GTDでは頭にある「やるべきこと」をすべて書き出して管理します。
書き出す先は先は、ノートや手帳、パソコンと特に規定は無いのですが、私の場合は、USBメモリに入れて管理しています。USBメモリに入れておけば、どこでもパソコンにつないでGTDの情報を参照できるという利点があるからです。(逆にパソコンがなければ使えないという欠点もありますが)
またデータはPCに毎週バックアップを取ることでデータを紛失した場合にも対応できるようにしています。
ちなみに、私のUSBメモリのフォルダ構成は以下のとおりです。
■フォルダ構成
├in-box:その週に発生したやるべきことを格納

├プロジェクト
│ ├プロジェクト別フォルダ:この下にプロジェクト別フォルダを作成
│ └終了プロジェクト:終了したものはここに移動

├資料
│ ├メモ:チェックリストなどを格納
│ ├週次Rメモ:週次Rで確認するメモのショートカット配置
│ ├いつかやるリスト.xls
│ └週次レビューリスト.txt:週次Rのやり方チェックリスト

├次にとるべき行動.xls
└連絡待ちリスト.xls

*上記フォルダと基本資料の雛形を添付しますので、参考にしてください。(拡張子をtxt→lzhに変更して解凍してください。)
GTDフォルダ構成

また、GTDではやるべきことや思いついたことは頭に記憶しておくのではなく、in-boxと呼ばれるものに書き出して管理するようにします。私の場合、in-boxとして以下を使用しています。
 ・携帯電話
 ・自分宛のEメール
 ・WebのTODO管理システム(checkpad)
 ・手帳


*GTD関連のその他の記事はこちら。