガの部屋を爆破。
新光歴241年／西暦2028年4月7日
ベトールが東京を襲撃。主人公、ヒツギ、駆けつけたアースガイドとエンガの迎撃により倒される。
直後に現れたマザークラスタの水の使徒オフィエル・ハーバードがベトールを粛正、殺害する。
新光歴241年／西暦2028年4月8日
エンガ、アークスシップに乗艦。主人公にアースガイドとの会談を持ちかける。
新光歴241年／西暦2028年4月10日
マトイ、コールドスリープから目覚める。
主人公、エンガの手引きでラスベガスのアースガイド本部へ向かう。
ラスベガス市街でマザークラスタ火の使徒ファレグ＝アイヴスが出現。主人公の力量を確かめた後、上空へ姿を消す。
主人公、アースガイド本部でアーデム・セイグリッドと面会。アーデムからアースガイドの役割を聞き、アークスとアースガイドの協力体制を締結する。
新光歴241年／西暦2028年4月15日
月の使徒オークゥ＝ミラー、ラスベガスを強襲。
ヒツギ、洗脳された鷲宮氷利の攻撃で天羽々斬を破損。更にコオリの攻撃を受けて絶命するが、覚醒したアルの能力で蘇生。
オフィエル、意識不明のヒツギを拉致し消え去る。
新光歴241年／西暦2028年4月17日
主人公、エンガと共にヒツギが拉致された月面基地を襲撃。オークゥ、日の使徒フル＝ジャニース＝ラスヴィッツの迎撃を受けるも撃退。
マザークラスタ、アークスシップを強襲。マザーの力により管制を奪われ、オフィエル、土の使徒アラトロン・トルストイの攻撃を受ける。
マトイ、マザークラスタに対し迎撃。
主人公、PSO2を介してアークスシップに帰還。マトイと再開し、共にオフィエル、アラトロンを迎撃して退ける。
アル、マザーに強制的に吸収される。
ヒツギ、覚醒。天羽々斬が天叢雲に進化する。
シエラ、全ての能力を駆使してマザーからアークスシップ管制権を奪い返す。
マザークラスタ、アークスシップから撤退。
ファレグ、崩壊する月面施設からオークゥとフルを救出する。※3
不明（新光歴241年／西暦2028年4月18日？）
アムドゥスキア壊世区域出現。
主人公、ラスベガス探索中にヒューイと合流。直後現れたファレグと戦闘を行う。
新光歴241年／西暦2028年4月19日
アルの正体がＤＦとエーテルアバターの融合体であることが判明する。
地球の世界各地にエスカダーカー出現。
新光歴241年／西暦2028年4月21日
コオリ、オフィエルからの命令で天星学園を襲撃しかけるが、記憶の混乱から一時的に正気を取り戻す。
主人公、ヒツギ、エンガ、コオリと共に天星学園に現れたエスカダーカーを撃退。
オフィエルの再洗脳によりコオリが再び暴走するも、ヒツギの天叢雲の力によりオフィエルの精神支配を断ち斬られ、コオリが正気を取り戻す。
ファレグ、オフィエルを襲撃するも失敗。オフィエルが姿を消す。※5
月にエスカダーカーが大量発生する。
新光歴241年／西暦2028年4月22日
コオリ、アークスシップに乗艦。ヒツギたちと合流する。
コオリの情報からマザークラスタの所在が月にあることが判明する。
新光歴241年／西暦2028年4月23日
主人公、ヒツギ、エンガ、コオリ、月のマザークラスタ本拠地へ潜入。アラトロンと交戦し、勝利する。
主人公、マザーと交戦し勝利。直後、マザーの体内に蓄積されたアルのダーカー因子が暴走し、マザーがエスカファルス・マザーへと変異。
主人公、合流したマトイと共にエスカファルス・マザーを拘束。ヒツギと天叢雲の力でエスカファルス・マザーからアルとダーカー因子を切り離し、マザーとアルを救出する。※4
アーデム、マザーを吸収し、マザーの力を手に入れる。
ファレグ、アラトロン救出後アーデムと交戦。オフィエルの転移によりアーデムに逃げられる。
不明（23日18時以降？）
月にエスカファルス・マザーが再出現。アークスの総力で撃破する。※6
新光歴241年／西暦2028年4月24日
アーデム、マザーの力でアースガイド本部の職員を幻創種へと変異させる。
主人公、ラスベガスで幻創種と交戦。ファレグと共に撃破する。
新光歴241年／西暦2028年4月25日
