mkvファイルはめったにはDVD化することが無かったので
こんなmkvファイルには今まで出くわさなかったのだが
エンコードでエラーウインドウが出て止ってしまうものがある。
mkvファイルは一度mkvtempという中間ファイルに変換してから
エンコードをするのだが、このときにエラーが発生して止まってしまう
調べてみるとエンコードで渡すストリーム番号がずれている事が原因だった

このストリーム番号は DVD 化するファイルを登録(add)した時に
ffmpegを使って調べて取り込んでいるが
mkvファイルの場合実際のストリームの1番目に subtitle があると
何故だか無視されカウントされない。
そして mkvtemp のエンコードの時にずれたストリーム番号が渡されて
エンコード出来ず The end. となる。
(追記:さらに詳しくは、ずれたストリーム番号が渡されて出来た mkvtemp のサイズが 0 の為、mkvtemp からのエンコードが出来ずエラーで終了している、原因も判りにくいのだ。)
これを回避する、手っ取り早い方法は
VirtualDubMod などで
subtitle ストリームの位置を下にずらすか無効にして
新たに名前をつけたmkvファイルを作成させればエンコード可能となる。
このときmkvファイルから字幕ファイルだけを分離して
取り出しておいてDVD化するときに追加すれば字幕付きの
DVDも作れる


または、AnyVideoConverter などでいったん
他の形式(avi や mp4)のファイルに変換して
その変換したファイルからエンコードさせれば
DVD化が出来るようになる。
ただし、この場合字幕ファイルだけは前出の方法などで
取り出しておかないと字幕の無いDVDしか作れなくなる。