中にはPARなどの改造ツールを使ってポケモンのデータをいじくる人がいると思うけどこれって違法なんでしょうか
自分は違法というしかありません。「ポケットモンスター」は通信機能を使ってポケモンを対戦したり、交換することができるなどもはやオンラインゲームの要素があります。そのため、改造ツールを利用してデータを改ざんさせたポケモンを通信交換や対戦に使うのはご法度だと思います。しかも、これらのツールを使ってレポートの改ざんをするとゲームが正常に進めなくなったり、レポートが壊れる恐れがありますし、改ざんした状態で通信を行うと不正なデータが送られてしまい被害を受けることがあるみたいです。これらのことから改造ツールを利用してポケモンの改造を行うことは著作権の同一性保持権（著作権法第20条）を侵害する行為としか思えません。そればかりでなく、電子機器毀損等業務妨害罪（刑法第234条の2）などに問われる恐れがあります。
Yahoo!オークションなどで見かける「ポケットモンスターダイヤモンド（パール）究極データ」というのも違法としかいえません。現在、通常のプレイや「ふしぎなおくりもの」などの正規の配布などでゲットできるポケモンは491匹ですし、何度も見かけるということからレポートをコピーしているとしか思いません。よって、こういう類のものは手を出さないほうがいいでしょう。ちなみに、レポートを改造したり、コピーしたROMを売るのはときめきメモリアルメモリカード事件の判例から著作権の同一性保持権を侵害する行為といえます。
なお、改造したらリボンをつけさせて、GTSに流すのはもちろん、交換や対戦ができないように対策を施したほうが効果的かもしれません。「ドラゴンクエストモンスターズジョーカー」ではチート行為をすると不正なデータがありますというメッセージとともに通信ができなくなるとうペナルティもあるので、それぐらいのことは必要ではないでしょうか？ちなみにクラシックリボンが付いたポケモンもGTSに流せないみたいです。