リボンズを銃殺し自らが、イオリア計画の中心として人類を導くと豪語したリジェネ。しかし死んだはずのリボンズが姿を現した。ヴェーダと精神が繋がっている存在には、身体は単なる器に過ぎず、改めて上位種とイノベイターの差を見せ付けた。信じられない光景を目の当たりにして、もう一度引き金を引こうとしたリジェネ。逆に寸前の所で影から狙ったサーシェスに銃撃され、抱いた野望を成就出来ず命を落とした。裏切り者を始末した後、アロウズの危機を感じ出撃をするとサーシェスは、大将のリボンズにソレスタルビーイングを迎撃すると告げた。
その頃アロウズ艦隊の中に存在したカティは、分断してアロウズ艦隊の中央を攻撃しろと命じグッドマンの旗艦を落としたダブルオーライザーを筆頭に本格的な突破作戦が開始された。他のガンダムも追従しようと近づくが、直接プトレマイオス２の護衛に当たるようカティは伝えた後、かつての因縁の相手スメラギと久々の対面を果たした。カティはスメラギとの会話の中で、アロウズの蛮行を夜に知らしめ審判を仰ぐ事を目的とし、ソレスタルビーイングも裁きの対象であるから勘違いするなと釘を刺した。その時突然巨大な粒子ビームが、月の裏側から発射され敵味方問わず飲み込んだ。そしてＧＮドライヴを入れ替える事による第ニ射の準備も開始された。
その強烈な粒子ビームを放ったのは、イオリア計画で造られた宇宙航行母艦ソレスタルビーイング。リボンズは、それが宇宙進出の礎となり人々を助ける箱舟になると考えていた。敵味方関係なく巻き込んだ脅威の力を見せ付けられたスメラギ。意を決しソレスタルビーイングのメンバーと連邦正規軍カタロンに対し、武力介入によって世界を変化させた償いとそれに乗じて台頭したイノベイターが支配する人類の解放を目的としたヴェーダ奪還作戦を実施すると告げた。それはＡＥＵのイナクト襲撃ミッションから５年。スメラギはラストミッション開始を意味した。主砲をもう１度撃たれたら全滅は免れない。そこでまず第一段階としてガンダムが砲台を破壊する間スメラギはフェルトに、ソレスタルビーイングへの侵入ルート探索を命じた。
ガンダム４機とＧＮアーチャーは数は多いが、確実に砲台を破壊した。リボンズはガンダムマイスターの力を認めながら、出撃を求めたヒリングを切り札として温存すると宣言。多くのイノベイド達がパイロットを務めるモビルスーツガガに対抗を命じた。ガガにはビリーが開発に関わり、トランザムが利用可能だった。トランザムを利用したガガの攻撃は、ＧＮフィールドで守るプトレマイオス２にも直接攻撃が可能。これにより一気に攻撃に晒され、ガンダムマイスターも対応出来ず危機に瀕した。その時このままではやられてしまう状況で、カティはスメラギに任務を達成しろと叱咤した。しかし正規軍にもガガが襲い掛かって来たその時、パトリックが愛する女性を守るべく自らの命を犠牲にしてカティを守った。
そしてついにフェルトが艦船用ドッグを発見。トランザムを利用して一気にソレスタルビーイングに突入すると告げたスメラギ。しかし護衛するガンダムマイスターの前には、ガンダムを敵だと思うルイスのレグナント。トランザムが可能となったガデッサとガラッゾが、それぞれ刹那とティエリアの前に立ちはだかった。ポテンシャル的には互角となった中、ガンダムを倒そうと躍起になって挑んでくるルイス達。ルイスが戦場にいると知った沙慈は、かつての恋人と再び遭遇。戦いの中では、未来は生み出せず、互いに分かり合える未来を目指すべきだと訴えた。戦いは熾烈さを極め侵入に成功したライルの前には、兄の敵サーシェスが現れた。ファングと持ち前の戦闘テクニックを駆使して、アルケーはケルディムを追い込んでいった。
