NMFへの道(BiobaseインストールからNMFのインストールまで)

NMFのパッケージを導入するのにこんなエラーが。biobaseが必要....??
> library(NMF)

Loading required package: pkgmaker
Loading required package: registry
Loading required package: rngtools
Loading required package: cluster
Loading required package: Biobase
Error: package or namespace load failed for ‘NMF’ in .requirePackage(package):
 unable to find required package ‘Biobase’
In addition: Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called ‘Biobase’
2021-03-29 11:05:59.509 R[66105:3211063] _TIPropertyValueIsValid called with 4 on nil context!
2021-03-29 11:05:59.509 R[66105:3211063] imkxpc_getApplicationProperty:reply: called with incorrect property value 4, bailing.
2021-03-29 11:05:59.509 R[66105:3211063] Text input context does not respond to _valueForTIProperty:
2021-03-29 11:05:59.510 R[66105:3211063] _TIPropertyValueIsValid called with 4 on nil context!
2021-03-29 11:05:59.510 R[66105:3211063] imkxpc_getApplicationProperty:reply: called with incorrect property value 4, bailing.
2021-03-29 11:05:59.510 R[66105:3211063] Text input context does not respond to _valueForTIProperty:

= RでNMF(Nonnegative Matrix Factorization)パッケージをインストール - @peccul is peccu[2012-12-21 14:49:40] 潜在変数を探したいというか，行列分解をしてみたくてNMFを使おうと思ったが， CRANからはRのパッケージが削除されてたらしい． Package ‘NMF’ was removed from the CRAN repository. CRAN - Package NMFpeccu.hatenablog.com

これをコピペしてBiobaseをインストールしてみる。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Error: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/install
> biocLite("Biobase")
Error in biocLite("Biobase") : could not find function "biocLite"

だめだ..原因がわからないため一個ずつ。

このサイトがxなのかも

ということでこのサイトを引用

BioConductorのインストール | Observation Islandplaza.umin.ac.jp

エラーメッセージではR versin 3.5からはbioLiteではなく、BiocManagerを使用するようにとなっています。

とのこと。

次にここ

https://bioconductor.riken.jp/packages/3.10/bioc/html/Biobase.html

のサイト通りに

To install this package, start R (version "3.6") and enter:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Biobase")

としたらどうやらできたかも。

次に突如出てきた

Update all/some/none? [a/s/n]: 

これをどうするか

aを入力したらとりあえず完成