アレルヤとマリナを救出に成功し、プトレマイオス２は海中を進んでいた。救出され感謝の言葉を述べたマリナ。しかし保守派のリーダーマスードが亡くなり、再びアザディスタンは内戦が激しさを増し再びアザディスタンに戻ろうと考えた。ここでアロウズが、マリナを口実にアザディスタンに攻め込んで来る可能性を示唆したティエリア。それでも刹那はプトレマイオス２をアザディスタンに向けて進めるように指示した。危機に瀕したマリナとアザディスタンを守る為に。
一方アロウズのアーサー准将は、アレルヤ奪還を許したカティを外し、掃討作戦を得意とするリント少佐を招聘作戦指揮官に任命した。掃討作戦には、水中用モビルアーマートリロバイトと仮面の男ミスターブシドーも参加する事になり、ホルムズ海峡に待ち伏せプトレマイオス２を迎え撃つ作戦を考案したリント。プトレマイオス２がアザディスタンに向かう情報は、ロックオンからカタロンにも伝えられ、アザディスタンを立て直す考え方で袂を分かったシーリンもマリナ救出作戦に参加を直訴した。
プトレマイオス２がアザディスタンに向けて航行中、ソレスタルビーイングのメンバー達はそれぞれ自分が戦う理由を明かした。戦場を見て戦いを無くしたいと考えたイアン。戦う事で平和を
勝ち取ろうと考えた刹那。マリーを取り戻す為、アロウズに立ち向かおうとするアレルヤ。ヴェーダの指示に従って、ミッションをこなしていた時とは異なり、自らの意志で再びソレスタルビーイングに参加したのだ。ただ１人スメラギだけは、自分のせいで殺してしまった償いをしようと考え
ソレスタルビーイングに参加した。しかし沢山の仲間を死なせてしまい、世界の状況は歪んだ
統一という結果をもたらした。だから絶望感に打ちひしがれ、戦い理由をなくし酒に溺れ現実から目を背けて過ごしていた。
ホルムズ海峡に到達した時、トリロバイトからの魚雷攻撃を受けたプトレマイオス２。ＧＮフィールドを通過し直接攻撃を受け更にケミカルボムを海上から食らい、砲門を封じ込まれてしまった。そこにトリロバイトが直接攻撃を仕掛け、ガンダムが発進出来ないまま危機に瀕した。しかしスメラギは、冷静に状況を把握。今まで索敵不能だったトリロバイトが目の前にいて、既にガンダム発進可能な深度まで到達している事に気付いていた。これで形勢は逆転し、４機のガンダムによる連携攻撃によってトリロバイトを倒しそのまま空母に向けて仕掛けた。その時突如として頭部が甲冑の形をしたアヘッドが攻撃を阻止した。
操縦していたのは、刹那の剣筋を見てかつて自分と戦った少年と気付いたミスターブシドー。
再び目の前にダブルオーガンダムが現れ、再び戦える幸運を感じた。更にアリオスには、ソーマのアヘッドが対抗。戦況は一気に均衡状態に突入した。しかし戦いは、カタロンの救出部隊が
間に合い撤退を余儀なくされたアロウズの判断で終了。無事シーリンの申し出の通りマリナを
会わせた刹那。一方スメラギの正体を知ったビリーは、叔父のホーマー司令にアロウズ入隊の
決意を伝え、エイフマンの意志を継ぎ新型モビルスーツの製作リーダーに任命された。全ては
スメラギに復讐を果たす為に。
反政府勢力収容施設がガンダムによって襲撃された事が、連邦報道官から発表された。「現政権を脅かすテロ行為というのは明白です。テロ組織撲滅の為、直轄の治安維持部隊の派遣を決定しました。」集まった報道陣に対し、アロウズの派遣を発表した報道官。それはテロという大義名分において合法的に反政府勢力を壊滅する意思表示だった。「いよいよ僕の出番のようですね。ガデッサもロールアウトしています。出撃命令を下されば直ぐにでも。」新たなイノベーター
リバイブ・リバイバルは、陰でアロウズを操るリボンズに出撃を直訴した。「それには及ばないよ
リバイバル。例の作戦はある者に頼んであるからね。人間だよある意味枠を超えているけど。」
考案した作戦を担当する人物を選定していると告げたリボンズ。それは、最終決戦でニールに狙撃されながら生き残ったアリー・アル・サーシェスだった。（リボンズとサーシェスが手を組んだ。まあありえない話ではないですけど。アロウズを使って、ソレスタルビーイングやカタロンを潰そうとする理由がまだ分かりませんけど、サーシェスにはガンダムを倒せれば問題ないのでしょう。）
