もう一度スーパーステルス発生前からやりなおしてみました。
今回はチェーン無しで、より丁寧に戦闘回数をカウント。確認場所も大幅に増やし29か所に。
確認場所
バルハラント（雪原、南の洞窟）
フロンティア（ヤシの洞窟、サオキの洞窟、ヴァンパイアの洞窟、ジュエルビースト）
ワロン島（ゲッコ族の洞窟、ジャングル、シルバーの洞窟、二つの月の神殿）
騎士団領（砦跡、コンスタンツ、フラーマの塔、邪教の廃墟）
ドライランド（オールドキャッスル）
リガウ島（恐竜の穴、草原の穴、財宝の穴、トマエ火山）
ローザリア（スカーブ山、イスマスの洞窟、イスマス廃墟）
クジャラート（エスタミル地下道、盗賊ギルドのアジト、アサシンギルド）
バファル（メルビル地下、海賊のアジト、グレートピット、迷いの森）
スーパーステルス発生（戦闘勝利4900回）から+100回おきに全場所を確認。
+1500回までは復活無し
赤字…一点物（本来は複数入手不可）
青字…レア物（交渉で量産可）
（）…前回は復活していたが今回は復活しなかったもの
+1500～1600回で復活
財宝の穴…地図の宝箱
ジャングル…地図の宝箱、200金+武器、300金+武器、（200金+防具）
砦跡…地図の宝箱、200金+武器、500金+ジュエル、500金+武器orジュエル、騎士の盾、
（シルバーマスク）
+1600～1700回で復活
恐竜の穴…地図の宝箱
トマエ火山…地図の宝箱、300金+武器orジュエル
雪原…ロングブーツ、100金+ジュエル
ヤシの洞窟…地図の宝箱、500金+ジュエル
ヴァンパイアの洞窟…10金、20金+ボーンブレスト、50金+ボーンブレスト、カイラルの木靴、地図の宝箱
+1700～1800回で復活
サオキの洞窟…500金+ジュエル、（地図の宝箱、プロテクター）
ゲッコ族の洞窟…地図の宝箱、500金+ジュエル、レザーアーマー
草原の穴…地図の宝箱
+1800～1900回で復活
財宝の穴…ジュエル、200金+防具、300金+武器、500金+ジュエル
シルバーの洞窟…地図の宝箱、1000金+武器、3000金+シルバーハンマー、金、（100金+ジュエル）
500金、800金、900金、1000金、1000金+プロテクター、1500金+石下駄
+1900～2000回で復活
ジュエルビースト…地図の宝箱、3000金+ジュエル、3000金+ジュエル、ジュエルリング
オールドキャッスル…500金、防具orジュエル、武器orジュエル、100金、ろばの骨、（地図の宝箱）
+2000～2100回で復活
アサシンギルド…1000金、300金+ジュエル、邪眼の魔除け、（エスピオナージュ、1000金、500金）
+2100～2200回で復活
邪教の廃墟…武器orジュエル、3000金、地図の宝箱
+2200～2300回で復活
盗賊ギルドのアジト…耐熱手袋、3000金、狂戦士の薬、劇毒超回復
エスタミル地下道…1000金、100金+ジュエル、地図の宝箱、（アーマーグローブ）
500金+武器、（ラバーソウル、シルバーフルーレ）
+2300～2400回で復活
イスマスの洞窟…地図の宝箱、100金+ジュエル
メルビル地下…300金+戦斧、狩人の弓、100金+ジュエル
海賊のアジト…リジッドレザー、戦斧、海人のバンダナ、金+金のロッド
グレートピット…ドビーの弓
+2400～2500回で復活
南の洞窟…100金+呪印のスカーフ、霊花の首飾り、（2500金+武器orジュエル）
スカーブ山…500金+ガントレット、金+騎士の盾、ローザリアサーベル、3000金+ろばの骨、（地図の宝箱）
+2500～2600回で復活
コンスタンツ…地図の宝箱、邪眼の魔除け、ジュエル、防具
フラーマの塔…炎のロッド、スカーレットローブ、メイジスタッフ
イスマス廃墟…500金+ジュエル、1000金+パールリング、スマートガード
迷いの森・庵内…100金+ジュエル
まとめ（推測含む）
・ダンジョン毎に宝箱復活する戦闘勝利回数が決まっている
・基本的に復活判定は1ダンジョンにつき1回きり（財宝の穴は例外？）
・ダンジョン内のどの宝箱が復活するか決まるのは復活判定よりもかなり前
・ダンジョン内の取り残した宝箱などが、復活する宝箱に影響を与える？
・チェーンバトルをすると復活判定に失敗する事がある？（チェーン0だと復活失敗も0）
・敵を倒すと現れるタイプの宝箱は復活しない？（二つの月の神殿など）
・精霊珠の宝箱は復活せず、地図の宝箱は中身が金になる
復活しなかったのは二つの月の神殿のみ。
他の28か所は全て何かしらの本来復活性無しの宝箱が復活しました。
スーパーステルス発生を4900回とすると、6400～7500回の間に殆ど復活するようですね。
キットンソックスも復活していれば言う事無しですが、仕組みは大体理解できたので十分です。
これだけ具体的な戦闘回数が分かっていれば、アルベルト編でも活用できそうです。
貴重品がある場所は、あえて宝箱を取らずに残しておくと復活吟味が楽になるかもしれません。
ただ最終試練の宝箱復活は望み薄です（敵を倒して現れる宝箱は今回全く復活しなかったので）
そもそもあそこってエリア変えた際に開けた宝箱消えたかな…残ったままならそれ以前の問題ですが。
なお前回の検証と比べ、復活する戦闘回数が多少ずれていますが、これは前回の検証で使用したセーブデータがスーパーステルス発生からぴったり+2000回ではなかったためです。
今回の主な戦利品です。
竜の眼はこの復活バグとは無関係ですが、シフ編でしか増やせないので入れてみました。
ろばの骨は改造済なのがもう一本あります。交渉無しでも4本までは入手可という事ですね。
追記：戦闘勝利回数が関係する現象のまとめはこちら をご覧ください。