今日から、俺は、遺伝子解析、始めます。 -13ページ目

DDBJにrunデータを登録してaccession numberをもらう

 

まず

①Bioproject

②Biosample

を登録する

その後runデータ(fastqファイルなど)をuploadする。

upload方法は

WindowsからWinSCPを用いる。

 

WinSCP

①立ち上げる

②File protocol:SFTP Host name:dradata.ddbj.nig.ac.jp Port number:22 User name:D-wayのLogin ID Password:空欄

③設定を選ぶ

④SSH---認証を選んで、秘密鍵に事前に作成したprivate.ppkを選ぶ

⑤ログイン

 

これで左側(Windows)から右側(DDBJ サーバ)にデータ転送(ドロップ)できる。

作成したBioprojectディレクトリ内にfastqファイルをuploadする。

 

fastqファイルの転送が終わったら、D-way TOPでDRAを選び、new submissionでSubmissionを作成する。

 

作成したsubmissionを選択し、Enter/Update metadataを選び、各項目を入力していく。

 

つまずくのが、Runのメタデータ入力。

まず一番下にある右側のタブを押して→セーブ

その後tsvをダウンロードして入力する。

readの長さが違う場合にはgeneric_fastqを選ぶ

2018/3/27 キリンチャレンジカップ ウクライナ戦 1-2 敗戦

 

GK 川島    5.5

安定感はあるが、フィードが悪い。バックパスを受けてロングキックを蹴るときの精度がもう少しよければ展開も変わった。

2失点はいずれも仕方ない。

 

CB 牧野 5.5

欧米の選手と比較するとフィジカルの弱さは否めない。簡単にくさびを入れられるし、振り向かれてしまう。しかし、プレスがかかっていない状況でくさびが入るので、インターセプトを要求するのは酷かもしれない。1得点は評価するが、競り勝ったわけでもなく、ただの相手の凡ミス。前線からのプレスがきつい中でも、もっとドリブルでボールを運ばないと、攻撃の組み立てがじり貧になる。

 

CB 植田 5.0

頑張ってはいるが、経験不足。可もなく不可もなく。やはり吉田と比べると組み立て能力が一段低い。

 

SB 酒井 4.5

ひどい凡ミスが多すぎる。前半のヘディングのかぶりは中学生レベル。意気込みが感じられるが、気負いすぎで、敵との間合いが近すぎる。グランド環境が悪くなると極端にパフォーマンスが落ちる典型的な選手。まずはメンタル強化。

 

SB 長友 6.0

さすがの安定感。右サイドに大きく振られることが何度もあったが、大きく崩されることはなかった。組み立て能力の低さはいつも通りだが、マルセロ級の組み立てを要求するのは酷か。オーバーラップする時間もなく、守備に追われる。

 

MF 長谷部 6.0

コンディションが上がってきているようで、Wカップに向けての好材料。もはや長谷部のチームと言っても過言ではない。凡ミスが散見され、テンションが上がらない中で何とかやり切った感はある。選手間の距離の調整を指示できればなお良い。

 

MF 山口 4.5

守備で奮闘するが、それほど効果的ではない。監督に動き回るなと指示が出ているのか?横パスをもらえる位置にいないので、攻撃が停滞してしまった。井手口や大島と比べると縦につけるパスの能力がかなり低く、全く攻撃のタクトは振れない。すぐにバックパスをし、日本の停滞の主要な原因の1つとなった。

 

MF 原口 5.5

名前の通りの元気っぷり発揮だったが、相手を背負うと何もできないのは以前変わらず。前を向いたときは可能性を感じる。右で使えれば中島と共存できそうなのだが。

 

MF 本田 5.0

やはり落ち目なのか。報道でコンディションが上がっていると見たが、それほどでもない。しかし、中盤の選手との距離感が遠く、やりづらそうだった。一人でドリブルで崩す選手ではないので、中盤が機能していないと、本田も機能しない。持ち前のキープ力も昨日の試合ではそれほど見られなかった。残るはFWのバックアッパーか。杉本よりは使えるだろう。

 

MF 柴崎 5.0

守勢の試合で見せ場がなく、かわいそうだったが、それも自業自得。山口とともに、中盤の距離感が悪く、もらう動きのタイミングが悪いせいで、攻撃が停滞。守備力も攻撃力もあるのだから、もっとボールに絡めるように考えるべき。柴崎をボランチまで下げれば面白いのかもしれないが、彼の守備力では不安も残る。

 

FW 杉本 4.5

何もしていない。守勢に回る試合ではFWがキープできなかったら全く試合にならなくなるのに、ポストプレーも安定しないし、キープもできない。ラスト10分のパワープレイ要因としては良いのかもしれない。全体的にスケールが小さく、まだ世界で勝負する段階ではない。

 

交代選手

 

FW 小林

杉本が悪すぎて彼の良さが目立ったが、それでも効果的ではなかった。しかし、使われる選手であるので仕方ない。キープ力は杉本よりあるし、ポストプレーも悪くはない。運動量が多いので周囲はターゲットにしにくそうだが、それが彼の良さでもあり、連携が上がれば機能するかもしれない。

 

