オープニング
*「R★O★C★K★S」(1話 - 25話) HOUND DOG
*「遥か彼方」(26話 - 53話) ASIAN KUNG-FU GENERATION
*「悲しみをやさしさに」(54話 - 77話)little by little
*「GO!!!」(78話 - 103話) FLOW
*「青春狂騒曲」(104話 - 128話) サンボマスター
*「ノーボーイ・ノークライ」(129話 - 153話) STANCE PUNKS
*「波風サテライト」(154話 - 178話) シュノーケル
*「Re:member」(179話 - 202話) FLOW
*「ユラユラ」(203話 - 220話) Hearts Grow
エンディング
*「Wind」(1話 - 25話) Akeboshi
*「ハルモニア」(26話 - 51話)RYTHEM(リズム)
*「ビバ★ロック ~japanese side~」 (52話 - 64話)ORANGE RANGE
*「ALIVE」(65話 - 77話) 雷鼓
*「今まで何度も」(78話 - 89話) ザ・マスミサイル
*「流星」(90話 - 103話)TiA
*「マウンテン・ア・ゴーゴー・ツー」(104話 - 115話) キャプテンストライダム
*「はじめて君としゃべった」(116話 - 128話) ガガガSP
*「失くした言葉」(129話 - 141話) No Regret Life
*「スピード」(142話 - 153話) アナログフィッシュ
*「そばにいるから」(154話 - 165話) アマドリ
*「パレード(sui sui sui)」(166話 - 178話) CHABA
*「Yellow moon」(179話 - 191話) Akeboshi
*「ピノキオ」(192話 - 202話)オレスカバンド
*「シナリオ」(203話 - 220話) SABOTEN
「少年篇」主題歌 1周目オープニング
※アニメーションは『少年篇』本編の映像や無印時代のOP・ED映像をつなぎ合わせたものが流された。
*「R★O★C★K★S」」(2009年4月29日)1話 歌 - HOUND DOG
*「道標」(2話 - 24話 )SUPER BEAVER
*「SUMMER FREAK」(25話 - 45話 )FLOW
*「さよなら世界」(46話 - 67話 ) 氣志團
*「ただ弱いだけじゃなくて僕らは…」(68話 - 85話 )Mass Alert(マサラー)
*「コピペ」(86話 - 99話 )serial TV drama
*「約束」(100話 - 112話 )DOMINO
*「Full a Gain」(113話 - 123話 ) Aqua Timez
*「リミティブ・パワー」(124話 - 135話 )7!!
「少年篇」主題歌 1周目エンディング
※印の楽曲は『疾風伝』の主題歌にもなっており、アニメーションも『疾風伝』の時のまま放送された。
*「ホタルノヒカリ」(2話 - 20話の偶数話、21 - 27話の奇数話、42・44・46話)いきものがかり
※『疾風伝』OP曲
*「深呼吸」(3話 - 19話の奇数話 )SUPER BEAVER
※『疾風伝』ED曲
*「誰かが」(22話 - 40話の偶数話) PUFFY
『劇場版 NARUTO -ナルト- 疾風伝 火の意志を継ぐ者』主題歌。
*「My ANSWER」(29話 - 43話の奇数話)SEAMO
※『疾風伝』ED曲
*「Sign」(47話 - 56話 )FLOW
※『疾風伝』OP曲
*「ココロの欠片 feat.FEROS」(58話 - 70話) 竹内順子
*「LIFE GOES ON」(71話 - 87話、92話) 竹内順子
*「if」(88話 - 91話、93話 - 97話) 西野カナ
『劇場版 NARUTO -ナルト- 疾風伝 ザ・ロストタワー』主題歌。
*「Diver」(98話 - 123話) NICO Touches the Walls
※『疾風伝』OP曲
*「FREEDOM」(124話 - 135話) HOME MADE 家族
※『疾風伝』ED曲