中古住宅を購入した場合にかかる税金としては、登録免許税と不動産取得税があります。
登録免許税とは、住宅を購入し、所有権移転登記や、住宅ローン借入れのために抵当権設定登記をする際に必要な税金です。家屋の登録免許税には、住宅用家屋の軽減税率という特例がありますが、残念ながら古民家は築年数が古いためこの特例を享受出来ません。

住宅用家屋の軽減税率を受けるための要件としては、
・自己居住用住宅
・床面積50m2以上
・築20年(耐火住宅は25年)以内
または、地震に対する安全性に係る基準に適合することが証明されたもの
・取得後1年以内に登記

古民家の場合は特例が受けれないので、
所有権移転に関する税率は20/1000
※固定資産税評価額500万円の場合の税率は10万円

抵当権設定にかかる税率は4/1000
※債権額1,000万円の場合税額は4万円となります。


もうひとつは不動産の所有権を取得した際にかかる不動産取得税です。都道府県によって多少違いがありますが、取得の約半年後に支払うものです。家屋について、要件に該当する場合には、評価額から一定の金額を控除してくれる特例がありますが昭和51年より前に建てられた住宅の場合には控除はありません。

課税標準額が500万円の場合で15万円程度です。

古民家の場合築年数が古いとの理由で控除が受けられないので損する気がしますが物件価格が安いのに質がいい物が多いのでトータルで考えるとお得だとは思います。

*税については毎年変更されたりしますのであくまで参考としてお読み下さい。