・2012年6月18日 高野山高校の女子生徒が、高野山大学体育館で同級生を刺して重傷を負わせ、殺人未遂で緊急逮捕される。
・2013年2月26日 高野山真言宗、資産運用に失敗して、少なくとも6億8000万円の損失を出していたことが公になる。
・2013年7月25日 高野山・遍照尊院の副住職も務める高野町議が、参議院の公職選挙法違反（買収）の疑いで逮捕される。
・2013年7月25日 高野山高校野球部の元監督が、部員の家族から現金などを受け取ったとして、日本学生野球協会から1年間の謹慎処分を受ける。
・2014年5月27日 高野山・清浄心院（住職：高野山大学客員教授・池口恵観）の木材置き場で、切断された首だけの白骨死体が見つかる。
・2014年6月15日 添田隆昭・高野山大学理事長（高野山宗務総長）の宿坊・蓮華定院、高校生の放火により、客間の畳一部とふすま1枚が焼ける。
・2015年2月8日 高野山大学・遍明院（金剛三昧院の兼務寺院）の元僧侶が、九度山町のほこらに納められていた仏像を盗んだ疑いで逮捕される。