まずこれは昨年10月に法改正・施行があった為、現時点では参考程度にしかなりませんが、申請が遅れたことにより助成・還付の恩恵に預かれなかった事例として書いておきます。
■指定難病患者への医療費助成制度
参考URL（厚生労働省より）
指定難病に罹患した場合、月々の自己負担額が０～3万円になります（年収によります～私の場合は2万円でした）。
この適用を受けるには申請が必要ですが、私が再生不良性貧血と診断された昨年6月の時点では、保健所での書類受付日の翌月から適用というルールでした。
入院する前日に、ヘロヘロな状態で住民票やら課税証明書、保険証のコピーなど用意し、入院直後に医療機関で作成してもらう必要のある「臨床調査個人票」の作成を担当医に依頼しました。
ところが、担当医からは「後からでも問題ない」とされ、鵜吞みにした私はそのまま放置していました。
本来は医療機関にある事務センターに確認を取らなければならないのですが（さすがに医者は申請などの手続きまでは熟知していないでしょうから）。これを怠っていました。
結果、退院が見えてきた頃に管轄の保健所に電話で確認してから、「適用開始月＝申請書類受付の翌月1日」という絶対ルールを知りました。
現在は、以下の様になっています。
【新制度：病状の程度が厚生労働大臣の定める程度であると診断した日】
ただし、申請日からの遡りの期間は原則1か月とし、指定医が診断書の作成に期間を要した場合や入院その他緊急の治療が必要であった場合など、診断日から1月以内に申請を行わなかったことについてやむを得ない理由があるときは、最長3か月とする。
やむを得ない理由でない場合は、1カ月しか遡れません。
助成対象には入院時の食事代も含まれますので、いくら限度額適用認定証があったとしても、1カ月の差額はざっくりで9万円近くなるはずです（もちろん年収による適用区分によります）。
別途述べる「高額かつ長期」に関する申請も同様で、とにかく適用の対象となった時点で速やかに申請することをお勧めします。
続きます。