最尤法で系統樹を作成する際のモデル選択決定について
modeltest-ng
を使う。
modeltest-ng -i test.fasta -o test_res -T raxml -t ml -r 123413 -p 12 -d nt
-i インプットファイル
-o アウトプットファイル
-T 後解析で用いるsoftware（指定しなくても良い）
-t ml 最尤法
-r random seed
-p thread
-d nt ヌクレオチド
ASCcorrectionを用いるためには
modeltest-ng -i test.fasta -o test_res -T raxml -t ml -r 123413 -p 12 -d nｔ \
-h ugｒ -a lewis
https://qiita.com/seijikohara/items/56cc4ac83ef9d686fab2
参照
brew tap homebrew/cask-versions
brew cask install java11
brew cask install java8。。。ライセンスの関係で不可
インストール済みjava確認
/usr/libexec/java_home -V
jEnvを導入するこで、Javaのバージョンを切り替えが簡単になる。
brew install jenv
PATHを設定
# Shell: bash $ echo 'export PATH="$HOME/.jenv/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile $ echo 'eval "$(jenv init -)"' >> ~/.bash_profile # Shell: zsh $ echo 'export PATH="$HOME/.jenv/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc $ echo 'eval "$(jenv init -)"' >> ~/.zshrc
$ cd ~ $ mkdir ~/.jenv/versions
Java8の追加
$ jenv add `/usr/libexec/java_home -v "11"`
*が表示されているJDKが有効化されている。$ jenv versions * system (set by /Users/[ユーザ名]/.jenv/version) 1.8 1.8.0.222 openjdk64-1.8.0.222
jenv versionsで出力される任意のバージョンへ切り替えられる。$ jenv global 1.8.0.222 $ jenv versions system 1.8 * 1.8.0.222 (set by /Users/[ユーザ名]/.jenv/version) openjdk64-1.8.0.222 $ java -version openjdk version "1.8.0_222" OpenJDK Runtime Environment (AdoptOpenJDK)(build 1.8.0_222-b10) OpenJDK 64-Bit Server VM (AdoptOpenJDK)(build 25.222-b10, mixed mode)
ローカルもある。
最新バージョン以外のインストールに必要
brew tap homebrew/cask-versions
brew install java11
環境構築で右往左往している。
結局環境依存の問題が発生して、condaで仮装環境を用いて様々なソフトウェアをインストールする事にした。
まず
https://qiita.com/snow67675476/items/c537fcb65ed2cbe5507a
を参考に、homebrew＋pyenv＋anacondaをインストールした。ディレクトリを一つ作って、そこをanaconda環境に適応させたが、これに意味があったのかは不明。。。
仮装環境の確認
conda info -e
モジュールがあるか確認
conda search ***
conda search -c bioconda ***
仮装環境にソフトをインストール
conda create -n ***_env -c bioconda ***=2.6.0(などのversionを入力)
ここでのversionは事前にconda searchでどのバージョンをインストールできるか確認しておく
仮装環境の切り替え
source activate ***_envとすると、pyenvとの兼ね合いでうまくいかない。
この問題の解決のためには、activateをfull pathで書くのが良い。full pathは
find / -name activate
でどこにPath/to/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.0/bin/activateがあるのかを探して、その上で、
source Path/to/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.0/bin/activate ***_envとすれば良い。
仮装環境をoffにするときには同様に
source Path/to/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.0/bin/deactivate ***_env
毎回、full pathを書くのは面倒なので、aliasを作っておくと良い。
vi .bash_profile
alias activate 'source Path/to/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.0/bin/activate'
alias deactivate 'source Path/to/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.0/bin/deactivate'
ただし、aliasは確かシェルスクリプト内では使用できないので、シェルスクリプトに記載するには長文を書くしかないのだろう。
最後に
conda remove -n ***_env --all
で仮装環境を消せる。
https://qiita.com/ozaki_physics/items/985188feb92570e5b82d
に仮装環境の作り方等々まとまっている。
突然prokkaが動かなくなった。
原因はmincedが動いていない。
re-installしたらうまくいった。
まず動いていないmincedをアンインストール。
今回は
$conda uninstall minced
次に
https://github.com/ctSkennerton/minced
でzipファイルをダウンロード。
で説明通りにインストール。
めでたし、めでたし。
説明より抜粋
For the given input file:
>sample1
AGACACAGTCAC
>sample1
