先ほどのデータの上に乗算でグレーのオブジェクトを置きました。
今回は下から2番目、抽出テスト乗算eps.eps（3.2MB）です。オブジェクトが増えているのに容量が減ってますね。
抽出ファイル
PDFの内容。レイアウト、元画像×2（RGBはCMYK変換済み）、透明部分のみの画像×2（RGBはCMYK変換済み）。前回と同じくレイアウト内に含まれる画像は個別に抽出しているものと同一です。
PDFを開いてみると、画像が全てCMYK に変更されています。
透明を含む場合は書類のカラーモードに置き換えてしまうようですね。
これによりネイティブデータと内包したPDFは違うものになります。
Illustratorから直接RGBを扱えるPDFに書き出した時と、InDesignに貼って同じ形式のPDFにしたときでは結果が変わることになります。
そして、乗算のかかっている部分を別画像として格納しています。
透明を含む場合は透明のPDFではなく、カラーモードを変換し、透明分割したPDFを含むようです（ワタクシの勘違いですね）。
ここで、もとのIllustratorデータをInDesignに貼ってPDF書き出し（RGBも扱える形式）して画像を開いてみると、含まれた画像は全てCMYKでした。
kamisetoさんの言うとおり、ネイティブデータはあくまでも編集用で、InDesinに貼り込んだ場合などはファイル内に内包しているPDFを出力しているようです。
ちなみにtiffフォルダ内の画像がCMYK→RGBになっているようで、RGBはオリジナルと違っています。やはり、この画像は使わない方がよさそうです。