まず、前提として寄附金控除を受けるためには、寄附金の領収書が必要になります。それを、確定申告書に添付して税務署に提出をすることになります。
代理店として、自社の顧客から寄附金を募って、まとめて赤十字社などの特定公益増進法人などに寄附する場合、顧客側の税務メリットはあるのか。
これには、その代理店が募金団体として届け出てる場合とそうでない場合とで取り扱いが違いそうです。
Yahoo基金などは、おそらく募金団体として登録されているものだと推察されますが、一般企業がこの募金団体になるには、一定の要件をクリアして税務署長の承認が必要になります。
募金団体が募金をしてくれた人に領収書を発行してくれる場合は、それが寄付金控除としての証拠になると思います。募金団体を通じて国に寄附することが客観的に明らかであれば国等への寄附になります。
国税庁のホームページに「直接、日本赤十字社、報道機関等に対して支出する義援金等で、最終的に地方公共団体に拠出されるものは、特段の確認手続きを要することなく、「国等に対する寄附金」に該当します。」と書かれていました。以下リンクより該当ページに飛びます。
募金団体を通じた義援金等に係る税務上の確認手続きについて（出典：国税庁）
http://www.nta.go.jp/sonota/sonota/osirase/data/h23/gien/index.htm
募金団体ではない一般の会社が義援金として赤十字社に寄附をする場合も、特定公益増進法人の取り扱いではなくて、国等への寄附金として全額が損金算入されることのようです。
赤十字に寄附をする場合郵便局から振り込みをしますが、寄付金控除を受けるためには「日本赤十字社からの領収書」が必要になります。その領収書が必要な場合には郵便振替用紙の通信欄に領収書希望と記入しておく必要があります。
代理店として取引先からとりまとめた寄付金額を日本赤十字社に寄附する場合、99,999円までは代理人からの支払いも受け付けるが100,000円以上だとその代理人からの一括支払いでその取引先に寄附金の領収書を送付することはできないと郵便局の人に言われました。（寄附金控除の適用を受けないのであれば、もちろんいくらでも大丈夫）また、取引先に領収書を送付する場合は通信欄に手書きで名前、住所、電話番号の記入が必要になるとの事でした。EXCELの一覧データでは駄目ということです。（なんとも・・・融通が利かない）
個人→代理会社→赤十字社
代理会社が赤十字社から寄附金の領収書を受領するので、代理会社の寄附金が控除されるのかという疑問がありますが、代理会社はあくまで、預り金として処理しているはずで損金経理はしていないと思ので、そもそも寄附金控除の話にはなりません。
また、実際に寄附をした個人は、代理会社に寄附をしているので、一般寄附控除ができそうですが、個人に一般寄附控除の制度はありませんので、確定申告でもマイナスはできません。さらに、個人の必要経費かと言えば業務に直接関係するものではないので、必要経費としては認められないでしょう、
法人→代理会社→赤十字社
代理会社と赤十字社間の関係は先程と変わりません。
法人と代理会社間の関係は、法人が代理会社に対して寄附をしたということになり、一般の寄附の損金算入限度額以内であれば、税額控除できます。その場合には、代理会社が発行する領収書かその法人と共通の認識が持てるなんらかな方法で寄附をしたことがわかる場合はそれも証拠になるそうです。
寄付金を支払ったとき（出典：国税庁）
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/koho/kurashi/pdf/12.pdf
義援金は、確定申告で寄付金控除しよう！（出典：allabout）
http://allabout.co.jp/finance/gc/13948/
日本赤十字社 よくある質問（寄付をしたい）
http://www.jrc.or.jp/contribute/qa/index.html
