取締役会設置会社の場合、
第三者割当を株主総会でできるとの
定款の定めがある場合、
若しくは有利発行の場合を除き
取締役会にて一連を決定しますが
多くの中小会社は譲渡制限会社なので
募集決議は株主総会の特別決議となる。
（会１９９②、３０９②５号）
次に割当の決定については、取締役会設置会社
にあっては、取締役会による。（２０４②）
但し、定款で別段の定めがあれば株主総会にて
割当の決定ができる。
結果として譲渡制限会社は、第三者割当を
１回の決議ですべて終わらせたいので
募集決議と割当決議を一度で済ませるので
ある。
そこで、最近補正対象となっているのは
募集決議（１９９）と割当決議（２０４）は別のもので
あるから、
「次の者に００株割り当てることに決定した・・・」
という株主総会議事録での登記申請は受理できず
「株式申込人から申し込みがあることを条件として
次の者に割り当てる」との条件付決議でる旨の
文言が必要とのことです。
旧法からの学習者としては、この感覚は理解に苦しみますが、
募集と割当は各別の承認を要するとの現行法から
は条文に忠実な理解かもしれません。
一登記官の見解として、専門誌に掲載された
論文が通達並の拘束力をもっていますが、
この見解に関して議論されることは多いに結構ですが
末端の実務家としては、条文に忠実にということ
と法務局側の見解に従った方が安全です。