まず「ニアサードインパクト」と「サードインパクト」は別物です。
ニアサードインパクトはmark06がカシウスの槍で初号機を停止させたところまで（しかしガフの扉は開いたまま）
サードインパクトはニアサードインパクトの後にリリスとmark06が引き起こしたもの
・サードインパクトの内容について
サードインパクトに関するセリフ
リツコ「この世界の理を超えた新たな生命の誕生。代償として古の生命は滅びる」
カヲル「生命とは本来、世界に合わせて自らを変えていく存在だからね。しかしリリンは自らではなく世界の方を変えていく。だから自らを人工的に進化させるための儀式を起こした。古の生命体を贄とし、生命の実を与えられた新たな生命体を作り出すためにね。」
「古」はリリスだと思われます。リリスは贄となり滅んでいます。インフィニティの元は人間で人工的に進化させようとしたもの、ところがそこで生命の実を与えられなかったためこのサードインパクトは貫徹されずインフィニティのなり損ないとなってしまった。
キリスト教の設定では知恵の実を持っている人類が生命の実も手に入れると神になる。それは許されないことなので神は生命の実の成る生命の木の周りに使徒が配置した。だから使徒を全部倒さないと生命の木にたどり着けず生命の実を手にすることが出来ない。
古の生命は滅び人類が進化したまでは良かったものの、この時点で使徒を全部倒していないので生命の木が現れないことで生命の実を得られず新たな生命体にはなりきれなかった。
当初の予定であればこのようなインパクトが起こって人工進化した後、生命の木がそのインパクトが起こった場所（リリスとmark06のいるセントラルドグマ）に現れるはずだったのでしょう。ですのでそこにインフィニティが大量に押し寄せたが、実際には生命の木が無かったためそこで死んでしまったのがあの残骸なのではないでしょうか。
Ｑを見るとインパクトを起こすためにはまずガフの扉を開くことが最初に必要なようです。（なぜかは不明。）
加持「数が揃わぬうちに初号機をトリガーとするとは。碇司令、ゼーレが黙っちゃいませんよ」
破の最後でガフの扉が開いているのに、ゼーレとしてはこの段階ではまだインパクトを起こしていい段階ではなかった。にも関わらず初号機が覚醒してしまった。なので不完全ではあるが、ゲンドウを牽制するため仕方なくここでサードをいったん起こすことにした。
（詳しくは別の項で書きます）
地球は大きく破壊され人類がインフィニティのなり損ないにまでなったわけですから、少なくともサードインパクトのときにドグマには神的なモノはいたと思われます。
・ドグマのリリスとmark06
新劇場版にはカシウスの槍とロンギヌスの槍の2つがでてきます。
キリスト教ではカシウスがイエス（神）を刺してロンギヌスに変わったとあり、この設定が使われていると思われます。しかしそれ以外の機能の設定に関しては不明なのでサードインパクトの詳細は不明です。とりあえず「神」を刺すとカシウスからロンギヌスに変化するのかな？くらい。
カヲル「おかしい、2本とも形状が変化して揃っている･･･」
カヲル「カシウスとロンギヌス･･･、対の槍が必要なんだ･･･、なのにここには同じ槍が2本あるだけ･･･。」
このセリフの日本語を読み解くと･･･
「形状が変化する」→カシウスからロンギヌスへと形状は変化すること
「2本とも」→カヲルは形状が変化するのは1本だけだと思っていた。しかし実際には2本とも変化していた。
カヲル「この14年間誰の進入も許していない」
とはサードインパクト後、誰かが忍び込んで要素を変えたという推測の否定。
さすがに実は最初からロンギヌスが使われていたなんてことはないでしょう。
これらのことからまずサードインパクトのときに使われた槍はカシウス2本であったと推測されます。
カヲルはカシウス2本が使われ、そのうちの1本がカシウスからロンギヌスに変わり、現場にはカシウス1本とロンギヌス1本があると思っていた。
カヲル「そうか、そういうことか、リリン！」
ゼーレは新劇場版では第１始祖民族という設定のようで要するに（人間）ではありません。
リリンは人間のことを意味しておりこの槍に関してはリリン、つまりゲンドウが仕組んだということになります。劇中もこの区別は厳密にされているようで考察する上で重要になっています。ですのでカヲルが思っていた槍の形状が実際とは違ったのはゲンドウが仕組んだものと推測できます。
(どのように仕組んだかは不明。ネブカドネザルの鍵でも使ったんでしょうか。)
破までのリリスはロンギヌスの槍で刺されていましたが二股に分かれている方の向きで貼り付けられるように刺されていました。しかしＱでは完全に貫通。絵的に考えてそのままズブズブといったわけではないと思われます。
なのでまず
1、リリスからロンギヌスの槍を抜いた。
2、リリスから足が生えて活動
3、リリスの首を切り落とす
4、カシウスの槍で1本はリリスを、もう1本をmark06とリリスを貫通させる
ということが行われていたと思われます。
どこかの段階でサードインパクトが起こりましたが、
どうやったらインパクトが起こるのかすら不明なので抜かしてあります。