特別会計においては、以上の一般会計予算補正に関連して、国債整理基金特別会計について、所要の補正を行うこととしている。
国債整理基金特別会計の当初予算では、歳入において、
・他会計より受入 89兆9846億2300万円
・東日本大震災復興他会計より受入 3217億3400万円
・租税 1428億円
・公債金 109兆0312億4700万円
・復興借換公債金 831億9300万円
・東日本大震災復興株式売払収入 1兆5493億6200万円
・東日本大震災復興配当金収入 849億2100万円
・運用収入 1950億8800万円
・東日本大震災復興運用収入 57億2100万円
・雑収入 1412億7600万円
・東日本大震災復興雑収入 300万円
の合計201兆5399億6600万円としてきましたが、
この「他会計より受入」の89兆9846億2300万円から、熊本地震のための補正予算として、7780億0300万円を修正減少し、
国債整理基金特別会計の歳出額を201兆5399億6600万円から200兆7619億6400万円に修正。
歳出においても、国債整理支出199兆4950億3300万円から、7780億0300万円を修正減少し、198兆7170億3100万円に変更するものです。
ようは、国債整理支出を減少して、熊本地震のための補正予算をねん出したものです。