AGACAC----AC
>sample1
AAACGCATTCAN
the output is:
>sample1
GAG
>sample1
GA-
>sample1
AGTsnp-sites my_alignment.aln snp-sites my_gzipped_alignment.aln.gz
snp-sites -vm -o SNP ./core_gene_alignment.aln
https://github.com/sanger-pathogens/snp-sites#example-usage
からインストールできる。
MACでもインストール可能。
java -Xms4096m -Xmx128g -Djava.library.path=/home/＊ak＊＊＊/＊ak＊＊＊/bin/BEASTv1.10.4/lib -cp /home/＊ak＊＊＊/＊ak＊＊＊/bin/BEASTv1.10.4/lib/beast.jar dr.app.tools.TreeAnnotator
java -Xms4096m -Xmx128g -Djava.library.path=/home/＊ak＊＊＊/＊ak＊＊＊/bin/beast/lib -cp /home/＊ak＊＊＊/＊ak＊＊＊/bin/beast/lib/launcher.jar beast.app.treeannotator.TreeAnnotatorLauncher
xmlファイルの編集はやり方が分からんかった。
BEAST1.8だったら簡単にできたのに、BEAST2以降は何やらパスの設定がややこしい。。。
しかし、BEAST2以降はbeautiでPSができる！
まず
①Package magagerでmodel-selectionをインストールする。
（File→manage package）
②一回beautiを終了して、再度立ち上げる。
③File→Launch Apps
④Pass sampler
⑤Model1のところに解析したいxmlファイルを選ぶ
あとはparameterを設定してOK!
なぜかBEAST2.5.1だとmojaveでは上手くPSが走らない。一回アンインストールしてBEAST2.4.8をインストールし直したら上手くいった。
ちなみにwindowsでも上手くいく。（2.4.8しか確認していない）
GUIでPSするとsingle coreで動いている様なので、12threadのmacbook proよりも4thread、i7のwindowsデスクトップの方が速かった。
GUIでもmulticoreでPS解析する方法あるのかな？？？
以前にBAPSを取り上げたが、その後全く使わず。
気づけばMACuserに転向し、WindowsでBAPSを使うことの無意味さを次第に感じる今日この頃。
というわけで、特段使う予定もないが、いつかはきっと役に立つBAPSを改めて参照してみた。
Installはクソ簡単。websiteに書いてある通りにやってください。
MATLABはBAPS5.4のzip.パッケージ内に含まれています。
以下に、hierBAPSのreadme.txtを添付します。
まだやってないけど、このままやればできるはず。
1. Launch X11 terminal app, go to the folder containing hierBAPS files and type
./run_exData.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/ seqs.fa fasta
This will produce an input file called "seqs.mat" from your alignment file. The example file seqs.fa is provided with this readme file.
2. Type
./run_hierBAPS.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/ seqs.mat L maxK results
注意！ここのLどうやって決めるんや!?
(http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-294X.2005.02553.x/full)
によるとSTRUCTUREというソフトで推定できる。
This will launch hierBAPS. Clustering is performed with L levels in the hierarchy and maxK is the prior upper bound for number of clusters. As in BAPS, hierBAPS will estimate the maximum a posteriori partition (MAP) with the number of clusters in the interval 1 to maxK. hierBAPS will save an output file named results.mat (binary format) and a partition file "results.partition.txt", where each column represents the MAP partion of that layer.
3. (optional) Assume you did use
./run_hierBAPS.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/ seqs.mat 2 20 results
In the previous step. You can continue the clustering from the previous result to a deeper level (here L=4) by typing
./run_hierBAPS.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/ results.mat 4 20 results2nd
4. Type
./run_drawSnpMat.sh /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v713/ results.mat shuffle
This will draw a SNP matrix with rows and columns shuffled as shown in BAPS 6.0 manual. Without the "shuffle" parameter, the columns will not be shuffled. Consequtive rows between horizontal black lines represent a 1st layer cluster.
A tab delimited file "figInfo.txt" will also be produced.