監督：クリス・コロンバス
主な登場人物（俳優）役柄
ハリー・ポッター（ダニエル・ラドクリフ）生き残った男の子。
ハーマイオニー・グレンジャー（エマ・ワトソン）マグルの少女。
ロン・ウィーズリー（ルパート・グリント）魔法使い旧家の六男坊。
ドラコ・マルフォイ（トム・フェルトン）魔法名門家の息子。
アルバス・ダンブルドア（リチャード・ハリス）ホグワーツ魔法魔術学校の校長。
ルビウス・ハグリッド（ロビー・コルトレーン）学校の鍵と領地の番人。
ミネルバ・マクゴガナル（マギー・スミス）副校長。変身術の先生。
セブルス・スネイプ（アラン・リックマン）魔法役の先生。
クレイル（イアン・ハート）闇の魔法への防衛術の先生。
フーチ（ゾーイ・ワナメイカー）飛行訓練の先生。
フィルチ（デイビッド・ブラッドリー）学校の管理人。
ヴォルデモート（リチャード・ブレマー）闇の魔法使い。
バーノン・ダーズリー（リチャード・グリフィス）ペチュニアの夫。
ペチュニア・ダーズリー（フィナオ・ショー）ハリーの母親の妹。
ダドリー・ダーズリー（ハリー・メリング）バーノンとペチュニアの息子。
（タイトル『harry potter and philosopher’s stone』）
10年後、ハリーはダーズリー家で叔父バーノン、叔母でハリーの母親の妹ペチュニア、同い年の従兄ダドリーと暮らしていた。部屋は階段下で、虐められる毎日を送っていた。ダドリーの誕生日に一家で動物園に行く。爬虫類館でハリーは蛇と会話する。ガラスが消滅し、ダドリーが檻に入り、蛇が脱走する。ハリーが事件を起こしたと思ったバーノンは、お仕置きをする。
11歳になるハリーに、ホグワーツから手紙が届く。バーノンが手紙を焼くが、毎日何度もフクロウが手紙を運んでくる。日曜日、暖炉から大量の手紙が噴き出す。
ハリーに手紙を見せないため、ダーズリー一家は離れ小島の小屋に泊まる。誕生日になり、小屋にハグリッドが来て、ハリーに「ホグワーツ魔法魔術学校」の入学許可証を渡す。ダーズリー夫妻は、ハリーの両親は交通事故で死んだと言っていたが、実は魔法使いで、ハリーも魔法使いの才能があった。ハリーはハグリッドについていく。
ハグリッドはハリーとロンドンにあるパブ「漏れ鍋」に行き、裏庭の壁の煉瓦を杖で叩くと、ダイアゴン横丁への入口が開く。
ハリーはお金がないので、ゴブリンが経営しているグリンゴッツ魔法銀行に行く。678番金庫で、死んだ両親が残した財産の多さにハリーはびっくりする。次に713番金庫に行き、ハグリッドがダンブルドアから頼まれた、大切な物を持って帰る。
ダイアゴン横丁でハグリッドとハリーは、学校で使う道具を揃える。ハリーは杖を買いにオリバンダーの店へ行き、不死鳥の尾羽が使われた杖に選ばれる。オリバンダーは、この杖と同じ材料の杖は、ハリーの両親を殺し、ハリーの額に傷をつけた相手が持っていると教える。
ハグリッドはハリーの誕生日プレゼントに白フクロウをあげる。ハグリッドは、「ヴォルデモート」がハリーの両親を殺したと教える。ヴォルデモートが魔法使いを暗黒の世界に引きずり込み、歯向かう者は皆殺され、ハリーの両親も殺された。ヴォルデモートは赤ん坊のハリーも殺そうとしたが、唯一人生き残り、額の傷は邪悪な呪を掛けられてできた傷だった。ハグリッドは、ヴォルデモートは弱っているだけで今もどこかで生きていると言う。ハリーは「生き残った男の子」として魔法界で有名だった。
キングス・クロス駅でハグリッドはハリーにホグワーツ行きの列車の切符を渡し、ダンブルドアの命令で先に出かける。ハリーは９と3/4番線を探すが、見つからない。ウィーズリー一家が９番線と10番線の間の壁に突っ込むのを見て、ホームへの行き方を聞く。ロンも新入生だった。
壁を抜けると9と3/4番線で、ハリーは「ホグワーツ特急」に乗る。ハリーはロンと友達になり、車内販売のお菓子を全部買ってロンと食べる。ハーマイオニー・グレンジャーとも友達になる。
ホグズミード駅に着いた１年生達は、ハグリッドに連れられ、船に乗ってホグワーツ魔法魔術学校へ行く。
