生息地分断化（せいそくちぶんだんか、Habitat fragmentation）は、生物の生息地に分断が生じ、生息地が断片化すること。ゆっくりとした物理的な環境の変化（異所的種分化（英語版）の原因と考えられている）[1]、あるいは土地の改変などといった人間活動によって起こる。特に人為的な要因で起こった生息地分断化は、急激な環境の変化と個体群の分断を引き起こすため、多くの種の絶滅や個体数の減少につながる。
生息地分断化という用語は、以下の4タイプの生息地の変化を表すのに用いられる。
生息地の範囲が減少すること
パッチ状の生息地の数が増加すること
生息地の各パッチの大きさが減少すること
孤立したパッチ状の生息地が増加すること
これら4つが同時に起こる場合だけではなく、どれか1つ、あるいは2つか3つが組み合わさって起こる場合でも生息地分断化と呼ぶ[2]。
生息地の破壊は、火山の噴火や火事、気候変動などといった自然現象でも起こっていたことが、化石記録から明らかとなっている。例えば、今から約3億年前のユーラメリカ大陸で起こった熱帯雨林の生息地分断化によって、両生類の多様性が著しく減少したが、同時に気候の乾燥化が進んだため、爬虫類の多様性の増大も起こったと考えられている。