納税者が平成１１年分の所得税の確定申告において勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストックオプションの権利行使益を一時所得として申告したことにつき国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとされた事例
各所得税更正処分等取消請求事件
【事件番号】 最高裁判所第１小法廷判決／平成１７年（行ヒ）第９６号
【判決日付】 平成１８年１１月１６日
【判示事項】 納税者が平成１１年分の所得税の確定申告において勤務先の日本法人の親会社である外国法人から付与されたストックオプションの権利行使益を一時所得として申告したことにつき国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとされた事例
【判決要旨】 納税者が勤務先の日本法人の親会社である米国法人から付与されたストックオプションの権利行使益を一時所得として所得税の申告をしたことにつき，国税通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとされた事例
【参照条文】 国税通則法６５－１
国税通則法６５－４
所得税法２８－１
所得税法３４－１
【掲載誌】 最高裁判所裁判集民事２２２号２４３頁
１ 事案の概要
本件は，米国法人インテル・コーポレーションから，日本の子会社であるインテル株式会社の取締役Ｘに付与されたストックオプションの権利行使益に関し，平成１１年分の所得税に係る更正及び過少申告加算税賦課決定（本件賦課決定）の適否が争われた事件である。原審は，この権利行使益が給与所得に当たるとし，Ｘがこれを一時所得として申告し給与所得としては申告しなかったことについて，国税通則法（以下「通則法」という。）６５条４項の「正当な理由」があるとはいえないとして，更正及び過少申告加算税賦課決定を適法としていた。
２ 本判決の判示の意義
外国親会社から日本の子会社の従業員等に付与されたストックオプションの権利行使益が給与所得に当たると解されることは，最三小判平１７．１．２５民集５９巻１号６４頁，判タ１１７４号１４７頁で決着したが，権利行使益の過少申告に係る過少申告加算税賦課決定の適否，すなわち，当該過少申告につき通則法６５条４項の「正当な理由」が認められるかどうかという論点が残されていた。
この論点について，第三小法廷は，「正当な理由」を認め，過少申告加算税賦課決定を取り消すベきものとした（最三小判平１８．１０．２４民集６０巻８号登載予定，判タ１２２７号１１１頁）。
本判決も，課税庁の従来の取扱いとそれが変更され，通達に明記されるまでの経緯等を考慮して，同様に，「正当な理由」を認めた。すなわち，①上記のストックオプションに係る課税上の取扱いに関しては，法令上特別の定めが置かれていないところ，課税庁は，かつて上記権利行使益を一時所得として取り扱い，課税庁の職員が監修等をした公刊物でもその旨の見解が述べられていたこと，②課税庁においては，平成１０年分の所得税の確定申告の時期以降，上記の課税上の取扱いを変更し，給与所得として統一的に取り扱うようになったが，その変更をした時点では通達によりこれを明示することなく，平成１４年６月の所得税基本通達の改正によつて初めて変更後の取扱いを通達に明記したこと，③上記ストックオプションの権利行使益の所得区分に関する所得税法の解釈問題については，一時所得とする見解にも相応の論拠があったことなどの事情の下では，Ｘがその権利行使益を一時所得として申告し，同権利行使益が給与所得に当たるものとしては税額の計算の基礎とされていなかったことについて，通則法６５条４項にいう「正当な理由」があるとしたものである。
本判決も，前掲最三小判平１８．１０．２４と概ね同様の理由によって「正当な理由」に関する事例判断を示したものであり，両者は問題の所在及び基本的な理論を同じくするのである。
国税通則法
（過少申告加算税）
第六十五条 期限内申告書（還付請求申告書を含む。第三項において同じ。）が提出された場合（期限後申告書が提出された場合において、次条第一項ただし書又は第九項の規定の適用があるときを含む。）において、修正申告書の提出又は更正があつたときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき第三十五条第二項（申告納税方式による国税等の納付）の規定により納付すべき税額に百分の十の割合（修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでないときは、百分の五の割合）を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する。
