今回は「再校の赤字修正」のツールとしてご紹介したことで、kbinettさんは「使えない」とおっしゃったのだと思います。
今回の記事は、ワタクシが勝手にPICTRIXさんのOotsukaGirlを使って構成したもので、書き方が悪く作者のPICTRIXさんをはじめ、皆様に大変ご迷惑をおかけしました。
記事を書いた責任上、いただいたコメントをもとに検証してみました。
1、フォント、級数、行送り、カラーの違う文字列
2、縦組みで、数字に欧文文字の回転
3、縦組みで、最初の文字も欧文文字の回転
挙動からみると、どうやら一連の文字の先頭の属性に統合されるようです。
当然、2文字目以降の縦中横やフォントなどの設定や属性がなくなります。
とっても単純な話でした。
スクリプトのことはよくわかりませんが、テキスト連結なども同じように属性が統合されますし、Illustratorの文字系スクリプトはこのようになってしまうではないのでしょうか。
ただ、このスクリプト、選択範囲が設定できるようになっているので、テキストを反転選択すればこのような場合は選択箇所以外は変換されません（ちゃんと回避策が構じてありました）。
OotsukaGirlはやはり素晴らしいスクリプトです（カワイイし）。
Illustratorの文字整形をよくされる方はご存じだと思いますが、このスクリプトがあるのとないのでは作業の手間が大違いです。PICTRIXさんには本当に感謝しております。
文字を整形した後でスタイルなどを当てる場合には大きな問題にはなりません（発表から現在までずっと使っていましたが、ほとんどその使い方なので今まで気付かなかったのかもしません）。
状況によっては問題なく使えるケースもありますが、「再校の赤字修正」時はこのような仕様を理解した上で使用しましょう。
今後はもっと検証をとってから記事を書いていきたいと思います。
※2010.7.17追記※
修正バージョンがPICTRIXさんのサイトにアップされています〈検証リンク〉。
古いバージョンをご使用の方はご確認ください（新バージョンの作成日は2010.5.1です）。