原告らが原告株式会社に同社株式を譲渡し，原告会社がこれを他の原告に再譲渡したことに関し，税務署長が，原告株式会社への譲渡が所得税法の「著しく低い価額の対価として政令で定める額による譲渡」に当たるとして，原告らの確定申告について更正処分等をし，また再譲渡は廉価でされたものであり，その経済的利益は所得税法の「給与等」に当たるとして，他の原告の確定申告について更正処分をするとともに，原告会社に対して源泉徴収義務を負うとして納税告知処分等をしたことから，原告らがそれぞれ処分等の取消しを求めたのに対し，処分等はいずれも適法として，請求を棄却した事例
所得税更正処分等取消請求事件（第１事件，第２事件，第３事件）
【事件番号】 東京地方裁判所判決／平成３０年（行ウ）第３８９号、平成３０年（行ウ）第４００号、平成３０年（行ウ）第４０１号
【判決日付】 令和４年２月１４日
【判示事項】 原告らが原告株式会社に同社株式を譲渡し，原告会社がこれを他の原告に再譲渡したことに関し，税務署長が，原告株式会社への譲渡が所得税法の「著しく低い価額の対価として政令で定める額による譲渡」に当たるとして，原告らの確定申告について更正処分等をし，また再譲渡は廉価でされたものであり，その経済的利益は所得税法の「給与等」に当たるとして，他の原告の確定申告について更正処分をするとともに，原告会社に対して源泉徴収義務を負うとして納税告知処分等をしたことから，原告らがそれぞれ処分等の取消しを求めたのに対し，処分等はいずれも適法として，請求を棄却した事例
【掲載誌】 ＬＬＩ／ＤＢ 判例秘書登載
【評釈論文】 Ｔ＆Ａｍａｓｔｅｒ９６２号１４頁
所得税法３３，３６，５９，
（給与所得）
第二十八条 給与所得とは、俸給、給料、賃金、歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与（以下この条において「給与等」という。）に係る所得をいう。
２ 給与所得の金額は、その年中の給与等の収入金額から給与所得控除額を控除した残額とする。
３ 前項に規定する給与所得控除額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
一 前項に規定する収入金額が百八十万円以下である場合 当該収入金額の百分の四十に相当する金額から十万円を控除した残額（当該残額が五十五万円に満たない場合には、五十五万円）
二 前項に規定する収入金額が百八十万円を超え三百六十万円以下である場合 六十二万円と当該収入金額から百八十万円を控除した金額の百分の三十に相当する金額との合計額
三 前項に規定する収入金額が三百六十万円を超え六百六十万円以下である場合 百十六万円と当該収入金額から三百六十万円を控除した金額の百分の二十に相当する金額との合計額
四 前項に規定する収入金額が六百六十万円を超え八百五十万円以下である場合 百七十六万円と当該収入金額から六百六十万円を控除した金額の百分の十に相当する金額との合計額
五 前項に規定する収入金額が八百五十万円を超える場合 百九十五万円
４ その年中の給与等の収入金額が六百六十万円未満である場合には、当該給与等に係る給与所得の金額は、前二項の規定にかかわらず、当該収入金額を別表第五の給与等の金額として、同表により当該金額に応じて求めた同表の給与所得控除後の給与等の金額に相当する金額とする。
（譲渡所得）
第三十三条 譲渡所得とは、資産の譲渡（建物又は構築物の所有を目的とする地上権又は賃借権の設定その他契約により他人に土地を長期間使用させる行為で政令で定めるものを含む。以下この条において同じ。）による所得をいう。
２ 次に掲げる所得は、譲渡所得に含まれないものとする。
一 たな卸資産（これに準ずる資産として政令で定めるものを含む。）の譲渡その他営利を目的として継続的に行なわれる資産の譲渡による所得
二 前号に該当するもののほか、山林の伐採又は譲渡による所得
３ 譲渡所得の金額は、次の各号に掲げる所得につき、それぞれその年中の当該所得に係る総収入金額から当該所得の基因となつた資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額を控除し、その残額の合計額（当該各号のうちいずれかの号に掲げる所得に係る総収入金額が当該所得の基因となつた資産の取得費及びその資産の譲渡に要した費用の額の合計額に満たない場合には、その不足額に相当する金額を他の号に掲げる所得に係る残額から控除した金額。以下この条において「譲渡益」という。）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする。
