注：この記事はPSO2ストーリーの時系列をまとめたものです。一部ネタバレがあります。
主人公、ルーサーと対面する。※1
新光歴238年5月2日
惑星ウォパルが発見される。同惑星から救難信号が発せられていたため、主人公が調査に向かう。※2
調査中、ハンターに転職したエコーと出会う。
新光歴238年5月7日
主人公、エコーと共にウォパルを探索中、原生民のカブラカンと出会う。※2
新光歴238年5月10日
主人公、エコー、カブラカンが捜索していた恋人カマロッツを保護する。同時に救難信号を発していた発信器も見つけるが持ち主は特定できず。
同日、ウルクを失ったショックからダーカーを怨み殲滅する狂気にとり憑かれたテオドールと主人公が出会う。突如現れたルーサーからの「ダーカーを滅ぼす力」の取引にテオドールが応じ、テオドールはルーサーと共に姿を消してしまう。
新光歴238年5月11日
マトイ、シオンと対面する。
新光歴238年5月25日
主人公、サラと共にアムドゥスキア龍祭壇へ向かい、シャオと対面する。
シャオから時間遡行能力を授かり、行方不明になっていたゼノを救出するため時間遡行で4月1日へと向かう。※3※4※14
新光歴238年6月10日
主人公、アフィンとリリーパを探索中ダークファルス【若人】と対峙する。
アフィン、【若人】の言動、仕草から【若人】が行方不明の姉ユクリータだと確信する。
新光歴238年6月13日
キャンプシップの事故により主人公、メルフォンシーナがダーカーの巣に迷い混む。
メルフォンシーナ、主人公に過去の惨劇を語る。
ダーカーの巣最深部でダークファルス【巨躯】と対峙。
メルフォンシーナが【巨躯】の中にまだゲッテムハルトの意識が残されていることを確信し、取り戻す決意を固める。
帰還時、メルフォンシーナから本来のメルランディアの名前を伝えられる。
不明
マトイ、シップ内でテクニックを使用し壁の一部を焦がしたためフィリアに叱られる。※5
新光歴238年6月28日（正史）※7
主人公、サラと共に海底遺跡を探索する。
サラ、主人公と会話するカブラカンに驚く。※6
遺跡深部でルーサーが残した研究データを発見、サルベージする。
完了後にビオル・メデューナに襲撃されるも撃退。撃退直後に不穏な空気を感じた主人公がサラと共に物陰に隠れると同時にルーサーとテオドールが出現。施設内の研究データをデューマンに改造されたテオドールの力で破壊した後、転移で姿を消す。※8
新光歴238年6月28日（歴史改変）※7
主人公、エコー、カブラカンと共に海底遺跡を探索する。
損傷の激しい施設を探索中、ビオル・メデューナに襲撃されるも撃退。直後に現れたルーサー、デューマンに改造されたテオドールと対峙する。
ルーサー、エコーに「更なる力の獲得」を提案するも、エコーはこれを一蹴。勧誘に失敗するも気にすることなくテオドールと共に転移で姿を消す。※8
新光歴238年7月1日
アークスの情報規制が厳しくなる。後に情報規制が厳しくなったのはレギアスからの指示だとクーナから知らされる。
不明（新光歴238年7月3～5日？）
主人公、テオドールの正気を取り戻すため時間遡行で3月31日へと跳び、ウルクを救出する。サポートパートナーに憑依して同行していたシャオ、逆境にもめげないウルクの前向きな姿勢に興味を抱く。※13
新光歴238年7月6日
シオンに呼び出され、主人公、マトイと共にマザーシップに向かう。
マザーシップ到着直後、レギアスから主人公達の抹殺指令が下される。ねじ曲げられた主人公達の行動記録の公開と「絶対令（アビス）」が施行され、アークスのほぼ全員が主人公と敵対する。
主人公、アークス達を撒きつつマザーシップ深部を目指すも、オーザ、マールー、リサ、フーリエに行く手を阻まれる。しかし、マトイが無意識に放った力により４人のアビスが解かれ、※9正気を取り戻す。直後、ダーカーがマザーシップ内に出現したため、主人公の進路を守るために４人がその場に留まり、ダーカー殲滅と他のアークス達の足止めに徹する。
マザーシップ深部でマリア、ヒューイ、遅れてやって来たエコーと合流。※10
主人公達の前に三英雄が立ちはだかる。