学校に着き、マクゴナガル先生が1年生に寮別けの儀式があると教える。魔法界の名家の出のドラコ・マルフォイはハリーに友達になろうと誘うが、ドラコがロンを馬鹿にするのでハリーは断る。
１年生は大勢の先輩が待つ大広間に入る。ダンブルドア校長は入学式の挨拶で、暗黒の森と右側の３階の廊下へは立ち入り禁止だと注意する。１年生達は「組分け帽子」で、ハリー、ハーマイオニー、ロンはグリフィンドール寮。ドラコはスリザリン寮。他はハッフルパフ寮、レイブンクロー寮に振り分けられる。寮別け中にハリーは、クィレル先生の隣のスネイプ先生を見て額の傷が痛む。
食事が始まると、ほとんど首なしニックなどの幽霊たちが現れる。
ハリー達は、先輩に案内されてグリフィンドール寮に向かうが、階段が勝手に動く。入口の絵の太った婦人が合言葉を聞き、先輩は「カプート・ドラコニス（竜の頭）」と言って寮の扉を開けてもらう。入ると談話室で、男子寮は階段を上がって左。女子寮は階段を上がって右だ。
翌朝、ハリーとロンはマクゴナガル先生の変身術の授業に遅れて注意される。次はスネイプ先生の魔法薬の授業で、ハリーをスネイプ先生がけなす。呪文の授業で、シェイマスが水をラム酒に変えようとして、爆発させる。
フクロウ逹が生徒逹に郵便を運んでくる。ネビルに「思い出し玉」が届く。ロンに届いた魔法新聞をハリーが読むと、グリンゴッツ魔法銀行に泥棒が入ったが、狙われた713番の金庫の中身は事件の前にハグリッドが持ち出していた。
フーチ先生の空飛ぶ箒の授業。乗った箒が暴走し、落下してネビルが手の骨を折り、先生が医務室に連れて行く。その間にドラゴがからかってネビルの「思い出し玉」を投げる。ハリーは初めて乗った箒でそれを素早くキャッチする。それを見ていたマクゴナガル先生は、ハリーを上級生のウッドに紹介し、グリフィンドールのクィディッチのシーカーに抜擢する。
ハリーが1年生でクィディッチの選手になった事が、学校中の噂になる。ロンの双子の兄のフレッドとジョージも選手で、荒っぽい競技と教え、ハリーは怖くなる。ハーマイオニーが優勝楯を見せ、ハリーの父ジェームズが学生時代シーカーだったと教え、ハリーは嬉しくなる。
帰り道、階段が勝手に動き、３人は立ち入り禁止の３階に入る。フィンチの猫がいるのでフィンチがいると思い、近くの部屋に隠れる。そこに鎖に繋がれた巨大な三頭犬がいて、３人は逃げ出す。三頭犬の足元に仕掛け扉があり、何かを隠しているとハーマイオニーが気付く。
ウッドがクィディッチのルールをハリーに教える。ボールは、クアッフル、ブラッジャー（暴れ玉）、金のスニッチの３種類。ハリーはシーカーなのでスニッチを捕まえるのが役目。
フリットウィック先生の浮遊術の授業で、ハーマイオニーが羽を浮遊させて先生に褒められ、シェイマスが 羽を爆発させる。呪文の間違いを指摘されたロンが、ハーマイオニーを馬鹿にする。
ハロウィンの夜。生徒達は大広間で食事をしているが、ハーマイオニーはトイレで泣いていた。クィレルが、トロールが地下室に出たと報告して気絶する。ダンブルドアは生徒を寮に避難させ、先生達は地下室に行く。
ハリーとロンは、ハーマイオニーに知らせに行く。ハーマイオニーは、女子トイレでトロールに襲われる。ハリーとロンは魔法でトロールを気絶させる。そこへ先生達が駆け付ける。ハリーは、スネイプ先生が左足に怪我をしているのを見つける。
クィディッチの試合が近づき、ハリーは食欲がなくなり、スネイプ先生がハリーに皮肉を言う。ハリーは、トロールを校内に入れたのはスネイプで、騒ぎに乗じて、３階の部屋に隠している物を盗もうとして三頭犬にやられたと推測する。
そこにフクロウがハリーに最速の箒「ニンバス2000」を運んでくる。マクゴナガル先生からの贈り物のようだった。
試合当日。スリザリン対グリフィンドールのクィディッチの試合が始まる。クリッフルを奪い合い、グリフィンドールとスリザリンは得点を重ね、接戦になる。途中でハリーの箒が振り回されてハリーが地面に落ちそうになる。ハーマイオニーはスネイプ先生が呪文を唱えているのを発見する。