更に艦船用ドッグに侵入したプトレマイオス２を守ろうと奮戦するアレルヤとソーマの前には、トランザムが終えたガガが迫った。最初は避けたが、２度目の攻撃は避けきれずソーマに危機が迫った。そして誘われたプトレマイオス２には、内部にオートマトンが送り込まれスメラギ達も危機的な状況に陥った。それでもフェルトが、ヴェーダの位置を発見。これがきっけけで、絶対に若い女の子を守り過去の過ちを犯すまいと考えたスメラギ。オートマトンに立ち向うべく、銃を所持して白兵戦を挑むつもりだった。しかしブリッジを出た後かつての恋人ビリーが、利用された復讐を成就させるベく立ちはだかった。ヴェーダのデータはガンダムマイスター達に渡され、セラフィムは２人のイノベイターの前に一度敗れたが、ティエリアは自ら乗り込みヴェーダに向かうリボンズに対し銃口を向けた。それぞれの敵と向き合いながら、ヴェーダ攻防戦は山場を迎えた。
「未来を奪ったのはソレスタルビーイングだ。戦争を仕掛けたのも、世界を歪めたのも！」沙慈の未来への訴えはルイスには届かない。自分の未来と世界を変えたのは全てソレスタルビーイングであると断言した。「沙慈という男貴様のせいで准尉は！」惑わす男として名指しするアンドレイのアヘッドもルイスに加担した。対するダブルオーライザーは、アヘッドを攻撃し反撃を開始した。「よくも中尉を！」味方がやられキレたルイス。レグナントはモビルスーツに変形し、電撃攻撃でダブルオーライザーを捕えた。「これで終わりだ！貴様達を倒すためなら私は！」ルイスはガンダムを倒せるなら命を捨てても構わなかった。ルイスの覚悟を知り、みすみす殺す訳には行かない沙慈。気付いていない背後からのガガ部隊に攻撃した。２機は撃破したものの、最後の一機がレグナントに直撃した。（沙慈はルイスを守る為にガガに攻撃しました。正直レグナントにやるかなって思いましたけど。個人的にびっくりしたのは、ルイスがアンドレイが攻撃された事に対する怒りです。うざそうにしていましたけど、まさか怒るとは！）
同じ頃ヴェーダ本体を発見したティエリア。奪還の為に立ちはだかるリボンズに銃を向けた。「僕はイノベイターではない。僕達はイノベイターの出現を促す為に造られた存在イノベイドだ！ヴェーダを返してもらうぞ、リボンズ・アルマーク。」自らがイノベイドであると告白し、ヴェーダ奪還宣言したティエリア。「そのイノベイドが進化を果たしていたとしたら？僕はイノベイドを超え、真のイノベイターすら超える存在となった。」自分はイノベイターを出現させる存在ではない。上位種として進化していると自信を示したリボンズ。「世迷言を言うな！」イノベイドはイノベイドであるから、超越した存在はありえない。ティエリアは上位種を撃つべく引き金を引いた。（イオリアは、計画の中で真のイノベイターが対話に必要だと考えていました。人間から革新した存在を生み出すために造られたのがイノベイド。そして計画実行に必要なGNドライヴとヴェーダ。リボンズは自らが、イオリアの計画を実現する者だと考えている。支配という形で世界を導こうとしています。これを受け入れなれないのが、戦争根絶を試みたスメラギ達という図式ですね。）
プトレマイオス２では、フェルトとミレイナを守る為にブリッジを出たスメラギと、決着を付けるべく現れたビリーが対峙した。「武器を捨てて投降してくれないか？僕は恒久和平実現をさせる為だ。その最大の障害になっているのが君達だ。」ビリーが考えるのは、アロウズが考える恒久和平実現。その障害になっているソレスタルビーイングのリーダースメラギに投降を求めた。「イノベイターの支配を受けるいうの？」人間とは異なる存在を受ける事が認めないスメラギ。「選りすぐれた存在により統率される。論理的に考えても正しい選択さ。人類を導く為に産み出された彼らは、見返りを求めたりしない。理想的な関係じゃないか！完全な自由なんて、モラルの崩壊を招くだけ。その先には滅びの道しかない。決められた社会構造の中、人々は限定された自由を謳歌する。檻の中で守られた方がいいんだ。