「南波さんが艦長に対して偉そう」
まあフィクションなんで。でも、艦長側が各所掌長に敬語使うのはリアル。海軍というのは職人の世界で、各職種毎の下士官によるプロの技術は幹部にはマネできない。だから、幹部は艦長に至るまでベテランには敬意を払う。まあ内務的な理由もあるんだけど。
「拘束するのに結束バンド（インシュロック、ロックタイ等とも）はダメでしょ」
世界の法執行機関や軍で普通に使ってます。やり方とバンドの大きさというか太ささえ間違えなければ、手錠代わりになる。
「音響魚雷なんてないでしょ」
はい。ありません。フィクションなんで。
「潜水艦ってアクティブソナーないでしょ」
はい。ないと言われてます。フィクションなんで。
「拳銃ロッカーに弾薬も一緒にあるのはおかしいやろ」
はい。おかしいです。火薬類は専用の保管庫（恒温装置や注水設備、警報設備などなどが付いてる）に保管しますので。
ただし、拳銃弾の箱に貼ってあった封印シールはめちゃくちゃリアル。あれは、一回開けたら「開封済み」みたいな文字が残ってわかるようになってる、ちょろまかし防止のモノ（プレステとかの「開けたら保証外になりますよ」な部分に貼ってあるシールと一緒）。
「潜水艦ってボート積んでないやろ」
積んでます。普段は空気抜いて艦内にあり、必要に応じて組み立てて、また別個に保管してある船外機を着けて使う。