MF 中島

マリ戦から続けてのアピール。昨日中央でのプレーだったが、何とかこなせていた。しかし、彼が登場した時には、相手はバテバテ。プレスも弱かったので、1試合通して中央でできるかは未知数。特に競り合いは弱い。Wカップメンバーには確実に呼ばれる。

 

MF 三竿

マリ戦に引き続いて安定感あり。まだ控えめなせいか、攻撃時に弱気な横パスが多いが、競り合いに強く、メンタルも安定している。凡ミスも少ない。非常に計算できる選手であり、おそらくWカップメンバーに入ってくるであろう。点を取りたい時のカウンター対策にも使えるし、勝っているときの守備要因としても計算できる。

 

 

 

 

まじで大苦戦。

 

①曲線ツールを選ぶ

②ツール下の白地に赤字の斜線(なし)を押す

③直線の始点をクリック

④Shift+Altを押しながら、曲げたいところをクリック

⑤そのままShift+Altを押したまま、終点をクリック

⑥Shiftを離して、Alt+Ctrlを押し、その外側でクリック

 

⑦次の線を書き始める前に、上のtargetみたいなタブを押して、線の条件(pointなど)などがタブに出るように変更する

 

 

自分で何をやっているのか分からないけど、とりあえずこれでできる。

カギ線を書くのにもう2時間以上苦戦。やってらんねぇ。

 

早く論文投稿しないといけないのに・・・

まじで大苦戦。

 

①曲線ツールを選ぶ

②ツール下の白地に赤字の斜線(なし)を押す

③直線の始点をクリック

④Shift+Altを押しながら、曲げたいところをクリック

⑤そのままShift+Altを押したまま、終点をクリック

⑥Shiftを離して、Alt+Ctrlを押し、その外側でクリック

 

⑦次の線を書き始める前に、上のtargetみたいなタブを押して、線の条件(pointなど)などがタブに出るように変更する。

マスクってのをクリックしても元の条件に戻るようだ。。。意味不明・・・

 

 

自分で何をやっているのか分からないけど、とりあえずこれでできる。

カギ線を書くのにもう2時間以上苦戦。やってらんねぇ。

 

早く論文投稿しないといけないのに・・・

contig moverを使ってみた。(Mauve)

GUIでもコマンドラインでも使用可能だが、まずはGUIを使用。

インストールしたら、MauveコマンドでGUホーム画面が立ち上がる。(java 1.8.0使用)

 

Tools→Move Contigsを選ぶ

 

outputファイルを出力するディレクトリを聞かれる。

 

新しい画面が出たら、Add sequenceを押して、まずreference sequenceを選ぶ。fasta形式でもgbk形式でも良いらしい。(今回はENAからダウンロードしてきたreference complete genomeのfastaファイルを選択)

 

もう一度Add sequenceを押して、並べ替えたいcontigsファイルを選ぶ。

 

startを押す。

 

outputディレクトリがいくつかできる。

alignment1,2,3,...といった感じ。

 

今回はalignment1と2しかできなかった。

alignment2に入ると

 

ID_contigs.fastaがre-orderされたcontigファイルになる。

ID_contigs_contigs.tabに詳細が書かれている。

 

内容についてはmanual参照。

http://gyra.ualg.pt/_static/mauve_user_guide.pdf

 

 

 

正規表現を用いてファイルを一括削除

 

dir=/home/desktop/test

find ${dir} | grep -E "K[0-9]*$" | xargs rm -rf

 

/home/desktop/test/にあるファイル、ディレクトリのうち、Kで始まって次の文字が何らかの数字で、その後数字がいくつか並んで名前が終わるものを一括削除。

 

| xargs mv -t /home/

 

にすれば、上記のファイルをhomeディレクトリに一括移動してくれる。-tオプションを絶対忘れないように。

BAPS使ってみた。(Window10)

websiteではwindows版は7までしか保証されていないみたいだが、10でも動く。

 

inputにfastaファイルを使いたいなら、hierBAPSを用いる必要あり。

websiteが紛らわしいが、

NB! A bug was discovered in the data pre-processing function of the tandem package hierBAPS and a corrected version (dated August 15 2013) is now downloadable here.

のhereからdownloadする。用いる前にMATLABのインストールが必要だが、これはwebsiteに書かれているversionを普通にinstallすればよい。

 

hierBAPSをdownloadしてきたら、フォルダ内にあるreadme.txtに従って、コマンドプロンプトで動かす。

hierBAPS.exeをダブルクリックしてもエラーになるだけなので注意。

 

一応デモデータではmannualと同じoutputを得られた。

メモリ3GBのvistaでもデモデータは余裕で動く。ただし、時間的にはdraft genomeではしんどそう。

メモリ64GBのwindows10ではさくさくいける。それでもdraftgenomeだったら数十株程度だろうか。。。100株超えるとしんどそう。

 

https://github.com/BacterialCommunitiesAndPopulation/Thursday19thMay/blob/master/Thursday_afternoon.md

にまとまっている。

・置換(#行目から#行目の間でoldをnewに置換)

:#,#s/old/new/g

(特殊文字自体は\でエスケープが必要)

・置換(テキスト内の全てのoldをnewに置換)

:%s/old/new/g