一 資産の譲渡（前項の規定に該当するものを除く。次号において同じ。）でその資産の取得の日以後五年以内にされたものによる所得（政令で定めるものを除く。）
二 資産の譲渡による所得で前号に掲げる所得以外のもの
４ 前項に規定する譲渡所得の特別控除額は、五十万円（譲渡益が五十万円に満たない場合には、当該譲渡益）とする。
５ 第三項の規定により譲渡益から同項に規定する譲渡所得の特別控除額を控除する場合には、まず、当該譲渡益のうち同項第一号に掲げる所得に係る部分の金額から控除するものとする。
（収入金額）
第三十六条 その年分の各種所得の金額の計算上収入金額とすべき金額又は総収入金額に算入すべき金額は、別段の定めがあるものを除き、その年において収入すべき金額（金銭以外の物又は権利その他経済的な利益をもつて収入する場合には、その金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の価額）とする。
２ 前項の金銭以外の物又は権利その他経済的な利益の価額は、当該物若しくは権利を取得し、又は当該利益を享受する時における価額とする。
３ 無記名の公社債の利子、無記名の株式（無記名の公募公社債等運用投資信託以外の公社債等運用投資信託の受益証券及び無記名の社債的受益権に係る受益証券を含む。第百六十九条第二号（分離課税に係る所得税の課税標準）、第二百二十四条第一項及び第二項（利子、配当等の受領者の告知）並びに第二百二十五条第一項及び第二項（支払調書及び支払通知書）において「無記名株式等」という。）の剰余金の配当（第二十四条第一項（配当所得）に規定する剰余金の配当をいう。）又は無記名の貸付信託、投資信託若しくは特定受益証券発行信託の受益証券に係る収益の分配については、その年分の利子所得の金額又は配当所得の金額の計算上収入金額とすべき金額は、第一項の規定にかかわらず、その年において支払を受けた金額とする。
（贈与等の場合の譲渡所得等の特例）
第五十九条 次に掲げる事由により居住者の有する山林（事業所得の基因となるものを除く。）又は譲渡所得の基因となる資産の移転があつた場合には、その者の山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算については、その事由が生じた時に、その時における価額に相当する金額により、これらの資産の譲渡があつたものとみなす。
一 贈与（法人に対するものに限る。）又は相続（限定承認に係るものに限る。）若しくは遺贈（法人に対するもの及び個人に対する包括遺贈のうち限定承認に係るものに限る。）
二 著しく低い価額の対価として政令で定める額による譲渡（法人に対するものに限る。）
２ 居住者が前項に規定する資産を個人に対し同項第二号に規定する対価の額により譲渡した場合において、当該対価の額が当該資産の譲渡に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算上控除する必要経費又は取得費及び譲渡に要した費用の額の合計額に満たないときは、その不足額は、その山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額の計算上、なかつたものとみなす。
所得税法施行令
（時価による譲渡とみなす低額譲渡の範囲）
第百六十九条 法第五十九条第一項第二号（贈与等の場合の譲渡所得等の特例）に規定する政令で定める額は、同項に規定する山林又は譲渡所得の基因となる資産の譲渡の時における価額の二分の一に満たない金額とする。
租税特別措置法３７の１０
（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）