２ 前項の規定に該当する場合（第六項の規定の適用がある場合を除く。）において、前項に規定する納付すべき税額（同項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について修正申告書の提出又は更正があつたときは、その国税に係る累積増差税額を加算した金額）がその国税に係る期限内申告税額に相当する金額と五十万円とのいずれか多い金額を超えるときは、同項の過少申告加算税の額は、同項の規定にかかわらず、同項の規定により計算した金額に、その超える部分に相当する税額（同項に規定する納付すべき税額が当該超える部分に相当する税額に満たないときは、当該納付すべき税額）に百分の五の割合を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
３ 前項において、次の各号に掲げる用語の意義は、当該各号に定めるところによる。
一 累積増差税額 第一項の修正申告又は更正前にされたその国税についての修正申告書の提出又は更正に基づき第三十五条第二項の規定により納付すべき税額の合計額（当該国税について、当該納付すべき税額を減少させる更正又は更正に係る不服申立て若しくは訴えについての決定、裁決若しくは判決による原処分の異動があつたときはこれらにより減少した部分の税額に相当する金額を控除した金額とし、第五項の規定の適用があつたときは同項の規定により控除すべきであつた金額を控除した金額とする。）
二 期限内申告税額 期限内申告書（次条第一項ただし書又は第九項の規定の適用がある場合には、期限後申告書を含む。第五項第二号において同じ。）の提出に基づき第三十五条第一項又は第二項の規定により納付すべき税額（これらの申告書に係る国税について、次に掲げる金額があるときは当該金額を加算した金額とし、所得税、法人税、地方法人税、相続税又は消費税に係るこれらの申告書に記載された還付金の額に相当する税額があるときは当該税額を控除した金額とする。）
イ 所得税法第九十五条（外国税額控除）若しくは第百六十五条の六（非居住者に係る外国税額の控除）の規定による控除をされるべき金額、第一項の修正申告若しくは更正に係る同法第百二十条第一項第四号（確定所得申告）（同法第百六十六条（申告、納付及び還付）において準用する場合を含む。）に規定する源泉徴収税額に相当する金額、同法第百二十条第二項（同法第百六十六条において準用する場合を含む。）に規定する予納税額又は災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律（昭和二十二年法律第百七十五号）第二条（所得税の軽減又は免除）の規定により軽減若しくは免除を受けた所得税の額
ロ 法人税法第二条第三十八号（定義）に規定する中間納付額、同法第六十八条（所得税額の控除）（同法第百四十四条（外国法人に係る所得税額の控除）において準用する場合を含む。）、第六十九条（外国税額の控除）若しくは第百四十四条の二（外国法人に係る外国税額の控除）の規定による控除をされるべき金額又は同法第九十条（退職年金等積立金に係る中間申告による納付）（同法第百四十五条の五（申告及び納付）において準用する場合を含む。）の規定により納付すべき法人税の額（その額につき修正申告書の提出又は更正があつた場合には、その申告又は更正後の法人税の額）
ハ 地方法人税法第二条第十八号（定義）に規定する中間納付額、同法第十二条（外国税額の控除）の規定による控除をされるべき金額又は同法第二十条第二項（中間申告による納付）の規定により納付すべき地方法人税の額（その額につき修正申告書の提出又は更正があつた場合には、その申告又は更正後の地方法人税の額）
ニ 相続税法第二十条の二（在外財産に対する相続税額の控除）、第二十一条の八（在外財産に対する贈与税額の控除）、第二十一条の十五第三項及び第二十一条の十六第四項（相続時精算課税に係る相続税額）の規定による控除をされるべき金額
ホ 消費税法第二条第一項第二十号（定義）に規定する中間納付額
４ 第一項の規定に該当する場合において、当該納税者が、帳簿（財務省令で定めるものに限るものとし、その作成又は保存に代えて電磁的記録の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。以下この項及び次条第五項において同じ。）に記載し、又は記録すべき事項に関しその修正申告書の提出又は更正（以下この項において「修正申告等」という。）があつた時前に、国税庁、国税局又は税務署の当該職員（以下この項及び同条第五項において「当該職員」という。）から当該帳簿の提示又は提出を求められ、かつ、次に掲げる場合のいずれかに該当するとき（当該納税者の責めに帰すべき事由がない場合を除く。）は、第一項の過少申告加算税の額は、同項及び第二項の規定にかかわらず、これらの規定により計算した金額に、第一項に規定する納付すべき税額（その税額の計算の基礎となるべき事実で当該修正申告等の基因となる当該帳簿に記載し、又は記録すべき事項に係るもの以外のもの（以下この項において「帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実」という。）があるときは、当該帳簿に記載すべき事項等に係るもの以外の事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した税額）に百分の十の割合（第二号に掲げる場合に該当するときは、百分の五の割合）を乗じて計算した金額を加算した金額とする。