その頃プトレマイオス２では、トリロバイトに傷付けられた装甲の補修。アロウズのモビルスーツの性能の検証。ダブルオーガンダムのツインドライブ調整。やらなければならない事が山積みになっていた。そんな動くに動けない状況の中、マリナと沙慈を送り届けようとケルディム・アリオス・セラヴィーの護衛の下、ルプアルハリ砂漠にあるカタロンの基地に向かった刹那。連邦の非加盟国が多い中東地域には、ＧＮ粒子が散布されテロ組織の通信遮断を隠れ蓑にして、経済活動を麻痺させる狙いがあった。ただＧＮ粒子によってカタロンの基地が、発見されない利点もあり今まで砂漠の中に存在していた。「聞こえるか？機体を確認したハッチを開ける。」カタロンの基地から通信があり、基地の中に入っていったガンダムと輸送機。（中東地域は、自国の独立を優先させる国家が多いから、非加盟国が多いという事だと思います。ＧＮ粒子を使って経済を麻痺させ力を失わせる。連邦のやり方はきたないけど、それを逆手にとってカタロンの基地は発見されずに済んだのはメリットだという事です。）
ガンダムはカタロンの構成員達にとって、アザディスタンを救った英雄。大歓迎で向かえられ、
パイロットの守秘義務があるにも拘らず、顔を見せたロックオン。クラウスやシーリン以外に構成員である事を知る者はいなかった。「会談に応じてくれて感謝する。カタロン中東支部クラウス・
グラードです。」「マリナ様を助けて頂いて感謝いたしますわ。以後は我々が保護いたします。」会談に応じてもらい感謝の意を表したクラウス。マリナを保護した事を感謝し、今後保護を申し出たシーリン。「もう１人保護を頼みたい。沙慈・クロスロード民間人だ。言われなくカタロン構成員の疑いをかけられている。」会談前に沙慈の保護を申し出た刹那。「それは気の毒な事をした。責任を持って保護させて頂こう。」沙慈の事情を知り、保護を承諾したクラウス。勝手に決められ憤る沙慈だが、スメラギは保護を勧めた。
そこにカタロンの基地にいる子供達が入って来た。刹那は、カタロンも自分と同じような少年少女の兵士を育成しているのかと思い「カタロンの構成員として育てているのか？」強い口調でクラウス達にぶつけた。自分のような境遇に晒したくない思いの表れだった。「勘違いしないで！身寄りの無い子供達を保護しているだけよ。連邦が行った一方的な中東政策。その実害がこのような形でも現れている。」連邦の中東政策により、両親を失った子供達を保護しているだけだと
反論したシーリン。子供達はマリナの存在に気付き、相手をするように依頼した。「さてそろそろ本題だが、我々は連邦政府打倒を目指している。」ソレスタルビーイングとの共闘を実現すべく
カタロンの行動理念を説明したクラウス。「私達は、政治的思想で行動している訳ではありません。俺達の敵は、連邦政府ではなくアロウズだ。」政治とは関係なく、アロウズ打倒が目的だと説明したスメラギと刹那。元凶はアロウズだと考えているので、政治的に連邦を潰そうとする
カタロンとは異なると主張した。「我々はあなた方に協力したい。補給や整備だけでも力になりたいのです。」理念は異なるが、何とか関係だけは築きたいクラウス。補給や整備だけでも行いたい願いを伝えた。（ソレスタルビーイングの敵はアロウズ。現状を作り出したのは自分達のせいで、治安維持と名を変えた虐殺を許している。日本で例えるならば自衛隊を倒したいソレスタルビーイングと麻生政権を倒したいカタロン。ちょっとその点が異なるポイントですけど、アロウズ打倒では協力出来るからクラウスは協力を申し出ています。）
「トリロバイトを失うとは失態だな少佐。マネキン大佐、少佐共に指揮を取れ。我々アロウズは
連邦の盾であり矛なのだ失敗は許されん！」トリロバイトを失いリントを司令官から外し、再びカティを司令官に任命したアーサー。「このとおり今後私の指示にも従ってもらう。よろしいかなミスターブシドー？」改めて指揮官としてミスターブシドーに対し、命令に従うように通告したカティ。