それが平和という事なんだ。」イノベイターによって導かれるのは、論理的に正しいと主張したビリー。自分達が決める完全自由な世界は、モラルの崩壊を招く。だから決められた社会構造の中で、限定的な自由を得る。戦争根絶よりも作られた世界が、戦争根絶と平和を導くのだと考えていた。「未来は自分達で作らないと意味は無いの。過去に犯した過ちを自分達で払拭しなくちゃ。だから私は戦う。！」作られた未来では、意味は無い。ソレスタルビーイングの行動がもたらした現状を否定し、新たな未来を手に入れるべく、スメラギはビリーの主張を否定した。（情報統制された世界。本当の事が分からず、まるで家畜のように扱われた世界。役割を与えられた中だけで、限定的に自由を得る。確かにこれは法律という縛りがある現代社会と同じです。しかしそれを決めるのは、誰でもない自分達だというのがスメラギの意志であると思いました。）
ライルはサーシェスのアルケーと対峙。アレルヤは傷付いたソーマを守る為に迫り来るガガ部隊と戦っていた。どちらもガンダムマイスターが苦戦を強いられ、特にGNアーチャーがガガの攻撃を防ぎ切れず行動不能状態となった。更にOガンダムで奮闘するラッセは、粒子残量切れと身体の限界が訪れもう戦えない状態となった。「沙慈、沙慈大丈夫か？ルイス・ハレヴィーを連れて安全な場所に行け。敵が来る！」ガガの特攻によりレグナントが稼動しなくなった。刹那は気絶した沙慈に呼びかけ、コックピットから投げ出されたルイスを連れて逃げろと告げた。沙慈はルイスを連れ戦場から離脱すると、ダブルオーライザーに向かって来たのは、リヴァイヴとヒリング２人のイノベイターが操るガデッサとガラッソ。２対１の不利な状況でも、未来を切り開く為刹那は戦いに挑んだ。仲間達が苦戦を強いられる中、ついに犠牲者が出てしまった。「言った筈だよ。僕はイノベイターを超える存在なんだ。ヴェーダは渡さない。人類を導くのは僕だ。」ティエリアとリボンズとの銃激戦は、リボンズがティエリアを撃ち抜いた。何発も撃たれた後、頭を撃たれティエリアは倒れた。（ティエリアファンの皆さんショックだったんじゃないですか？私もまさかやられることないだろうと思っていたので驚きました。リボンズみたいに別の身体があれば良いのですけど、これでお役御免というのは余りにも悲しいです。）
「ルイスしっかりしろルイス。」気絶したルイスを呼びかけた沙慈。ルイスはその声に応じ、沙慈の名を呼んだ。しかし「ソレスタルビーイングパパとママの敵！死ねええええええ。」未だリボンズの支配下にあるルイス。目がイノベイターに変わり、かつての恋人を首を絞め殺そうとした。それでもずっと持っていた指輪を見て涙を流し、自我と支配の狭間で揺れ動いた。そしてうめき声と共に顔が苦痛に歪みのたうち回った。一方刹那は不利な状況であっても、革新を遂げた真のイノベイターとして互角以上に渡り合った。「ヒリング、トランザムアタックをかける。」イノベイターであっても負ける訳にはいかないリヴァイヴとヒリング。新たに搭載したトランザムで、一気に勝負をつけるベく襲い掛かった。機体性能がアップした２機は強く、さすがの刹那も攻撃に晒された。それでもダブルオーライザーにもトランザムが発動。条件が同条件となったが、刹那の耳にもGN粒子を介しルイスのうめき声が聞こえた。「ルイスどうしたんだ？あっこれは。」苦しむ愛する人の名を呼びかけた沙慈。無い筈の左指に光り輝く指輪に気付いたその時、力尽きるように倒れたルイス。目が開いたまま動かない姿に沙慈の断末魔の叫びが木霊した。（ルイスはやっぱり沙慈の事を忘れられなかった。呪縛から解放されようと涙を流し抵抗し苦しみ倒れた。利用された人の末路は余りにも悲しい。これで死んだら取り戻そうとした沙慈が余りにもかわいそう。）
