監督：ローランド・エメリッヒ
主な登場人物（俳優）役柄
ジェイク・モリソン（リアム・ヘムズワース）地球防衛軍のパイロット。
デイビッド・レヴィンソン（ジェフ・ゴールドブラム）地球防衛部長。
パトレシア・ホイットモア（マイカ・モンロー）ホイットモア元大統領の娘。
トーマス・ホイットモア（ビル・プルマン）元大統領。
ディラン・ヒラー（ジェシー・アッシャー）英雄スティーブン・ヒラーの息子。レガシー大隊の隊長。
チャーリー・ミラー（トラヴィス・トープ）地球防衛軍のパイロット。
アダムズ将軍（ウイリアム・フィクナー）宇宙防衛本部の指揮官。
キャサリン・マルソー博士（シャーロット・ゲンズブール）心理学者。
ブラキッシュ・オーキン博士（ブレント・スパイナー）地球外生物を研究していた科学者。
ジュリアス・レヴィンソン（ジャド・ハーシュ）デイビッドの父親。
ランフォード大統領（セラ・ワード）現在の米国大統領。
レイン・ラオ（アンジェラベイビー）レガシー大隊のパイロット。
前作のホイットモア大統領の演説が流れる。
（タイトル）
ホイットモア元大統領はエイリアンの悪夢から覚める。
１９９６年の宇宙からの侵略者を人類が撃退してから２０年が経ち、エイリアンとの戦いで人類は数億人の命を失ったが、人類は結束し合い、地球上から戦争はなくなった。
エイリアンの侵略に備えて国同士が互い協力し、ＥＳＤ（地球宇宙防衛）を結成していた。ＥＳＤはエリア５１を本部とし、月、火星などに、エイリアンの技術を取り入れた地球防衛システムを構築した。エイリアンの技術を応用した戦闘機を開発し、レガシー大隊を結成した。レガシー大隊には、前回の戦いの英雄ヒラー大尉の息子ディランが隊長として所属していた。ヒラー大尉は、テスト飛行で死亡していた。ホイットモア元大統領の娘パトレシアは、ホワイトハウスで働いていた。
アダムズ将軍が指揮するＥＳＤの月面基地で、ジェイク・モリソンとチャーリー・ミラー達が牽引宇宙船で防衛装置を設置していた。
チャーリーのミスで装置が傾き、ジェイクが船の核融合エンジンを噴射して持ち上げる。
前回の戦いで活躍したデイビッド・レヴィンソンは、ＥＳＤの部長に就任していた。デイビッドはアフリカのコンゴで、旧友のキャサリン・マルソー博士と元反乱軍リーダーのウンブツ司令官に会う。１９９６年に不時着したエイリアンの宇宙船が、突然２日前から灯りが点く異変が起きていた。
デイビッド達が宇宙船の中に入ると、２０年前にエイリアンが故郷の惑星へ送信した救援信号が、発信し続けていた。デイビッドは宇宙船の起動は、この信号を受信したエイリアンが地球にやってくる予兆であると悟る。
ジェイクはパトリシアの恋人だった。月面基地にレガシー大隊がやって来る。ディランは、パイロット訓練以来ジェイクと仲が悪かった。
月面基地のジャン司令官の姪の、美しき女性パイロットのレイン・ラオにチャーリーが一目ぼれする。
ランフォード大統領が戦勝記念の演説をする。月面でレガシー大隊のデモンストレーション飛行が行われ、地球に中継される。ホイットモア元大統領が来るが、倒れる。
過去にエイリアンと接触したホイットモア元大統領とウンブツ司令官は、宇宙船が起動した後、エイリアンの襲来を伺わせるメッセージを頻発に受け取るようになっていた。
エリア５１の病院では、２０年間昏睡状態だったブラキッシュ・オーキン博士が、突然目覚める。
土星の基地が衛星ごと消滅する。ＥＳＤ月面基地の前にワームホールが出現し、巨大球形宇宙船が姿を現す。デイビッドはこの宇宙船は敵では無く、攻撃してはならないとランフォード大統領に告げるが、ランフォード大統領は攻撃を命令する。月面基地の巨大なレーザー砲が球形宇宙船を打ち抜き、宇宙船は月面へ墜落する。
デイビッドの父ジュリアス・レヴィンソンは、自分の本『世界を救う』を売り歩いていた。
ジェイクは月基地から宇宙船を拝借して、地球にデイビッドを迎えに行き、キャサリン博士やウンブツ司令官も月にやって来る。
デイビッド逹はジェイクの宇宙船で月面へと向い、月面基地の攻撃で墜落した宇宙船を調査する。デイビッド達が宇宙船の残骸から大きな箱を持ち帰ろうとした時、直径４８００ｋｍもある巨大なエイリアンの母船が突如、宇宙空間に姿を現した。ジェイクの宇宙船は、エイリアンの母船に引き付けられる。
ランフォード大統領は月面基地に、へエイリアン母船への攻撃を命令する。月面基地からレーザー砲が発射されるが、強力なシールドで防御された母船には全く効かない。レガシー大隊は撤退する。エイリアンの母船は、月面基地へ強烈なビーム砲を浴びせて瞬時に破壊し、ジャン司令達は死亡する。さらに、地球の周辺に張り巡らされた対エイリアン用の防衛システムを次々と破壊して、地球への大気圏突入に入る。
中国のある都市では、エイリアンの母船の強力な重力放射により、地上のあらゆる物が空中に巻き上げられ、その後墜落させられる。母船に引き付けられていたジェイクの宇宙船が、墜落時に脱出する。ロンドンなど、世界各国の主要都市部が壊滅状態となる。
ディランはヘリコプターで倒壊現場の救助に行くが、寸前で母親のジャスミンを救出できなかった。ジュリアスが乗った船は、エイリアンの母船が起こした津波に飲み込まれる。