第三十七条の十 居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、平成二十八年一月一日以後に一般株式等（株式等のうち次条第二項に規定する上場株式等以外のものをいう。以下この条において同じ。）の譲渡（金融商品取引法第二十八条第八項第三号イに掲げる取引（第三十七条の十一の二第二項において「有価証券先物取引」という。）の方法により行うもの並びに法人の自己の株式又は出資の第三項第五号に規定する取得及び公社債の買入れの方法による償還に係るものを除く。以下この項及び次条第一項において同じ。）をした場合には、当該一般株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（所得税法第四十一条の二の規定に該当する事業所得及び雑所得並びに第三十二条第二項の規定に該当する譲渡所得を除く。第三項及び第四項において「一般株式等に係る譲渡所得等」という。）については、同法第二十二条及び第八十九条並びに第百六十五条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、その年中の当該一般株式等の譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項において「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額（一般株式等に係る譲渡所得等の金額（第六項第五号の規定により読み替えられた同法第七十二条から第八十七条までの規定の適用がある場合には、その適用後の金額）をいう。）の百分の十五に相当する金額に相当する所得税を課する。この場合において、一般株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、同法その他所得税に関する法令の規定の適用については、当該損失の金額は生じなかつたものとみなす。
２ この条において「株式等」とは、次に掲げるもの（外国法人に係るものを含むものとし、ゴルフ場その他の施設の利用に関する権利に類するものとして政令で定める株式又は出資者の持分を除く。）をいう。
一 株式（株主又は投資主（投資信託及び投資法人に関する法律第二条第十六項に規定する投資主をいう。）となる権利、株式の割当てを受ける権利、新株予約権（同条第十七項に規定する新投資口予約権を含む。以下この号において同じ。）及び新株予約権の割当てを受ける権利を含む。）
二 特別の法律により設立された法人の出資者の持分、合名会社、合資会社又は合同会社の社員の持分、法人税法第二条第七号に規定する協同組合等の組合員又は会員の持分その他法人の出資者の持分（出資者、社員、組合員又は会員となる権利及び出資の割当てを受ける権利を含むものとし、次号に掲げるものを除く。）
三 協同組織金融機関の優先出資に関する法律（平成五年法律第四十四号）に規定する優先出資（優先出資者（同法第十三条第一項の優先出資者をいう。）となる権利及び優先出資の割当てを受ける権利を含む。）及び資産の流動化に関する法律第二条第五項に規定する優先出資（優先出資社員（同法第二十六条に規定する優先出資社員をいう。）となる権利及び同法第五条第一項第二号ニ（２）に規定する引受権を含む。）
四 投資信託の受益権
五 特定受益証券発行信託の受益権
六 社債的受益権
七 公社債（預金保険法（昭和四十六年法律第三十四号）第二条第二項第五号に規定する長期信用銀行債等その他政令で定めるものを除く。以下この款において同じ。）
３ 一般株式等を有する居住者又は恒久的施設を有する非居住者が、当該一般株式等につき交付を受ける次に掲げる金額（所得税法第二十五条第一項の規定に該当する部分の金額を除く。次条第三項において同じ。）及び政令で定める事由により当該一般株式等につき交付を受ける政令で定める金額は、一般株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなして、同法及びこの章の規定を適用する。
一 法人（法人税法第二条第六号に規定する公益法人等を除く。以下この項において同じ。）の所得税法第二条第一項第八号の二に規定する株主等（以下この項において「株主等」という。）がその法人の合併（法人課税信託に係る信託の併合を含む。以下この号において同じ。）（当該法人の株主等に法人税法第二条第十二号に規定する合併法人（信託の併合に係る新たな信託である法人課税信託に係る所得税法第六条の三に規定する受託法人を含む。）又は合併法人との間に当該合併法人の発行済株式若しくは出資（自己が有する自己の株式又は出資を除く。次号及び第三号において「発行済株式等」という。）の全部を直接若しくは間接に保有する関係として政令で定める関係がある法人のうちいずれか一の法人の株式又は出資以外の資産（当該株主等に対する株式又は出資に係る剰余金の配当、利益の配当又は剰余金の分配として交付がされた金銭その他の資産及び合併に反対する当該株主等に対するその買取請求に基づく対価として交付がされる金銭その他の資産を除く。）の交付がされなかつたものを除く。）により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