一 当該職員に当該帳簿の提示若しくは提出をしなかつた場合又は当該職員にその提示若しくは提出がされた当該帳簿に記載し、若しくは記録すべき事項のうち、納税申告書の作成の基礎となる重要なものとして財務省令で定める事項（次号及び次条第五項において「特定事項」という。）の記載若しくは記録が著しく不十分である場合として財務省令で定める場合
二 当該職員にその提示又は提出がされた当該帳簿に記載し、又は記録すべき事項のうち、特定事項の記載又は記録が不十分である場合として財務省令で定める場合（前号に掲げる場合を除く。）
５ 次の各号に掲げる場合には、第一項又は第二項に規定する納付すべき税額から当該各号に定める税額として政令で定めるところにより計算した金額を控除して、これらの項の規定を適用する。
一 第一項又は第二項に規定する納付すべき税額の計算の基礎となつた事実のうちにその修正申告又は更正前の税額（還付金の額に相当する税額を含む。）の計算の基礎とされていなかつたことについて正当な理由があると認められるものがある場合 その正当な理由があると認められる事実に基づく税額
二 第一項の修正申告又は更正前に当該修正申告又は更正に係る国税について期限内申告書の提出により納付すべき税額を減少させる更正その他これに類するものとして政令で定める更正（更正の請求に基づく更正を除く。）があつた場合 当該期限内申告書に係る税額（還付金の額に相当する税額を含む。）に達するまでの税額
６ 第一項の規定は、修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでない場合において、その申告に係る国税についての調査に係る第七十四条の九第一項第四号及び第五号（納税義務者に対する調査の事前通知等）に掲げる事項その他政令で定める事項の通知（次条第六項第二号及び第八項において「調査通知」という。）がある前に行われたものであるときは、適用しない。
所得税法
（給与所得）
第二十八条 給与所得とは、俸給、給料、賃金、歳費及び賞与並びにこれらの性質を有する給与（以下この条において「給与等」という。）に係る所得をいう。
２ 給与所得の金額は、その年中の給与等の収入金額から給与所得控除額を控除した残額とする。
３ 前項に規定する給与所得控除額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
一 前項に規定する収入金額が百八十万円以下である場合 当該収入金額の百分の四十に相当する金額から十万円を控除した残額（当該残額が五十五万円に満たない場合には、五十五万円）
二 前項に規定する収入金額が百八十万円を超え三百六十万円以下である場合 六十二万円と当該収入金額から百八十万円を控除した金額の百分の三十に相当する金額との合計額
三 前項に規定する収入金額が三百六十万円を超え六百六十万円以下である場合 百十六万円と当該収入金額から三百六十万円を控除した金額の百分の二十に相当する金額との合計額
四 前項に規定する収入金額が六百六十万円を超え八百五十万円以下である場合 百七十六万円と当該収入金額から六百六十万円を控除した金額の百分の十に相当する金額との合計額
五 前項に規定する収入金額が八百五十万円を超える場合 百九十五万円
４ その年中の給与等の収入金額が六百六十万円未満である場合には、当該給与等に係る給与所得の金額は、前二項の規定にかかわらず、当該収入金額を別表第五の給与等の金額として、同表により当該金額に応じて求めた同表の給与所得控除後の給与等の金額に相当する金額とする。
（一時所得）
第三十四条 一時所得とは、利子所得、配当所得、不動産所得、事業所得、給与所得、退職所得、山林所得及び譲渡所得以外の所得のうち、営利を目的とする継続的行為から生じた所得以外の一時の所得で労務その他の役務又は資産の譲渡の対価としての性質を有しないものをいう。
２ 一時所得の金額は、その年中の一時所得に係る総収入金額からその収入を得るために支出した金額（その収入を生じた行為をするため、又はその収入を生じた原因の発生に伴い直接要した金額に限る。）の合計額を控除し、その残額から一時所得の特別控除額を控除した金額とする。
３ 前項に規定する一時所得の特別控除額は、五十万円（同項に規定する残額が五十万円に満たない場合には、当該残額）とする。