交戦中、六芒均衡の四となったゼノが主人公達と合流、加勢する。
クーナ、通信ジャックで全アークスに主人公の正しい行動記録とルーサーがこれまで行った悪事の情報を公開し、六芒均衡零の力でレギアスのアビスを打ち消す。※9
主人公達の前に大量のクローンクラリスクレイスが現れ、主人公達に攻撃を仕掛けてくる。主人公の疑いが晴れたことにより休戦していた六芒均衡達が、主人公の進路を守るためにクローンと交戦する。
主人公、マザーシップ中枢手前でテオドールからの妨害を受け交戦、撃退する。ボロボロになりながらも戦うことを辞めないテオドールに対し、遅れて現れたウルクが説得することでテオドールが正気を取り戻す。
マトイが呼び寄せたクラリッサでマザーシップ中枢の扉を開くが、ルーサーは既にシオンを捕らえていた。シオンを掌握したルーサーにより全アークスシップが自爆の危機に追いやられるも、シオンの願いによりルーサーの隙を突いた主人公とマトイがシオンを消滅させたことでルーサーとアークスシップのリンクが途絶え、直後に現れた新マザーシップとシャオがアークスシップの管制を制御したことで難を逃れる。
シオンを失ったことで暴走したルーサーがダークファルス【敗者】になり主人公達を襲うも、主人公とマトイの力でこれを撃退する。※15
主人公達に倒され、瀕死のルーサーはマザーシップから逃げ出そうとするも、駆けつけたレギアスの創世器「世果」の最後の一撃を受け、死亡する。※11
ダークファルス【双子】が現れ、ルーサーの死体を補食。大量のルーサー複製体を造り上げ、主人公達を襲撃する。
主人公、レギアスと共に複製体を撃破。その後旧マザーシップを脱出する。
新光歴238年7月11日
主人公、シャオからの依頼で10年前の事件の調査するため時間遡行を行なう。※12
10年前のレギアス、ゼノ、二代目クラリスクレイスと出会い、二代目クラリスクレイスがマトイだったことを知る。
二代目クラリスクレイス、【若人】との戦闘後【仮面】からの攻撃で致命傷を負い、自身に内包していたダーカーの力を押さえきれなくなって深遠なる闇になりかける。自身を消滅させることで復活を阻止しようとしたが、シャオが主人公を強制帰還させるために発動させた時間遡行の力に巻き込まれ、記憶を失って10年後のナベリウスに漂流することとなる。
シオン、戦闘記録や人々の記憶など全ての情報から二代目クラリスクレイスと【若人】の情報を消去し、「二代目クラリスクレイスは【若人】と相討ちになって死亡した」と嘘の情報に書き換える。※12
不明（新光歴238年7月12日～8月6日？）
本人の希望により、シャオから特別枠としてマトイのアークス入隊申請が提出される。
※1
ルーサーはシオンの縁者と認められていないためシオンの姿を見ることも声を聞くことも出来ない。シオンに縁者として認められている主人公、マトイ、アルマ、シオンの子にあたるシャオだけは姿を見ることも会話することも出来る。EP5で現れたアルマもシオンの縁者にしか姿を見せることが出来ないため、もしシオンが存命ならシャオの子にあたるシエラもシオンに会うことは出来たと思われる。
※2
実は惑星ウォバルは既に発見されていたが、ルーサーが情報を隠匿して実験場として使用していたため、公には今回の救難信号が発信されたことで惑星ウォパルが発見されたことになっている。
ルーサーはこの場所でカブラカンの祖先やビオル・メデューナ等を作り、また10年前に連れ去ったサラを幽閉し、体内に残されていたクラリッサの痕跡の調査、実験、クローンの作成も行っていた。また、ウォパルの水流の力を応用し、後にシオンを捕縛した伝説のエロ衣装「レコードキャプチャー」もここで開発された。
※3
これまでの時間遡行はマターボードの「確定した事象」に基づいてシオンの力で行っていたものなので、主人公の力で行ったのはゼノの救出時が初となる。ただし、シャオのサポートが無ければ希望する時間に跳ぶことは出来ない。
※4
主人公がゼノやウルクの死を直接見た、確認したわけではないので、この時点ではまだ「確定した事象」にはなっていない。ただし、見方を変えれば「主人公がシャオに出合い、時間遡行でゼノを救出する」までが「確定した事象」とも言える。
