・左から〇文字を抽出
$less test1.txt
abcdefg
$less test1.txt | cut -c 1-3
abc
$less test1.txt | cut -c 2-4
bcd
$less test1.txt | cut -c 3
c
・特定文字以前を抽出
$less test1.txt
abcdefg
$less test1.txt | cut -dc -f1←「c」より前を抽出
ab
$less test1.txt | cut -dc -f2←「c」より後ろを抽出
defg
$less test2.txt
ab/cd
$less test2.txt | cut -d\/ -f1←「/」より前を抽出（-dオプションの後は/を\でエスケープする）
ab
$less test2.txt | cut -d\/ -f1←「/」より後ろを抽出
cd
シェルスクリプトのコマンドに記載できる引数は無限ではないらしい。何ビットだったか忘れたが、限りがある。genomeを扱っていると、annotation後のgene解析で引数を数千個入れたいときもある。
そんな時には引数をかいたテキストファイルを別に用意し、そのファイルから引数を読み込める。
less hikisuu.txt
ABC
BCD
CDE
DEF
less test.sh
/
/
/
echo "key in hikisuu file name with full path"
read file
vvv=$(less ${file} | tr '\n' ' ')
for f in ${vvv}
do
/
/
/
done
これでhikisuu.txtに記載された、ABC、BCD、CDE、DEFが順に引数fに渡されていく。
大量のファイルを2つ以上のディレクトリから1つのディレクトリにコピー、移動する時、ファイルが重複していないか確認しないと勝手に上書きされていたりする。そのため、標準エラー出力をlogとして記録し、確認しないと予期せぬトラブルに。
#!/bin/sh
read dir
read path
time=$(date +%y%m%d%H%M)
for f
do
cp -i ${path}/${f}_mapping_res/${f}.gubbins.fasta ${dir} 2>&1 | tee -a ${dir}/log_${time}.txt
これでlog_${time}.txtに標準エラー出力が出力される。
・BioPerlのバージョン確認
perl -MBio::Perl -le 'print Bio::Perl->VERSION;'
・CSVファイルの横方向（水平方向）結合
paste file1.txt file2.txt
blastのoutput.txtから必要情報を抽出するのにcutを使うと便利。
でもblastのoutputファイルは総じてスペース区切り。
cut -fが使えない。
そこで
less output.txt | grep hoge | unexpand -a | cut -f1
cat foo.txt | sed 's/[\t ]\+/\t/g' | cut -f3
unexpandコマンドでスペース区切りをタブに変換。
-aオプションでその行の全てのスペースをタブに変換してくれる。（-aなしだと、行頭のスペースのみタブに変換）
・特定region抽出
samtools faidx ref.fasta
samtools faidx ref.fasta chr1:1-100
manualにはphred scoreは自動で認識してくれると書いてあるが、実際にはうまく認識できずerrorが出ることがあるようだ（実際にあった。）
-phred33（Miseq、Hiseq）のオプションはちゃんと記載しておいた方がよい。
sort -nk2
2列目をsort
-n：数字は数字としてsort
3列目でsortなら
sort -nk3
