2011/11/05追記
ios5ではJailBreak無しで登録できるようになりました。
作り方は40秒以内の着信音と同様の手順でOKです。
http://ameblo.jp/777noritama777/entry-10653959730.html
itunesに40秒以内で曲を登録→AACに変換→ファイルを削除、ゴミ箱に→ゴミ箱から拾い上げ、m4rファイルに拡張子を変更→ダブルクリック→同期→iPhoneの設定→サウンド
＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿ググればいっぱい出てくると思うのですが、自分の覚え書き用に
SMS/MMSの着信音変更
① http://www.forest.impress.co.jp/lib/pic/music/soundedit/soundengine.html こういうものを使用し適度な
長さのファイルを作成する
② iTunesに作成した音楽を登録し、編集→設定→一般タブ内のインポート設定→インポート方法をAiffにする
③ iTunse上で登録したファイルを右クリックし、AIFFファイルを作成し、出来あがったものを右クリック→削除→
ゴミ箱
④ ゴミ箱からデスクトップ（どこでも大丈夫です）へ拾い上げ、□□□.aifからsms-received○.cafへネーム及
び拡張子をを変更（○は数字が入ります 1～6）
⑤ iFunBox等でPCからiPhoneにアクセスし、Raw File System→System→Library→Audio→UISoundsに下の
を参照して先ほどの○の部分に数字を入れてぶち込む（上書きされますので、ぶち込む前に元のファイル
をバックアップしておいてください）
sms-received1.caf （トライトーン）
sms-received2.caf （チャイム）
sms-received3.caf （ガラス）
sms-received4.caf （ホーン）
sms-received5.caf （ベル）
sms-received6.caf （エレクトロニック）
⑥ iPhoneの設定→新着SMS/MMS→上書きしたファイルにあたる名前にチェック
終了
おまけ
メール着信音をいじったついでに、同じフォルダ内にある、photoShutter.cafというファイルを名前変更することで、カメラ使用時のシャッター音がなくなります。photo_Shutter.cafでも_photoShutter.cafでも何でも良いです。
が、悪用してはいけません。静かにパチスロのプレミア画像を撮ったりと健全な使い方をしてください。
※自分用に書いてある事なので、これらを行ったことによる、PCの故障、iPhoneの故障、動作の保障等につきましては責任はとれません。全ては自己責任にてお願いいたします。