恐らく最初の【仮面】の体験が前者、以降の【仮面】と主人公の体験が「最初の【仮面】が体験した事象」の後者ということだろう。
※5
本来シップ内はリミッターが設けられており、テクニックを使用しても発動前にリミッターがフォトンを吸収してしまうので発動することが出来ない。しかしマトイは規格外の力でテクニックを発動させたため、フィリアは驚きつつも心配し、マトイに力の使い方を学ばせるよう主人公に助言した。
※6
原住民であるカブラカン達はルーサーが作り出した生物であるため、アークスと同じ言語で会話することが出来た。（本来、未知の惑星の原住民と対話する際はある程度の言語情報を集めた上で解析する必要がある）
※7
これまでの時間遡行とは違って歴史を改変するのではなく、エコーとサラの二人から別々に受けた約束を守るため「ほぼ同時刻に二人の主人公が別々の場所を探索」することに使用されている。時間的にはルーサーは主人公とサラがいた施設を破壊したあと、主人公とエコーがいる施設を訪れていることになる。
※8
恐らくシオンが作り出したデューマンに興味を持ったルーサーがデューマンを解析し、テオドールをニューマンからデューマンに作り替えたと思われる。
※9
マトイも元二代目クラリスクレイスなので、後にクーナが使用したアビス解除令を無意識にここで使ったと思われる。
※10
アビスはアークスの遺伝子レベルに植え付けられており、エコーがレギアスのアビスに掛からなかったのは体質ではなく、ゼノがエコーにアビスをかけていたため。「ゼノと再開してからアビスを掛けられるまでの記憶を忘れる」という内容のためエコーはこの時のことを覚えていない。
アビスにアビスを上書きしなければ解除はされないため、レギアスのアビス行使→ゼノのアビスで上書きしてレギアスのアビスを無効化している。
※11
この時に世果は修復不可能な状態まで破損している。
創世器はシオンの力を受けて最大級の性能を発揮していたため、全ての創世器はシオンの死後パワーダウンしていた。そのため、通常武器がテクニック１発で壊れた２代目クラリスクレイスの時のようにレギアスの全力に弱体化した世果が耐えきれず大破した。
※12
シオンが二代目クラリスクレイスの情報を消去したことがシャオの調べで発覚したため、主人公が向かうこととなる。
二代目クラリスクレイスと【若人】のことは記憶から消されているが、ユクリータを誘拐したのは【双子】だったのでアフィンは10年前のことをある程度覚えていた。
シャオは「自分達の時間遡行のせいでマトイが巻き込まれてしまった」と推測しているが、実際はEP0でメルフォンシーナとクラリッサが２代目クラリスクレイスを10年後に転位させたことが「確定した事象」となったためであり、時間遡行の強制帰還をしなかったとしても別の方法で同じ結果になると思われる。
また、ゲッテムハルトとゼノが交戦したのも【双子】の方であり、二人の顔の傷はこの時に付いたこと、メルフォンシーナを助けられなかったことがゼノのハンター転職のきっかけになったことがEP0で語られている。
※13
EP5の会話で、まだアークスではなかった頃のストラトス（当時12～3才）も128番艦テミス襲撃に巻き込まれていた事実が語られている。
居住区でダーカーに襲われていたところをアークスに助けられたと語っているが、襲撃時はレギアスからの命令で全てのアークスは居住区に行けなかったため、「ストラトスを助けたアークス」はウルク救出のために時間遡行で現れた主人公の可能性が高い。
※14
オムニバスクエストEP2で主人公が【巨躯】の攻撃を素手で受け止めつつ力を吸収するムービーが追加された。ＯＰムービーでアッシュが地面にソード突き刺してようやく受けきったエルダーペインを素手で受け止める主人公さんマジパネェ。
※15
シオンがアークスシップの「演算」を司っていたが、「管制」はルーサーが司っていたためシオンの権限ではアークスシップの暴走を阻止することが出来なかった。あえて融合されることで「管制権」を得たシオンがシャオに管制権を引き継がせることでルーサーから管制権を奪っている。