「断固辞退させてもらおう。司令部より独自行動の免許が与えられている。ワンマンアーミーたった１人の軍隊なのだよ。」独自行動が許され自らの意志で戦うので、命令には従わないと主張したミスターブシドー。自己判断で戦いを認められているのだ。一方ルプアルハリ砂漠には、正規軍のセルゲイがガンダム探索部隊を率いていた。「大佐あの件お受けしようかと思います。大佐の養子になる件です。」セルゲイとの通信で、セルゲイが息子のアンドレイに憎まれていると知ったソーマ。父親失格だと自分で言った男に養子になる意志を告げた。（アンドレイは父親を憎んでいる。しかしソーマにはセルゲイは、父親的存在。だから養子になる事を選んだ。それはソーマにとっては幸せな事と思っているけど、死亡フラグになりませんかね？それにしてもマリナ様は子供達に大人気。平和の象徴としての利用されている感がありありですけど、マリナ様は優しいからそれでも良いのかもしれません。）
「あの子供達も君達の犠牲者だ。何も感じないのか？何故戦うんだ？」身寄りの無い子供達を
生み出しても戦いを止めない刹那に怒りをぶつける沙慈。「感じているさ。俺はあの中には入れない。俺には戦う理由がある。分かってもらおうと思わない、恨んでくれて構わない。」戦いを止めないのは、理由があるから。それを理解してもらう必要は無いし恨んでも文句は無い。世界を
平和にすべく戦う刹那。たとえ沙慈に理解されなくても。そしてカタロンの基地から飛び立とうとする直前マリナから保護ではなく、アザディスタンに帰りたい意志を伝えられ、プトレマイオス２に戻る前送り届ける事にした。同じ頃会談の成果について話し合っていたクラウスとシーリン。「やっぱりソレスタルビーイングを取り込むのは無理のようね。」会談は失敗したと考えたシーリン。「あの答えで十分さ。アロウズとの戦いは、熾烈を極める。近い将来彼らと我々が、手を取り合う日が必ず来るさ。」アロウズとの戦いがヒートアップし、単独では上手く行かない日が来て、協力関係を結ぶ事になると推測し、一定の評価をしたクラウス。（カタロンがクラウスみたいな人ばかりなら共闘も上手く行くと思いますけど、ロックオンの言う通り現状はどうかなというのが正直な所でしょう。戦力も弱いし、足手まといになるだけだとスメラギは思っていますし。）
マリナを送り届けるには、ガンダムではアロウズに戦いの口実を与えてしまう。そこで輸送機を
使ってアザディスタンに向かうと伝えた刹那。「そのまま戻ってこなくいい。」話を聞いて生真面目なティエリアが冗談を言った。「４年間で何があったんだい？」ティエリアの変化に驚くアレルヤ。それが４年間の時の空白を強調させた。「ソレスタルビーイングもカタロンも戦いを引き起こす奴らじゃないか。そんな所にいられるか。」戦いに関わりたくない沙慈。カタロンの監視に嘘を付いて車のキーを譲り受け、１人基地を脱出した。そしてほぼ同時期シーリンの願いは届かず
アザディスタンに向けて輸送機が出発。ケルディム・アリオス・セラヴィーは、プトレマイオス２に
向かった。しかし沙慈の目の前には、セルゲイ率いるガンダム調査機が現れた。（マリナ様は、責任感がありますね。自分だけ身の安全を保障されるのを嫌がり、アザディスタンを平和に導くべく危険な祖国に戻ろうとした。ただ世界は中心に動いているから厳しいと思います。ここで沙慈がセルゲイに発見されるとどうなるか？もの凄く気になりました。）
調査機の中に連行され尋問を受ける沙慈。バイオメトリクスには、カタロンの構成員として登録されていた。「僕はそんなんじゃない。」必死に否定したが、嘘だと決め付けられ殴られてしまった。「手荒なまねはよせ。下がれ話は私が聞く。」士官達を一喝。セルゲイ自ら事情を尋ねる事にした。「君は戦士ではないな。長年軍にいたから、私にはわかる。戦う者の目をしていない。つまりカタロンではないという事だ。一体何がったのかな？ソレスタルビーイングと共に行動していたのではないのか？君はガンダムが現れたプラウドで、コロニー開発に従事していた。簡単な推理だよ。」自分の経験から沙慈は、カタロンの構成員ではないと断定したセルゲイ。ソレスタルビーイングと行動を共にしていたと推理した。「僕はソレスタルビーイングでもカタロンでもない。嫌疑を解いてもらえますか？」セルゲイを信用して、今まで経緯を説明した沙慈。しかし密室での話を連邦の兵士が立ち聞きしていた。「何それは本当か？直ぐに指令書を送る。朗報です司令
カタロンの軍事基地を発見しました。ガンダムもいる公算が大きいかと。」沙慈の情報が、兵士を通じてアーサーに伝えられた。（ジニンとルイスも地球に来ました。今回は休ませましたけど、沙慈とルイスの再会も近そうです。ガンダムに対して恨みを抱くルイスと戦いを否定する沙慈。考え方が異なっているから、悲しい再会になりそうです。）