二 法人の株主等がその法人の分割（法人税法第二条第十二号の九イに規定する分割対価資産として同条第十二号の三に規定する分割承継法人（信託の分割により受託者を同一とする他の信託からその信託財産の一部の移転を受ける法人課税信託に係る所得税法第六条の三に規定する受託法人を含む。）又は分割承継法人との間に当該分割承継法人の発行済株式等の全部を直接若しくは間接に保有する関係として政令で定める関係がある法人のうちいずれか一の法人の株式又は出資以外の資産の交付がされなかつたもので、当該株式又は出資が法人税法第二条第十二号の二に規定する分割法人（信託の分割によりその信託財産の一部を受託者を同一とする他の信託又は新たな信託の信託財産として移転する法人課税信託に係る所得税法第六条の三に規定する受託法人を含む。以下この号において同じ。）の発行済株式等の総数又は総額のうちに占める当該分割法人の各株主等の有する当該分割法人の株式の数又は金額の割合に応じて交付されたものを除く。）により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
三 法人の株主等がその法人の行つた法人税法第二条第十二号の十五の二に規定する株式分配（当該法人の株主等に同号に規定する完全子法人の株式又は出資以外の資産の交付がされなかつたもので、当該株式又は出資が同条第十二号の五の二に規定する現物分配法人の発行済株式等の総数又は総額のうちに占める当該現物分配法人の各株主等の有する当該現物分配法人の株式の数又は金額の割合に応じて交付されたものを除く。）により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
四 法人の株主等がその法人の資本の払戻し（株式に係る剰余金の配当（資本剰余金の額の減少に伴うものに限る。）のうち法人税法第二条第十二号の九に規定する分割型分割（法人課税信託に係る信託の分割を含む。）によるもの及び同条第十二号の十五の二に規定する株式分配以外のもの並びに所得税法第二十四条第一項に規定する出資等減少分配をいう。）により、又はその法人の解散による残余財産の分配として交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
五 法人の株主等がその法人の自己の株式又は出資の取得（金融商品取引所（金融商品取引法第二条第十六項に規定する金融商品取引所をいう。次条第二項において同じ。）の開設する市場における購入による取得その他の政令で定める取得及び所得税法第五十七条の四第三項第一号から第三号までに掲げる株式又は出資の同項に規定する場合に該当する場合における取得を除く。）により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
六 法人の株主等がその法人の出資の消却（取得した出資について行うものを除く。）、その法人の出資の払戻し、その法人からの退社若しくは脱退による持分の払戻し又はその法人の株式若しくは出資をその法人が取得することなく消滅させることにより交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
七 法人の株主等がその法人の組織変更（当該組織変更に際して当該組織変更をしたその法人の株式又は出資以外の資産が交付されたものに限る。）により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
八 公社債の元本の償還（買入れの方法による償還を含む。以下この号において同じ。）により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額（当該金銭又は金銭以外の資産とともに交付を受ける金銭又は金銭以外の資産で元本の価額の変動に基因するものの価額を含むものとし、第三条第一項第一号に規定する特定公社債以外の公社債の償還により交付を受ける金銭又は金銭以外の資産でその償還の日においてその者（以下この号において「対象者」という。）又は当該対象者と政令で定める特殊の関係のある法人を判定の基礎となる株主として選定した場合に当該金銭又は金銭以外の資産の交付をした法人が法人税法第二条第十号に規定する同族会社に該当することとなるときにおける当該対象者その他の政令で定める者が交付を受けるものの価額を除く。）の合計額