ランフォード大統領はコロラド州シャイアン・マウンテン核シェルターに避難し、全世界に向けて、エイリアンが再び地球を侵略し、全面戦争が始まったことを緊急宣言する。
ホイットモア元大統領は、エリア５１へ向かう。デイビッドもやって来る。エリア５１で監禁していたエイリアン達が異常行動を起こすが、オーキン博士は、歓声を上げているのだと言う。ホイットモア元大統領はエイリアンから情報を得るため、隔離室に入ってエイリアンと接触し、エイリアンは枯れの体を借りて「彼女がやって来た。彼女は全て」と話す。ホイットモア元大統領が殺されそうになり、エイリアンをウンブツ司令官が殺す。
子共たちが車を運転して避難していると、ジュリアスを見つけて助ける。
ＥＳＤ本部では、エイリアンの母船の赤外線映像により、内部のハチの巣状の構造の中央にエイリアンの女王がいると推測する。全ての命令は女王エイリアンから発せられていることを突き止める。偵察機の映像で、エイリアンの母船が大西洋上に着水して、プラズマドリルで地球に穴を掘っていた。地球の核からエネルギーを吸い上げようとしていると思われた。
大西洋の沈没船探査船が米国政府より、エイリアンの母船の掘削の様子を監視するように依頼される。
２０年前と同じ独立記念日に出動命令が下り、ディランとジェイク達は、エイリアンの母船めがけて攻撃を開始する。母船はシールドで守られ、全く破壊できない。母船からエイリアンの小型戦闘機が大量に出動し、レガシー大隊は、エイリアンの戦闘機に次々と撃墜されていく。苦戦を強いられる中、ディランとジェイク達は母船内部への侵入に成功し、女王エイリアンのいる中央へと向かう。
しかしそれはエイリアンの罠だった。母船の中央に到着した彼らが爆弾を投下しようとした瞬間、レガシー大隊の戦闘機は全て機能が停止し、次々と墜落する。ＥＳＤ本部は、遠隔操作で爆弾の起爆スイッチを起動するが、シールドに封じ込められて不発に終わる。エイリアンは地球軌道上の人工衛星を全て破壊し、通信が不能になる。
エイリアンは核シェルターを急襲し、ランフォード大統領と閣僚達を殺害する。大統領を失った米国は、急遽ＥＳＤで指揮を執るアダムズ将軍を４６代合衆国大統領に任命する。
オーキン博士が、月面から回収した宇宙船の箱をレーザー砲で切断すると、中から白い球体が出現した。それは地球を襲ったエイリアンと別の地球外生命体から人類へ送られた人工知能で、博士達に語り始める。彼らの種族もエイリアン達と長い間戦いを続けてきたが、大半はすでにエイリアン達に殺されてしまい、自分が最後の1人になった。彼の使命は、エイリアンの標的にされた惑星を救うため、その惑星に住む生命を安全な場所に避難させるとともに、最新テクノロジーを与えて、エイリアンに対抗するための攻撃システムを構築させることだった。そのため、エイリアン達は人工知能の存在を恐れており、女王エイリアンは人工知能が起動したことを察知して、ここを襲い来ると警告した。
大統領に就任したアダムズ将軍は、全世界に向けて、エイリアンたちを殲滅すると演説する。
白い球体の起動信号を察知した女王エイリアンが、母船から小型宇宙船を切り離して、白い球体のあるＥＳＤ本部へ飛行して来る。人工知能の信号と同じ物を作ったデイビッドは、これを囮に女王エイリアンをおびき寄せ、核爆弾を爆発させる作戦を考える。しかし、通信できないため、爆弾の起動は手動でしなければならない。ホイットモア元大統領は、核弾爆弾を起動する任務を志願する。
ディランとジェイク達は、沼地に墜落するが無事だった。ディランとジェイクはエイリアンの母船をよじ登り、同じく無事だったチャーリーとレインと共に、エイリアンの２機の小型攻撃機を奪い、母船から脱出する。
子供達とジュリアスが乗った車のガソリンが無くなり、運転手がいないスクールバスを運転する。
砂漠の真ん中におびき出された女王エイリアンの小型船は爆破されたが、女王エイリアン自身もシールドを持っているため、無傷だった。巨大な女王エイリアンが、ＥＳＤ本部へ迫って来る。ジュリアスたちが乗ったバスが女王エイリアンに襲われる。
パトリシアが、戦闘機に乗り込み、集中攻撃で女王のシールドを破壊した。エイリアンの戦闘機に乗ったディランとジェイク達が、女王エイリアンに攻撃を浴びせる。女王エイリアンは、無数のエイリアンの戦闘機を操って竜巻状態にする。それに巻き込まれたディランとジェイク達は、核融合エンジンをふかして脱出する。
巨大な女王エイリアンは穴をあけ、地下のＥＳＤ本部から白い球体の人工知能を奪う。ディランとジェイク達は、女王エイリアンを背後から攻撃する。女王の生体スーツが裂け、中から女王エイリアン本体が出てくる。ついに女王は力尽きて倒れる。エイリアンの戦闘機は次々と機能を停止して墜落する。エイリアンの母船の掘削が地球のコアに到達する寸前に、停止する。
ディランとパトレシアは嬉しさのあまり、抱き合ってキスをする。それを見たチャーリーがレインに「同じことをしない？」と誘うと、レインは「食事から」と答える。
エイリアンの母船は地球から去る。人工知能は、提供するテクノロジーを利用すれば、次のエイリアンからの攻撃から、身を守ることができることを人類に約束した。恒星間旅行も可能になるので、オーキン博士は「エイリアンを攻撃しに行こう」と言う。
（写真は「ＩＭＤｂ」より）