ハーマイオニーはスネイプ先生のマントを呪文で燃やし、気を逸らすとハリーの箒は元に戻る。ハリーはスニッチを見つけて追い、口で捕まえる。試合はグリフィンドールの勝ちで、グリフィンドール寮生は喜びに沸く。
ハリー達はハグリッドに「スネイプがハリーの箒に魔法をかけた。三頭犬にも近づいた。」と話す。ハグリッドは「三頭犬は自分の犬で、ダンブルドアに言われて大事な…」と言いかけ、重大な秘密なのでこれ以上聞くなと言う。ハリーは「犬が守っているものをスネイプが狙っている」と食い下がると、ハグリッドは「この件は、校長とニコラス・フラメルに任せとけ」と言う。「ニコラスって？」ハリーが聞くと、ハグリッドは口が滑ったと言う。
クリスマスイブ。ハリーとロンが「魔法使いのチェス」をしていると、ハーマイオニーは家に帰ると言う。
ロンは、両親がルーマニアに行き、ドラゴンの研究をしているチャーリー兄さんに会うので、ホグワーツに残ると言う。ハリーはホグワーツに残る。ハーマイオニーは２人に、図書館の閲覧禁止の棚を調べるように言う。
翌朝、クリスマス当日。ハリーに透明マントのプレゼントが届く。手紙には「お父さんから預かっていた物を返す。上手に使いなさい。」と書いてあった。それを着ると、体が透明になった。
夜、ハリーはこれを着て図書館に行き、ニコラスについて調べようとする。禁書の本を開くと本が大声を上げてフィルチに見つかりそうになり、ハリーは透明マントを着て逃げる。途中の廊下で、スネイプ先生がクィレル先生に詰め寄っているのを見つける。
フィルチが２人の先生に、閲覧禁止の棚に生徒が入ったと告げる。ハリーはある部屋に隠れる。そこに大きな鏡があり、覗くとハリーの死んだ両親が映る。驚いたハリーがロンを連れて鏡を見せると、ロンはクディッチで優勝した自分が見えると言う。
別の日、ハリーが鏡を見ているとダンブルドアが来て、それは見る人の心の奥に秘めた一番強い望みを映す「みぞの鏡」だと教える。その鏡に魅入られ身を滅ぼした者が大勢いたので、鏡は別のところに移すとハリーに忠告する。
学校が再開され、ハリーとロンにハーマイオニーが図書館の本を持ってきて、フラメルが「賢者の石」を造った錬金術師だと教える。本には「賢者の石は、全ての金属を黄金に変え、飲む者を不老不死にする「生命の水」を作り出す。現存する唯一の石はフラメルが所有し、昨年665歳になった。」と書いてあった。三頭犬の下の仕掛け扉の中にあるのは、「賢者の石」だと３人は確信する。
３人はハグリッドの小屋に行き、賢者の石をスネイプが狙っていると話す。ハグリッドは、スネイプは賢者の石を守っている先生の一人だと教える。ハグリッドは、酒場で見知らぬ男にもらったドラゴンの卵を孵化させた。ロンの兄が研究している種類のノルウェー・リッジバックだった。
その様子をドラコが見つけ、マクゴナガル先生に言いつける。ハリー達とドラコは、夜中に学校を抜け出した罰で減点される。
ドラコとハリー達はフィルチに連れられ、夜中抜け出した罰で「暗黒の森」で、ハグリッドの仕事を手伝う。ドラゴンはダンブルドアがルーマニアに送り、ハグリッドが悲しんでいた。
森に入ったハグリッドは傷ついたユニコーンを見つけると言い、ロンとハーマイオニーはハグリッドと一緒、ハリーとドラコが一緒に探す。ハリーとドラコは、ユニコーンを食べているヴォルデモートと遭遇する。ドラコは逃げ、ハリーは襲われそうになる。
そこにケンタウルスのフィレンツェが来てヴォルデモートを追い払う。フィレンツェは、弱ったヴォルデモートは、ユニコーンの肉を食べて生きながらえており、失った肉体を取り戻すため学校に隠された賢者の石を狙っている、とハリーに教える。
談話室で、ハリーはロンとハーマイオニーに、スネイプはヴォルデモートを復活させるために、賢者の石を狙っていると話す。