「何だこの指令書は？オートマトンをキルモードで使用せよだと？」無差別殺人兵器オートマトンをキルモードで投入する作戦を知り、驚きと憤りを隠せないカティ。「上層部の作戦は絶対です。相手は反政府勢力情をかける必要はありません。」非人道的な作戦でも、残忍な性格の
リントには当たり前の作戦だった。「このような作戦を！大佐が転属を反対していた理由がようやく分かった。」カティ同様非人道的な作戦を認められないソーマ。セルゲイが、アロウズ転属を拒否した理由も理解した。「中尉は誤解しています。スミルノフ大佐は、任務の為なら肉親を見捨てられる男です。あの男は、母を見殺しにしたんです。」逆にセルゲイが任務で、母親を見殺しにしたと憎んでいるアンドレイ。人道的な考えを持っていると思っていたソーマに対し、勘違いをしていると告げた。（沙慈の存在がネックとなって非人道的な戦闘が行われようとしている。情け容赦ないオートマトンの悲劇が繰り返されようとしている。セルゲイは、アンドレイの言うような人物なら沙慈を逃さないし、部下も殴ったりしないでしょう。誤解を解くには、ソーマの考えている
行動を見せる必要があります。）
「王留美から緊急暗号通信。カタロンの基地が、アロウズに発見されました。」ネーナからの報告を受け、プトレマイオス２に基地発見された情報が伝えられた。情報を受け早急にプトレマイオス２を浮上させ、ガンダム発進を命じたスメラギ。その頃既にオートマトンを搭載したアヘッドとジンクス３から構成されるアロウズ部隊は、カタロンの基地に近づいていた。「守りを固めソレスタルビーイングの救援を待つ。」戦力差を考慮し、ガンダムの救援を待ちながら篭城という作戦を選択したクラウス。会談を受け救援に来ると信じた選択だった。しかし爆撃により基地は攻撃され旧型のティエレンやイナクトでは、アロウズに歯が立たなかった。「オートマトン射出。」基地に
オートマトンが投入され、基地を完全に殲滅しようと容赦のないアロウズ。そこにガンダム３機が
間に合い反撃を開始した。同胞を救おうと基地に近づくロックオンのケルディム。「ピーリス機ガンダムに応戦しろ。」指揮官の命令で応戦したソーマのアヘッド。その中でミスターブシドーは
作戦に憤りを感じ部隊から離れた。（今までガンダムと戦ったパイロット達は、アロウズのやり方が余りにも酷いから憤りを感じていた。ハムブシドーも人道的な人ですから、戦いに参加するのを拒否したのは分かります。ソーマ・カティ・ハムはアロウズの良心だと再認識しました。）
「これが人間のやる事かよ！」カタロンの基地を意志を持たないオートマトンが蹂躙。後に残ったのは、無残な人間の死体のみ。そんな様子を見て怒りがこみ上げたロックオン。「自ら引き金を引く罪の意識も無いのか！」残忍な攻撃に対し、怒りをアロウズにぶつけたアレルヤ。「初期目標は達成した。撤退する。」ただカタロンの兵士達の無残な死体と破壊された基地が、後に残った戦闘は終わった。ロックオンの叫びも空しくこだまし、アロウズのやり方を思い知らされる結果だけが突きつけられた。「私は超兵戦うだけの存在。なのに人並みの幸せを求めた。これは
その罰なのですか大佐？」悲劇を生みだしたのは、自分が幸せを求めた罪だと考え苦悶の表情を浮かべたソーマ。「僕が僕が話したせいで、そんなそんな嘘だぁぁぁぁ」自分の情報が、悲劇を
起こしてしまった。信じられない光景に愕然とした沙慈。アロウズの非道さと恐ろしさを強烈に
残していた。更にアザディスタンに到着した刹那。街が炎上している信じられない光景を目撃。
そこには見覚えのあるガンダムが存在した。「そうよそのまさかよ。」リボンズの作戦は、アザディスタンの襲撃。そこには宿敵サーシェスがいた。（今回はアロウズのやり方とリボンズの作戦
の非道さを見せるお話でした。クラウスとシーリンは無事なのか？アロウズの中にもカティやハムなどが良心として残っていますけど、こんな敵と戦うソレスタルビーイングは、今後どうするのか？そして自分の責任で、死なせてしまった沙慈の選択は？前半戦の山場ですね。）
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