合併登記に添付する資本金計上証明書には、
会社計算規則３５条と３６条の２種類がありますね。
何れを適用するかこの証明書には当該条文を明記して
特定しなければなりません。
登録免許税法施行規則１５条の証明書も必要です。
「商業登記書式精義」（テイハン）他、どの書式集にも
根底から理解できるような解説はありません。
合併登記という到達点において添付するこの書類の意味を
理解せねば、合併契約書を読み解くこともできないし、
登録免許税の算定ができません。
増資においては、自己株式の交付がなければ
資本金計上証明書の意味も従前と変りないのですが、
この合併という組織再編行為に至っては、この計算規則３５、３６条を
理解せずには、合併登記の受託も合併を行う前のアドバイスも
出来ない訳です。
この３５条と３６条の意味が非常にわかりずらい。
３５条は、存続会社の株主資本等変動額という消滅会社の株主に対して株式を発行、
又は自己株式の交付をした場合の存続会社の資本金等（株主資本等）変動額について
規定してあり、原則的取扱いです。存続会社が消滅会社株主に一株５万円の新株を１００株
発行すれば５００万円資本金が増える。資本準備金にすることも振り分けることもできます。
３６条は、消滅会社の資本金等を存続会社が引き継ぐという規定です。
この場合簿価で引き継ぐので、合併当時会社は共通支配下（グループ）間のみに
適用ができます。消滅会社の資本金が５００万円であれば存続会社はこの５００万円を
引き継ぎます。
大雑把に言うとこんなところではないでしょうか。
この条文を更に読んでいくと迷路に入っていく感覚がありますが、
少しずつ頭の中が整理できてきたのでしばらく記録して行きます。