九 分離利子公社債（公社債で元本に係る部分と利子に係る部分とに分離されてそれぞれ独立して取引されるもののうち、当該利子に係る部分であつた公社債をいう。）に係る利子として交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
４ 投資信託若しくは特定受益証券発行信託（以下この項において「投資信託等」という。）の受益権で一般株式等に該当するもの又は社債的受益権で一般株式等に該当するものを有する居住者又は恒久的施設を有する非居住者がこれらの受益権につき交付を受ける次に掲げる金額は、一般株式等に係る譲渡所得等に係る収入金額とみなして、所得税法及びこの章の規定を適用する。
一 その上場廃止特定受益証券発行信託（その受益権が金融商品取引法第二条第十六項に規定する金融商品取引所に上場されていたことその他の政令で定める要件に該当する特定受益証券発行信託をいう。以下この号及び次号において同じ。）の終了（当該上場廃止特定受益証券発行信託の信託の併合に係るものである場合にあつては、当該上場廃止特定受益証券発行信託の受益者に当該信託の併合に係る新たな信託の受益権以外の資産（信託の併合に反対する当該受益者に対するその買取請求に基づく対価として交付される金銭その他の資産を除く。）の交付がされた信託の併合に係るものに限る。）又は一部の解約により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
二 その投資信託等（上場廃止特定受益証券発行信託を除く。以下この号において同じ。）の終了（当該投資信託等の信託の併合に係るものである場合にあつては、当該投資信託等の受益者に当該信託の併合に係る新たな信託の受益権以外の資産（信託の併合に反対する当該受益者に対するその買取請求に基づく対価として交付される金銭その他の資産を除く。）の交付がされた信託の併合に係るものに限る。）又は一部の解約により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額のうち当該投資信託等について信託されている金額（当該投資信託等の受益権に係る部分の金額に限る。）に達するまでの金額
三 その特定受益証券発行信託に係る信託の分割（分割信託（信託の分割によりその信託財産の一部を受託者を同一とする他の信託又は新たな信託の信託財産として移転する信託をいう。次条第四項第二号において同じ。）の受益者に承継信託（信託の分割により受託者を同一とする他の信託からその信託財産の一部の移転を受ける信託をいう。同号において同じ。）の受益権以外の資産（信託の分割に反対する当該受益者に対する信託法第百三条第六項に規定する受益権取得請求に基づく対価として交付される金銭その他の資産を除く。）の交付がされたものに限る。）により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額のうち当該特定受益証券発行信託について信託されている金額（当該特定受益証券発行信託の受益権に係る部分の金額に限る。）に達するまでの金額
四 社債的受益権の元本の償還により交付を受ける金銭の額及び金銭以外の資産の価額の合計額
５ 前三項に定めるもののほか、第一項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
６ 第一項の規定の適用がある場合には、次に定めるところによる。
一 所得税法第二条第一項第三十号から第三十四号の四までの規定の適用については、同項第三十号中「山林所得金額」とあるのは、「山林所得金額並びに租税特別措置法第三十七条の十第一項（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する一般株式等に係る譲渡所得等の金額（以下「一般株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）」とする。
二 所得税法第二十四条第二項の規定の適用については、同項中「又は雑所得」とあるのは、「、譲渡所得又は雑所得」とする。