更に刹那の耳には、スメラギとビリーの声が聞こえて来た。「どうしてお前達は、君は、分かってくれないんだ。そうやっていつも・・・・・」自分を理解してもらえず、憎しみの銃口を向けるビリーの声に、スメラギの危機を察知した。そしてマリーを守る為盾となるアレルヤの声。「くそうここまでかよ。」自分の身体の苦しみと戦うラッセの声。「このままじゃトレミーが！」「ミレイナ諦めちゃ駄目よ。」諦めようとするミレイナを励ますフェルトの声。「こんな所でやらえるのか？」抵抗する武器が無くなり、死を覚悟するイアンとリンダの声。「くそったれが！」サーシェスに追い込まれるライルの声。仲間達が危機に晒される中「皆の命が消えていく。そんな事させるか！俺達は変わるんだ！」仲間を救いたい新たな未来を創りたい。刹那の願いが、新たなる覚醒を呼び起こした。戦場を覆うGN粒子の輝き。遠く離れたクラウス・カティ・シーリン・マリナにもはっきりと視認された。「この光はきっと刹那の戦いの光。」マリナは刹那のダブルオーライザーからの光だと感じた。（刹那だから出来る芸当だと何故か倒れているリジェネが、恨めしい気持ち全開のリヴァイヴに教えてました。ツインドライヴと人間から革新したイノベイターの脳量子波。それが新たなGN粒子を放出し、人間の意識を拡張させる。リジェネはこれが真のイノベイターの力だと認めました。サーシェスにとっては最悪の感覚ですがね。）
ダブルオーライザーから放出されたGN粒子は、新たなコミュニケートを生みだした。「てめえはマリーだけ見てればいいんだよ。」刹那の声に反応したアレルヤに集中しろと促すハレルヤの心の声。一騎打ちを演じるケルティムとアルケーの戦いの中でも、コックピットの壁を越えて２人の男の声が響いた。「貴様の様な奴が兄さん達を。絶対にぶっ潰す。」怒りをぶつけるライルの声。「てめえあの男の弟か。殺しがいがあるってもんだぜ。」また殺せると思い奮い立つサーシェスの声。そして離れた場所で、セルゲイに対し異なる考えを持つ男女の声も届いた。「アンドレイ少尉、私はあなたが許せない。でもあなたを憎み続けて恨みを晴らしたとしても大佐は喜ばない。あなたはどうして実の親である大佐を？」憎しみを抱き敵をとっても、セルゲイは喜ばない。何故父親を殺したのか改めて問いただすマリー。「あいつは報いの受けて当然だ。恒久和平を乱した。あいつは母さんを見殺しにする様な奴だ。あの男は何も言ってくれない。良い訳も謝罪も何も無い。僕の気持ちを知ろうとしなかった。だから殺したんだ。」クーデターに加担して平和を乱そうとした許せない人間。自分の気持ちを知ろうとせず、母を見殺しにした。セルゲイを知ろうとしないアンドレイは、自分勝手な理由を語った。「どうして大佐を知ろうとしなかったの？きっとあなたの事を思ってくれていたはずよ。」セルゲイの気持ちを知るマリー。ずっとアンドレイの事を考えていたはずだと考え、理解しようとしなかった理由を尋ねた。「なぜあの時言ってくれなかった？言ってくれなければ分からないじゃないか？」息子の刃で殺されようとしても、決して息子を巻き込まないようにしたセルゲイの態度。しかしアンドレイには、言葉として伝わらず思いが伝わらなかった。（コミュニケーションしないと思いを理解し共有出来ない。GN粒子は離れていてもコミュニケート出来るから、持っている思いが伝わる。分かり合える者分かり合えない者それが如実に現れてちょっと悲しかった。特にアンドレイは、セルゲイの思いが伝わらず苦悩する姿が印象的でした。ただGN粒子散布によって、敵がやられて形勢逆転するのはいかがな物かと。）
