東洋医学と西洋医学は、それぞれ独自の診断と治療体系をもっています。
その違いは、それぞれのベースになる「体を見る視点」や「病気を見る視点」の違いから生まれています。
解剖学や細胞生理学をベースとする西洋医学では、体は器官というさまざまなパーツの集合体とされています。
そのため、病巣であるひとつのパーツを中心に病気を見つめていきます（腫瘍などによる転移は除きます）。
一方、東洋医学では、「体全身は多くの部分が互いに密接に結びつき、生命として一つの体を成し、働いている」と見ますので、病巣がたとえひとつの部位 に限られていても、それが局所だけの問題なのか、または全身と関連して起こった問題なのか、という両方の視点で病気を見つめていきます。
尚、東洋医学では心、精神、情緒の変化でも、体に負担をかけ症状としてあらわれてきます。
そして、こうした考え方の違いは、自ずと治療にも反映されています。
西洋医学では、人体を細分化していく方向で研究が行われています。
そのため病巣が見つかると、その病巣部位 に、血管や神経、ホルモンなどの異常を見つけだすことで、診断や治療につなげていきます。
これに対し東洋医学では、全身を一つの有機体と見なしますので、病巣のある部位 への直接的な治療以外にも、全体的に関連したほかの部位や全身のバランスを調整します。