三 所得税法第三十三条第三項の規定の適用については、同項中「譲渡所得の金額」とあるのは「一般株式等に係る譲渡所得の金額」と、「譲渡に要した費用の額」とあるのは「譲渡に要した費用の額並びにその年中に支払うべきその資産を取得するために要した負債の利子」と、「し、その残額」とあるのは「した残額」と、「。以下この条において「譲渡益」という。）から譲渡所得の特別控除額を控除した金額とする」とあるのは「）とする」とする。
四 所得税法第六十九条の規定の適用については、同条第一項中「譲渡所得の金額」とあるのは「譲渡所得の金額（事業所得の金額及び譲渡所得の金額にあつては、租税特別措置法第三十七条の十第一項（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）に規定する一般株式等に係る譲渡所得等がないものとして計算した金額とする。）」と、「各種所得の金額」とあるのは「各種所得の金額（一般株式等に係る譲渡所得等の金額を除く。）」とする。
五 所得税法第七十一条及び第七十二条から第八十七条までの規定の適用については、これらの規定中「総所得金額」とあるのは、「総所得金額、一般株式等に係る譲渡所得等の金額」とする。
六 所得税法第九十二条、第九十五条及び第百六十五条の六の規定の適用については、同法第九十二条第一項中「前節（税率）」とあるのは「前節（税率）及び租税特別措置法第三十七条の十第一項（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）」と、「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び租税特別措置法第三十七条の十第一項に規定する一般株式等に係る課税譲渡所得等の金額の合計額」と、同条第二項中「課税総所得金額に係る所得税額」とあるのは「課税総所得金額に係る所得税額、租税特別措置法第三十七条の十第一項の規定による所得税の額」と、同法第九十五条及び第百六十五条の六中「その年分の所得税の額」とあるのは「その年分の所得税の額及び租税特別措置法第三十七条の十第一項（一般株式等に係る譲渡所得等の課税の特例）の規定による所得税の額」とする。
七 前各号に定めるもののほか、所得税法第二編第五章の規定による申請又は申告に関する特例その他第一項の規定の適用がある場合における所得税に関する法令の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
主 文
１ 原告らの請求をいずれも棄却する。
２ 訴訟費用は原告らの負担とする。
事実及び理由
第１ 請求
１ 第１事件に係る請求
札幌西税務署長（以下「本件税務署長１」という。）が平成２９年６月２日付けで原告母Ａ１に対してした平成２５年分の所得税及び復興特別所得税（以下「所得税等」という。）の更正処分（ただし，裁決により一部取り消された後のもの。以下，特記しない限り，裁決により一部取り消された後の当該更正処分を「本件更正処分（原告母Ａ１分）」という。）のうち，未公開分株式等課税譲渡所得等の金額（租税特別措置法３７条の１０第１項（平成２６年法律第１０号による改正前のもの。以下同じ。）所定の「株式等に係る課税譲渡所得等の金額」のうち，平成２０年法律第２３号附則４３条２項所定の「上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額」以外の金額のこと。以下同じ。）零円及び納付すべき税額マイナス１３０万９８００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（ただし，裁決により一部取り消された後のもの。以下，特記しない限り，裁決により一部取り消された後の当該賦課決定処分を「本件賦課決定処分（原告母Ａ１分）」という。また，本件更正処分（原告母Ａ１分）及び本件賦課決定処分（原告母Ａ１分）を併せて「本件更正処分等（原告母Ａ１分）」という。）を取り消す（なお，納付すべき税額のマイナスは，還付金の額に相当する税額のことを意味する。また，本判決では，税額につき，納付すべき税額が増加する方向及び還付金の額に相当する税額が減少する方向をプラス，納付すべき税額が減少する方向及び還付金の額に相当する税額が増加する方向をマイナスとみて，ある金額よりもプラス方向の部分を「超える部分」，ある金額よりもマイナス方向の部分を「超えない部分」と表現する。以下同じ。）。
２ 第２事件に係る請求