学期末試験が終わり、ハリーは額の傷が痛む。ハリーは、ドラゴンを欲しがっていたハグリッドに男がドラゴンの卵をあげるなんて、話が上手すぎると疑う。ハリーが聞くと、ハグリッドがその男に、三頭犬に音楽を聞かせるとおとなしくなると教えていた。
ハリー達はマクゴナガル先生に、ダンブルドアに会いたいと頼むが、ロンドンの魔法省へ呼び出されて不在だった。ハリーはマクゴナガル先生に「賢者の石」を盗もうとしている人がいると話すが、守りは万全だと帰される。
ハリー達が廊下で、ドラゴンの卵をハグリッドにあげたのはスネイプだと話していると、スネイプに聞かれ怪しまれる。ハリーは、スネイプより先に、今夜石を探しに行くと決断する。
夜、３人がグリフィンドール寮を抜け出そうとすると、ネビルが減点を防ぐために止める。ハーマイオニーは呪文でネビルを石にする。
３人は透明マントを被ってあの部屋に行くと、三頭犬はハープの音楽で眠っていた。三頭犬の足をどけて仕掛け扉を開けると、ハープの音が止まる。三頭犬が襲ってきて、３人は穴に飛び込む。穴に落ちると植物の根が３人の体を縛る。ハーマイオニーは、これは「悪魔の罠」で、じっとしていると大丈夫だと教える。ハーマイオニーとハリーはじっとして解放されるが、もがくロンに根がきつく絡まる。ハーマイオニーは「悪魔の罠」が苦手な光を魔法で出して、ロンを助ける。
先に進むと、何千羽の鍵鳥が飛んでいた。ハリーは置いてあった箒に乗り、一番古い鍵を捕まえる。次の部屋の扉を開ける。
次の部屋は、負けると壊される巨大「魔法使いのチェス」だった。ゲームに勝たないと次の部屋へ進めない。ハリーとハーマイオニーはビショップとルークの駒になり、ロンはナイトの駒に乗って駒の動きを指示する。ハリーが王を取るために、ロンは犠牲になり、駒から落ちて気絶する。ハリーは王手で勝つ。ハリーはハーマイオニーにロンを任せ、フクロウ便でダンブルドアへ知らせるように頼む。
ハリーが最後の部屋に入ると、「みぞの鏡」の前にスネイプではなくクィレルがいた。クィディッチの試合でハリーを殺そうとしたのはクィレルで、スネイプは反対呪文でハリーを助けていた。スネイプのマントが燃え、クィレルが目を放したので呪文が解けた。トロールを入れたのもクィレルで、スネイプがそれを見破って３階に行った。
クィレルがハリーに、賢者の石はどこだと尋ねる。ハリーが「みぞの鏡」を見ると、自分がズボンのポケットから賢者の石を取り出すのを見る。ハリーはポケットを探ると、賢者の石が入っていた。
クィレルがターバンを取ると、後頭部に人の体を借りなければ、生きていられないヴォルデモートが憑依していた。ヴォルデモートはハリーに、ポケットにある賢者の石を渡し、手を組むように誘う。
ヴォルデモートはクィレルにハリーを殺させて、石を奪おうとする。ハリーがクィレルの体に手を触れると、クィレルは焼けて灰になって崩れる。ヴォルデモートは体を失い、霧になって逃げ去る。
ハリーが病室で目覚めると、ダンブルドアがいた。ダンブルドアとニコラスは、賢者の石を壊した。賢者の石をハリーが持っていたのは、ダンブルドアが「みぞの鏡」に賢者の石を隠すときに、見つけたいが使おうとしない者が手にできるように細工をしたと教える。ただし、賢者の石がなくてもヴォルデモートが戻る方法はあった。クィレルがハリーに手を出せなかったのは、母が付けた愛の印の為だと教える。
大広間でダンブルドアが、学年末の最優秀の寮を表彰する。結果は、1位スリザリン472点、2位レイブンクロー426点、3位ハッフルパフ352点、4位グリフィンドール312点だった。しかし、「賢者の石」の件でハーマイオニーに50点、ロンに50点、ハリーに60点が追加され、スリザリンと同点になる。ネビルが規則破りをする3人を止めようとした勇気に10点加算となり、グリフィンドールが優勝する。会場の装飾がスリザリンの旗からグリフィンドールの旗に変わる。グリフィンドール寮生が喜ぶ。
ハリーは、ホグワーツ魔法魔術学校の1年生を終え、実家に帰る列車に乗る。ハグリッドから両親と幼い自分の写真をもらう。ハリーは、家はここだと言う。
（エンドクレジット）