ちょっと専門家以外は、分らないネタを。
生物学的には、とても面白い、と或るmutantなんですが、
Dr.フリーターの専門外で、それに費やすお金の出所を
サポート出来るグラントもないので、ぜのぱすが、暇を見て、
ちょっとずつ細々と遺伝子のマッピングをしていたんですが、
最近は、他の仕事が忙しくて、放ったらかしになっていました。
それが、数ヶ月前のこと、元々、このmutantで一時期コラボしていた
ことのある某JYから、最近開発した新しいmapping法の汎用性を試したいので、
件のmutantで、コラボしよう、と提案がありました。
ぜのぱす的には、渡りに船、で、早速サンプルを調整して送ったのでした。
そんなこと、スッカリ忘れていたんですが、
今日になって、若しかして、この遺伝子ちゃうん？
と候補が上がって来ました。
ほぉ・・。
方法の詳細に関しては、サッパリ訳が判りませんが、mutantとwtで、
RNA-Seqをして、その比較をするだけなんです（笑）、
が、その解析法がキモなんでしょう、要は、バイオ・インフォマティシャン
の独壇場な訳です、で、そのコラボ先に専門家が居て、
今迄、解析を行なっていた訳です。
どれどれ、どんな遺伝子かな？
バイオ・インフォマティシャンからの情報って、一概に、unfriendlyで、
最初は、何が何だか分かりませんでしたが、漸く意味が分って、
mutationsの種類を見たら、4ヶ所にアミノ酸変異を伴う遺伝子の変異があって、
そのうちのひとつは、nonsense mutationだと云うので、
ぉおお、コレは、本物か？
次に、遺伝子を見たら、ガッカリ。
所謂、ハウス・キーピングです。コレは、解析が厄介だわぁ、
と云うのが先ず最初の感想。
ま、と気を取り直して、mutationの場所をひとつずつ確認して見ると、
何と！これは、究極のjokeか？Nonsense mutationが入っている場所って、
本来のstop codonのひとつ前の位置！、って云うことは、アミノ酸が一個少ないだけ、
・・って、恐らく、これは、無関係（笑）。更に、報告されているcDNAsと比較すると、
をぃをぃ、これって、只のpolymorphismじゃん。アミノ酸が一個少ないバージョンは、
普通に存在している。
他のmissense mutationsの場所を調べる為に、他の生物種と比較すると、
他の生物種では、変異と同じアミノ酸を持っているモノもあり、
どの変異も、タンパクの活性に影響はない可能性大、と云う、ぜのぱすの結論。
って、云うか、バイオ・インフォマティシャン、此の位のこと、直ぐに気付けよ。
ったく・・・・。
結局、失敗だったのか？？
生物学的には、とても面白い、と或るmutantなんですが、
Dr.フリーターの専門外で、それに費やすお金の出所を
サポート出来るグラントもないので、ぜのぱすが、暇を見て、
ちょっとずつ細々と遺伝子のマッピングをしていたんですが、
最近は、他の仕事が忙しくて、放ったらかしになっていました。
それが、数ヶ月前のこと、元々、このmutantで一時期コラボしていた
ことのある某JYから、最近開発した新しいmapping法の汎用性を試したいので、
件のmutantで、コラボしよう、と提案がありました。
ぜのぱす的には、渡りに船、で、早速サンプルを調整して送ったのでした。
そんなこと、スッカリ忘れていたんですが、
今日になって、若しかして、この遺伝子ちゃうん？
と候補が上がって来ました。
ほぉ・・。
方法の詳細に関しては、サッパリ訳が判りませんが、mutantとwtで、
RNA-Seqをして、その比較をするだけなんです（笑）、
が、その解析法がキモなんでしょう、要は、バイオ・インフォマティシャン
の独壇場な訳です、で、そのコラボ先に専門家が居て、
今迄、解析を行なっていた訳です。
どれどれ、どんな遺伝子かな？
バイオ・インフォマティシャンからの情報って、一概に、unfriendlyで、
最初は、何が何だか分かりませんでしたが、漸く意味が分って、
mutationsの種類を見たら、4ヶ所にアミノ酸変異を伴う遺伝子の変異があって、
そのうちのひとつは、nonsense mutationだと云うので、
ぉおお、コレは、本物か？
次に、遺伝子を見たら、ガッカリ。
所謂、ハウス・キーピングです。コレは、解析が厄介だわぁ、
と云うのが先ず最初の感想。
ま、と気を取り直して、mutationの場所をひとつずつ確認して見ると、
何と！これは、究極のjokeか？Nonsense mutationが入っている場所って、
本来のstop codonのひとつ前の位置！、って云うことは、アミノ酸が一個少ないだけ、
・・って、恐らく、これは、無関係（笑）。更に、報告されているcDNAsと比較すると、
をぃをぃ、これって、只のpolymorphismじゃん。アミノ酸が一個少ないバージョンは、
普通に存在している。
他のmissense mutationsの場所を調べる為に、他の生物種と比較すると、
他の生物種では、変異と同じアミノ酸を持っているモノもあり、
どの変異も、タンパクの活性に影響はない可能性大、と云う、ぜのぱすの結論。
って、云うか、バイオ・インフォマティシャン、此の位のこと、直ぐに気付けよ。
ったく・・・・。
結局、失敗だったのか？？