「別ウィンドウ」というのは新しくブラウザ（もしくはタブ）を起動してリンク先のページを表示する、というものです。
例えば、以下をクリックしてみてください。これです。
ねこりんのブログ
確かにいくつもブラウザが立ちあがってしまったりタブがたくさんになってしまったりしてうっとうしいこともありますが、「別サイトへのリンクは別ウィンドウ」ということがルール化されているケースが多いので、私などはリンク先のタブはすぐに閉じてしまう癖がついています。
すると、同じ画面でリンク先に遷移している場合、うっかりそれを閉じてしまうとアメブロに戻れなくなってしまいます。（もちろん、一からログインして再度見ることはできますが…）
アメブロでリンク先を別ウィンドウで開く方法は以下の通り。
（クリックで拡大します）
リンクボタンを押したら、リンクさせたいテキストとURLを入れ、リンク先の表示方法は「新しいウィンドウ」を選びます。
逆に、自分のブログ内の記事にリンクさせるなど、同じ画面で遷移させたい場合は「同じウィンドウ」を選びます。
ちなみに、タグで編集する場合は<a>タグの中に target="_blank" を記述します。
例えば、
<a href="http://ameblo.jp/web-25rin/" target="_blank">ねこりんのブログ</a>
自分なりにどちらで表示させるのかルール化して運用すれば完璧です。
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