本件税務署長１が平成２９年６月２日付けで原告長男Ａ２に対してした平成２５年分の所得税等の更正処分（ただし，裁決により一部取り消された後のもの。以下，特記しない限り，裁決により一部取り消された後の当該更正処分を「本件更正処分（原告長男Ａ２分）」という。）のうち，未公開分株式等課税譲渡所得等の金額零円及び納付すべき税額マイナス６９万２５３７円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（ただし，裁決により一部取り消された後のもの。以下，特記しない限り，裁決により一部取り消された後の当該賦課決定処分を「本件賦課決定処分（原告長男Ａ２分）」という。また，本件更正処分（原告長男Ａ２分）及び本件賦課決定処分（原告長男Ａ２分）を併せて「本件更正処分等（原告長男Ａ２分）」という。）を取り消す。
３ 第３事件に係る請求
（１）本件税務署長１が平成２９年５月９日付けで原告長男Ｂ１に対してした平成２５年分の所得税等の更正処分（以下「本件更正処分（原告長男Ｂ１分）」という。）のうち，総所得金額１８７５万２０００円及び納付すべき税額１０万１７００円を超える部分並びに過少申告加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分（原告長男Ｂ１分）」という。また，本件更正処分（原告長男Ｂ１分）及び本件賦課決定処分（原告長男Ｂ１分）を併せて「本件更正処分等（原告長男Ｂ１分）」という。）を取り消す。
（２）旭川東税務署長（以下「本件税務署長２」という。）が平成２９年５月９日付けで原告会社に対してした平成２５年８月分の源泉徴収に係る所得税等（以下「源泉所得税等」という。）の納税告知処分（以下「本件納税告知処分（原告会社分）」という。）及び不納付加算税の賦課決定処分（以下「本件賦課決定処分（原告会社分）」という。また，本件納税告知処分（原告会社分）及び本件賦課決定処分（原告会社分）を併せて「本件納税告知処分等（原告会社分）」という。）を取り消す。
第２ 事案の概要
原告会社は，平成２５年８月２２日に，原告母Ａ１，原告長男Ａ２，Ａ３（以下「訴外長女Ａ３」という。）及びＡ４（以下「訴外二女Ａ４」という。）から，原告会社の株式７４９８株を取得した上で（以下，これに係る取引を「本件取引１等」という。また，このうち，原告母Ａ１及び原告長男Ａ２に係るものを「本件取引１」といい，原告母Ａ１に係るものを「本件取引１（原告母Ａ１分）」といい，原告長男Ａ２に係るものを「本件取引１（原告長男Ａ２分）」という。），原告長男Ｂ１に対し，当該株式７４９８株を処分した（以下，これに係る取引を「本件取引２」という。）。
第１事件は，原告母Ａ１が，平成２５年分の所得税等の確定申告書（以下「本件確定申告書（原告母Ａ１分）」という。）を提出したところ，本件税務署長１が，本件取引１（原告母Ａ１分）は所得税法５９条１項２号所定の「著しく低い価額の対価として政令で定める額による譲渡」に該当するなどとして，本件更正処分等（原告母Ａ１分）（ただし，裁決により一部取り消される前のもの）をしたことから，原告母Ａ１が，前記第１の１のとおりの取消しを求めた事案である。
第２事件は，原告長男Ａ２が，平成２５年分の所得税等の確定申告書（以下「本件確定申告書（原告長男Ａ２分）」という。）を提出したところ，本件税務署長１が，本件取引１（原告長男Ａ２分）は所得税法５９条１項２号所定の「著しく低い価額の対価として政令で定める額による譲渡」に該当するなどとして，本件更正処分等（原告長男Ａ２分）（ただし，裁決により一部取り消される前のもの）をしたことから，原告長男Ａ２が，前記第１の２のとおりの取消しを求めた事案である。
第３事件のうち原告長男Ｂ１の請求に係るものは，原告長男Ｂ１が，平成２５年分の所得税等の確定申告書（以下「本件確定申告書（原告長男Ｂ１分）」という。）を提出したところ，本件税務署長１が，本件取引２は廉価でされたものであり，それによって享受した経済的な利益は所得税法２８条１項所定の「給与等」に該当するなどとして，本件更正処分等（原告長男Ｂ１分）をしたことから，原告長男Ｂ１が，前記第１の３（１）のとおりの取消しを求めた事案である。
第３事件のうち原告会社の請求に係るものは，本件税務署長２が，上記の経済的な利益は所得税法２８条１項所定の「給与等」に該当するため，原告会社はそれに係る源泉徴収義務（同法１８３条１項の規定による源泉徴収義務のこと。以下同じ。）を負うことになるなどとして，本件納税告知処分等（原告会社分）をしたことから，原告会社が，前記第１の３（２）のとおりの取消しを求めた事案である。