戦局がソレスタルビーイングにとって好転する中、倒れたルイスを抱かかえ涙を流す沙慈。しかし沙慈の声が届き、奇跡的にルイスは意識を取り戻した。「分かっている何も言わなくていいんだ。あれは刹那の光。彼が未来を照らそうとする光なんだ。」正気を取り戻し何かを言おうとする思いを受け止め、ルイスの心を和らげた光は未来を照らすGN粒子の光だと教えた。「今のGN粒子は何だ？僕の脳量子波を乱している。」刹那がソレスタルビーイングに突入した同時期、GN粒子による影響は、リボンズの脳量子波を乱した。「このときを待っていた。リボンズ君の思い通りにはさせない。そうだろうティエリア。」死んだはずのリジェネの意識が、リボンズに伝わった。実はティエリアとヴェーダの意識が合体し、リボンズとヴェーダのリンクが拒絶。セラフィムがオートで機動させ、ヴェーダの影響下にあったモビルスーツの稼動を停止させた。（撃たれたはずのティエリアがリボンズとヴェーダのリンクを解き、ヴェーダを取り戻したって事ですか？ここら辺の描写をもう少し教えてくれないと理解できません。めちゃくちゃな設定で分け分からず、いきなりヴェーダ奪還って言っても実感が分からないです。それに何でいきなりスメラギとビリーが抱きついたのか？あの描写だけでは分からず、ここも説明不足は否めません。）
「糞何だってんだ？動けって言ってるだろ。」アルケーも起動しなくなり焦るサーシェス。「兄さんの事は言えねえな。だがな俺はこいつが許せねえ。」今までドライだったライルもニールと同じくサーシェスだけは許せず、怒りの銃弾をアルケーに撃ち込んだ。しかし危機を感じサーシェスは脱出した。ライルは後を追い威嚇発砲しついにサーシェスを追い込んだ。「こいつが父さんを母さんをエイミーを兄さんを。」初めて見る家族の敵の姿に憎悪を燃やした。その時「分かり合う。」というアニューの言葉が脳裏に浮かび、引き金から手を離した。「バカがあああ！」隙を感じ再び牙をむくサーシェスだが、ライルは一瞬早く撃ち抜き家族の敵を討った。「アニューお前のおかげで人と人が分かり合う世界も不可能じゃないって思えたんだ。だがな世界か疎まれても咎めを受けようとしても俺は戦う。ソレスタルビーイングのガンダムマイスターとして。」人と人は分かり合う事も可能だと知ったライル。しかし疎まれても咎められても戦わなければならない。だから敵であるサーシェスを殺し、再びケルディムに戻った。（人と人は分かり合えるけど、サーシェスだけは無理だったという事ですねわかります。いくら話せば分かるといっても、大切な人を殺し戦いを楽しむような人間を許せなかった。これからも戦いを続ければ、世界からまた疎まれる存在となるかもしれない。それでも戦おうと決めたライルの意志を感じました。）
ダブルオーライザーを降りた刹那。警戒しながらヴェーダ本体に辿り着いた。そこで見たのは銃弾に倒れたティエリア。「ティエリア・アーデ、敵は討つ。」仲間の変わり果てた姿に敵討ちを誓う刹那。「勝手に殺してもらっては困るな。今僕の意識は完全にヴェーダとリンクしている。僕はイノベイドでよかったと思う。この能力で君達を救う事が出来たのだから。ヴェーダと繋がった事で僕は全てを知った。今こそ話そうイオリア計画の全貌を。我々の武力介入行動は、矛盾をはらみながらも世界の統合を促し、たとえ滅びようとも人類の意志を統一させる事にあった。それは人類が争いの火種を抱えながら、外宇宙に進出する事を防ぐ為だ。人類は変わらなければ、未来を継ぐ事は出来ない。来るべき意志との対話に備えて、僕達は分かり合う必要がある。」外宇宙へ進出する為には、人類の意志を統一させ世界を統合させる。未来を生み出すには、互いに分かり合い対話に備える必要がある。それがイオリア計画だと教えたティエリア。刹那も内容を理解してプトレマイオス２に帰還しようとした。しかしセラフィムのトライアルフィールド内で、動き破壊したモビルスーツが存在した。｢イノベイターを超えたイノベイター！」とビリーが称したリボンズアルマーク。自らモビルスーツに乗り込んだ。イノベイターの作り出す未来か人間が分かりあい新たに作り出す未来か。それぞれの未来を掛けた最後の戦いが始まる！