システム（ソフト）を用いて給与計算を行う場合に
所得税法の第189条にある 「主たる給与等に係る徴収税額の特例」
という条文が関わってくることがあります。
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【主たる給与等に係る徴収税額の特例（所得税法第189条）】
給与所得者の扶養控除等申告書を提出した居住者に対し、その提出の際に経由した給与等の支払者がその支払う給与等について第百八十五条第一項第一号イからニまで（賞与以外の給与等に係る徴収税額）並びに第百八十六条第一項第一号ロ及び第二項第一号（賞与に係る徴収税額）の規定を適用する場合において、その給与等の支払額に関する計算を事務機械によつて処理しているときは、これらの規定に規定する別表第二の甲欄に掲げる税額は、当該税額が算定された方法に準ずるものとして財務大臣が定める方法によつて計算した金額をもつて代えることができる。
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条文っていつ読んでも眠くなりますね・・・（爆）
原則として、税金計算 （正確に言うと月額表甲欄適用者の税額計算） は、
「給与所得の源泉徴収税額表（以下、月額表）」 に照らし合わせて
その月の税額を導き出すのですが、
この特例(条文）によれば、
「システム（自動計算式）によって求めた税額」と「月額表（手計算）によって
求められた税額」 に、たとえ差額があったとしても、その差額は毎月都度
つど訂正する必要は無く、年末調整で一気に清算しさえすればＯＫという
ことになるのです。
私は５年ほど前に初めて給与システムを導入した時は、
この特例を知りませんでした。
いざシステムを導入して、計算式に誤りがないかどうか
検証作業を行っているときに、この壁にぶつかったのです…(>_<)
「税金の計算が合わんじゃんけボケー！ （￣□￣；）がちょ～ん」
何人計算しても、税額が数円ずつ合いません…。
夜中まで検証作業を続けて、
疲労困憊の末ようやくこの条文に辿り着いた時、
本当に心から神様に感・・謝・・・ ウソ！
本気で目の前のシステムを叩き壊そうかと思いました （大笑）
『人は壁にぶつかってこそ大きくなる！』
乗り越えた壁は、乗り越えたあとに
それほど大きいものではなかったのだと
初めて気付くものなのですね。(￣▽+￣*)（…根拠無き自信w）
それでは今日はこの辺で。m(__)m
※補足※
現在、給与計算を手計算で行っている方が、
今後システム（ソフト）を使って給与計算をしようとされている場合は、
私の二の舞とならないようにお気をつけ下さい（笑）
なお、全てのシステムが特例による計算を行っているわけではありません。
詳しくは仕様書をご確認ください。