2050年、突如として地球に侵攻してきた正体不明の異星生命体「インビット」のため、地球人の半数が火星に避難する。30年後の2080年、地球奪還と同胞の救出のために地球降下作戦が開始された。第1次降下作戦は失敗に終わったが、3年後の第2次降下作戦では、過去の教訓から新型の可変戦闘機 AFC-01 レギオスおよび、AB-01 トレッド。そして、これらに搭載され搭乗員の生存率を高めるための変型バイク兼パワードスーツ VR-052 モスピーダが配備されていた。
火星生まれで、火星育ちのマルスベース軍の若き士官 スティックは第2次降下部隊に所属し、作戦成功後に恋人のマリーンと結婚する約束をしていた。だが、大気圏突入中にインビットの迎撃を受けたうえ、大気はインビットにより特殊加工[5]されており、降下中の機体の多くは撃墜され、あるいは大気圏突入に耐えられず作戦は失敗する。マリーンの乗る降下艇ホリゾントも、特殊加工された大気圏の影響を受け制御不能となり、スティックの目の前でインビットに撃沈される。スティックは混戦の中、機体を損傷して本隊から離れ、南アメリカに不時着したが、艇長が遺した「地球へ不時着したら、インビットの本拠地、北米のレフレックス・ポイントを目指せ」という言葉に従い、哀しみを振り切るように地球を駈ける。
一方、地球生まれで地球育ちのレイは、旅の途中で第2次降下作戦の宇宙船の残骸の中からモスピーダを見つけ出し、インビットとの戦いに巻き込まれる。その際、スティックと出会い、行動を共にすることとなる。さらにスティックとレイはフーケ、ミント、第1次降下作戦の生き残りであるイエロー、ジムと出会い、インビットが行う「軍人狩り」から逃れて戦うことを放棄していた彼らも、スティックらと共にレフレックス・ポイントに向かう。途中、一行は廃墟の村で記憶喪失の少女を発見。言葉も感情も失った彼女を「アイシャ」と名付けて保護する。旅を続ける中、やがてスティックとアイシャは互いに心惹かれてゆく。
幾多の戦いと、出会いと別れを繰り返し、遂に一行はレフレックス・ポイントに達し、第3次降下作戦がはじまった中、インビットの正体を知る。
地球降下作戦
「インビット」支配によって火星や月に逃れた地球人は、インビットの武力に対抗するためにコンドルなどの新兵器を配備し、第1次降下作戦を開始した。しかし、インビットへの分析や情報不足などから部隊の大半を失い、作戦は失敗に終わった。そして、その当時から、インビットは地球人が自分達に対する恐怖と憎悪から生み出す兵器類と、それを操る軍人達に脅威を感じ、占領した地域の自分達に従順な地球人に対して「軍人狩り」を強要するようになっていった。
スティック達が参加した第2次地球降下作戦は、順調に行われていれば、レギオス、ホリゾントなどで大気圏突入し、レフレックス・ポイントに直接侵攻するものだった。目標に達せず不時着した場合、搭乗員はモスピーダや支援車両などでレフレックス・ポイントを目指し、合流することになっていたが、本編では途中の集合地点で壊滅させられたり、軍人狩りにより殺されたりした者も多く、生き残ってたどり着いた者達も、第3次降下作戦開始のタイミングに合わせなければならないほど減退していた。
やがて実行される第3次降下作戦では、HBT放出をコントロールして、インビットに探知されない「ダーク・モスピーダ」、強大なシンクロトロン砲を装備する「ダーク・レギオス」「トレッド」他、旗艦「イズモ」以下のダークタイプ各艦艇も投入され、戦局は人類有利に大きく傾くと思われたが、互いの戦力をすり減らすだけとなって膠着化する。ついに奪還軍総司令は地球ごとインビットを滅ぼすのも止むを得ないと、最終兵器「荷電粒子ミサイル」の発射を決意する。
