北陸新幹線の敦賀～富山間を三線軌条にし、在来線から狭軌新幹線を直通運転させるという考えです。フリーゲージトレインの失敗理由は、軌間変更機能に耐久性がなく、最高270km/h以上の走行が困難とされたことですが、狭軌の線路幅に新幹線の走行機器を収めて270km/hで走れる車両は実用化できていました。つまり、軌間変更機能を外した狭軌新幹線は作れるわけです。
なお、京都～敦賀間の大半を占める湖西線には踏切がなく、国鉄時代から最高160km/h運転で7分短縮とされていました（現在なら車両の加減速度向上などであと1分くらいは短縮できるでしょう）。湖西線にホームドアを設ければ、狭軌新幹線の160km/h運転は容易でしょう。
また、本来の米原ルートである北陸・中京新幹線の一部として、福井県内の敦賀～新疋田間6.7kmに新幹線規格の狭軌新線を建設します。続く新疋田～近江塩津間7.8kmはその間の5.1kmがトンネルで、残りの区間にも踏切がないので、そのまま湖西線に連続して160km/hで走れば、敦賀～近江塩津間で5分程度は短縮できると思われます。
湖西線経由は強風によるダイヤ乱れ問題がありますが、JR西日本が沿線に防風柵を設置し、運転規制となる風速を秒速30mに引き上げたところ、運転見合わせ時間が設置前の26%に減ったとのことですから、改良でのリスク引き下げは可能でしょう。札幌市営地下鉄のように線路の一部をフードで覆っても、「米原ルート」建設より安いのではないでしょうか。
上記を実行した場合、新大阪～金沢が敦賀通過で1時間43分（現状より22分短縮）、富山駅までが2時間3分程度となります。「小浜・京都ルート」は新大阪～金沢間が1時間19分、富山駅までが1時間39分程度、乗り換えのある「米原ルート」だと新大阪～金沢間が1時間41分、富山駅までが2時間1分程度です。
さらに狭軌新幹線は在来線を通り関西空港やUSJ、名古屋駅へも直通可能です。在来線経由なので並行在来線問題も発生せず、京都駅も経由。「米原ルート」のように収益の一部をJR東海に取られる問題もありません。運行管理システム変更も不要です。
その後で「小浜・京都ルート」が完成しても、名古屋～富山間の特急「しらさぎ」を狭軌新幹線で残せば、三線軌道設置や狭軌新幹線の開発費は無駄になりません。敦賀～富山間を三線軌条にするには北陸新幹線を止める必要がありますが、旧北陸本線の第3セクター鉄道に、一時的に特急「サンダーバード」を復活させればよいのではないでしょうか。
四国鉄道文化館に保存されているフリーゲージトレインの二次試験車両
それでも山科新大阪間は松井山手経由の新線を建設、京都新大阪【共に地下駅】間は三線軌条にし山陽新幹線の京都乗り入れを図るべきと思います。