主人公、ヒツギ、コオリ、エンガ、アースガイド本部地下遺跡へ潜入。
オフィエルの妨害を受けるも、駆けつけたファレグの助力を受けて突破。
オークゥ、フル、アラトロン、主人公達に加勢する。
主人公、遺跡最奥でアーデムと戦い勝利。しかしアーデムを生け贄にデウスエスカが実体化し、デウス・エスカの力でアークスシップごとオラクル宙域へ強制帰還させられる。
デウスエスカの力によりヒツギ、コオリ、エンガの具現武装が強制分解させられ、アークスシップの地球への転移が不可能になる。
主人公、シエラが再現したPSO2を介してアルと共にヒツギ達の元へ転移し、ヒツギの危機を救う。※7
マザー、アルに憑依して実体化。具現武装を復元し、主人公達に加勢する。
主人公、デウスエスカに勝利。
マザー、全ての力を使い果たし消滅。
新光歴241年／西暦2028年4月26日～6月5日
オークゥ、フル、天星学園に教師として赴任。アラトロン、マザークラスタとアースガイドの協力体制を結ぶ。
新光歴241年／西暦2028年6月6日
アル、天星学園初等部に入学。
クーナ、ライブで新曲「光の果て」を発表。
不明(新光歴241年／西暦2028年6月7日以降？)※8
大平洋上に幻創大陸とデウスエスカが出現。アークスの総力でこれを撃破する。※6
主人公、ファレグからの決闘に応じ、辛勝する。
エンガ、コオリ、オークゥ、フル、ハギト、夏休みの補修合宿先で幻創種の襲撃を受ける。※9
※１
深遠から生れた新たなＤＦが主人公の肉体に憑依して乗っ取ろうとしたが、割って入ったヒツギのエーテルアバターに憑依してしまい、更に主人公の浄化を中途半端に受けた結果、ログアウトして中身を持たないヒツギアバターのエーテルと主人公のフォトンが絶妙なバランスで融合して新生命体となり、中途半端に浄化されたＤＦが意識となってアルが誕生した。
※2
エーテル通信は大気中に漂うエーテルを通じてタイムラグ０の通信を行うため、エーテルが分布された大気中であればどこでも通信が可能。2028年の世界ではあらゆる通信機器がエーテル通信出来るようになっている。
大気中にエーテルが散布されている以上、ヒツギの周囲のエーテルだけを消したとは思えないので、マザークラスタの権限でヒツギの通信アカウントをロックしたと推測される。
※3
現代の技術力で月～地球間を移動するには最短距離もで片道半日ほど。実際には軌道修正なども行わなければならず、1日近くかかると推測される。
転移能力を持つオフィエルはアークスシップに向かっており、ファレグは翌日には既に地球にいたはずなので恐らくマザークラスタ本拠地と地球を繋ぐポータル的な何かがあると思われる。ファレグなら地上からジャンプするだけで月まで行けるかもしれないが、フル、オークゥを担いだまま大気圏突入はさすがにファレグ以外がヤバイ。
※4
DFの本体（アル）からダーカー因子だけを切り離す能力が深遠から【仮面】を切り離すことにも使えるとシャオが注目し、後に再現した能力を主人公のコートダブリスにインストールした。
※5
オフィエルは元からアースガイド側の人間で、スパイであることを知っているのはアーデムだけだが、ファレグもオフィエルとアーデムに繋がりがあると疑っていた。ラスベガスでヒューイ・主人公と手合わせをしたのはオフィエルに逃げられた憂さ晴らしも兼ねていたと思われる。
※6
再出現した大和、エスカファルス・マザー、デウスエスカはあくまでもエーテルが記録を具現化したものであり本人ではない。
※7
主人公が天叢雲を所持していたのは、過去に天叢雲を掴んだことがあったため唯一本人に触れなくともマザーが再現できるだけの情報を持っていた、ヒツギに主人公のフォトンが流し込まれ後に具現化されたため主人公も扱う事が出来たなどの理由が考えられる。
※8
エピローグの後日に幻創大陸出現のイベントシーンがあるので早くてもエピローグの直後以降と思われる。
エピローグ内のネットニュースに「大平洋に謎の影？6/5 14:33」と書かれていた記事があったのは恐らく再出現した大和。
※9
ドラマCDより。
PSO2公式サイト：http://pso2.jp/